Вмешательство кардинала Этторе Консальви разблокировало, наконец, ситуацию: представленный им в качестве кандидата кардинал Барнаба Кьярамонти был избран папой 14 марта 1800 года. Кьярамонти правил под именем Пий VII.
Став папой, Пий VII не мог переселиться в Рим вплоть до 3 июля. Император Франциск И пытался убедить понтифика поставить свой престол в каком-нибудь месте, подконтрольном Австрии, но Пий VII был защитником идеи церкви независимой, свободной от влияния внешних сил. Однако он согласился на назначение государственного секретаря, близкого Австрии.
Пока конклав в Венеции заседал, в Париже происходили события, которые должны были изменить ход истории не только Франции, но и всей Европы. На смену Директории пришел Консулат. Принятие 13 декабря новой Конституции, которую 7 февраля 1800 года активно поддержало подавляющее большинство народа Франции, превращало увенчанного славой Наполеона Бонапарта в хозяина и властелина судеб страны.
Сведя революцию на нет, первый консул занялся нормализацией отношений между государством и церковью. Наполеон подтвердил, что Франция желает оставаться католической страной, и сделал таким образом первый шаг к сближению с папой Пием VII. Наполеон, хотя его и крестили, был агностиком, но на самом деле в глубине души стремился угодить могущественным католическим монархиям и сблизиться с ними. Безродный корсиканский солдат мечтал, что будет когда-нибудь принят в лоно европейских дворов.
Кроме того, Наполеон понимал, что необходимо найти кого-то, кто мог бы не только контролировать функционирование его собственных разведывательных служб, но и защищать его институты от возможного проникновения туда агентов других сил, главным образом Австрии, Англии и Священного Альянса. Человеком, которому Наполеон доверил эту миссию, был Жозеф Фуше.
Сын состоятельных родителей, этот шпион учился в Нанте и был там священником и преподавателем в духовных училищах, пока в 1792 году не вошел в число членов Национальной Ассамблеи. Через год он высказался за казнь Людовика XVI. Его отличительной чертой было стремление всегда стоять в своей политической карьере на стороне сильнейших. Одна из самых жестоких его акций имела место во время восстания в Вандее и, позднее, и Лионе. В 1795 году Фуше, хотя и продолжал поддерживать дружеские отношения с влиятельными людьми, временно отошел от политических дел и держался в тени, пока Наполеон не назначил его начальником своих могущественных разведывательных служб. С этого момента он превратился в главного врага Священного Альянса.
Первым заговором, который ему пришлось раскрывать, стал так называемый заговор Энгиена, в котором были замешаны генералы Моро, Пишегрю и Жорж Кадудаль, а также Буве де Лозье, генерал-адъютант армии принцев. Сердцем этого заговора был Луи-Антуан Анри де Бурбон, герцог Энгиенский. Вскоре Фуше обнаружил, что некоторые заговорщики поддерживают связь с кардиналом Капрара, главой папской разведывательной службы, и, возможно, с каким-то агентом, членом Священного Альянса в Париже.
Заговорщики намеревались похитить Наполеона и убить его. Вплоть до нормализации ситуации править страной вместо Наполеона должен был генерал Моро. Затем, через несколько месяцев, герцог Энгиенский получил бы корону, а Пишегрю — звание второго консула Франции. Кадудаль отдавал себе отчет в том, что пользовавшийся огромной популярностью благодаря одержанным им многочисленным победам, любимый солдатами генерал Моро и генерал Пишегрю просто хотели свалить Наполеона, к своей собственной выгоде.
Первым пал генерал Моро, которого Наполеон распорядился арестовать. Во избежание волнений прославляемого до тех пор генерала решено было судить гражданским судом. Во время операции по задержанию Моро были арестованы еще пятнадцать заговорщиков. Среди них был один швейцарский гражданин, связанный с российским посольством и папской нунциатурой. По сведениям Фуше, этот швейцарец некогда служил в швейцарской гвардии Пия VI и во время понтификата папы Пия VII был завербован Священным Альянсом для проведения подпольных операций в наполеоновской Франции. Русский посол Марков лично ходатайствовал перед Наполеоном об освобождении швейцарского гражданина, но Наполеон не согласился. Весь Париж уже был полон разговоров об аресте Моро.
В ночь с 26 на 27 февраля 1804 года в доме № 39 по улице Шабане разыскали и затем арестовали Пишегрю. Меше де ля Туш, лучший шпион Наполеона в Париже, обнаружил, что Кадудаль все еще находится в столице и, возможно, пытается установить связь с герцогом Энгиен-ским через папскую нунциатуру или кого-то из папских агентов. Теперь Наполеон ясно понимал суть и структуру заговора: принц голубой крови был его лидером, генералы Моро и Пишегрю — мозгом, а Кадудаль — исполнителем и палачом.
9 марта агент де ля Туш установил местонахождение Кадудаля и сообщил о нем в жандармерию. Кадудаль, когда к нему явились жандармы, убил одного агента и смертельно ранил другого, но все-таки был арестован. Теперь оставалось только арестовать принца.
Между Наполеоном и его консулами велись споры о том, надлежит ли казнить Луи-Антуана Анри де Бурбона или лучше приговорить его к пожизненному заключению: слишком свежи еще были воспоминания о том, как гильотина рубила королевские шеи. Ночью Наполеон приказал Бертье, своему верному военному министру, взять на себя арест герцога Энгиенского, который, как с гало известно, находился в Эттенхейме, недалеко от Страсбурга.
Луи-Антуана Анри де Бурбона, герцога Энгиенского, и других заговорщиков схватили 17 марта 1804 года. Наполеону было ясно, что герцога Энгиенского нельзя было оставлять в живых. Он считал, что «если человек участвует в заговоре, как любой другой человек, с ним надо обойтись, как обошлись бы с любым другим человеком», хотя Жозеф Фуше был противником такой меры. В ночь с 20 на 21 марта процесс по делу Луи-Антуана Анри де Бурбона начался, а утром 21 марта все было кончено. Герцога Энгиенского расстреляли.
Шестого апреля 1804 года генерал Пишегрю был задушен в своей камере. Согласно одной из версий, экс-генерал был убит сторонниками Наполеона. Наполеон, однако, выдвигал в свою защиту тот аргумент, что было бы просто глупо убивать главного свидетеля против генерала Моро. По другой версии, Пишегрю мог быть убит агентом, посланным Римом, чтобы избежать раскрытия связи заговорщиков с Ватиканом.
Последний акт драмы под названием «заговора герцога Энгиенского» разыгрался 26 июня того же года, когда Анри Самсон, тот самый, который лишил головы Людовика XVI и его супругу, королеву Марию Антуанетту, привел в действие гильотину, чтобы отрубить головы Жоржу Кадудалю и еще двенадцати заговорщикам, включая швейцарского гражданина, которого подозревали в связях со Священным Альянсом. Генералу Моро после того, как у него было отнято все, чем он владел, Наполеон разрешил покинуть Францию.
В марте 1804 года, после того как был расстрелян герцог Энгиенский, и после письма Людовика XVIII, в котором он разоблачал узурпатора, Наполеон понял, что избежать новых покушений и заговоров Бурбонов можно было, лишь обессмертив себя в глазах Франции и французов. Бонапарт встретился с кардиналом Джованни-Баттиста Капрара, главой папских шпионов и легатом в Париже, чтобы заявить ему, что желает быть коронован как император Франции, причем не кем иным, как самим папой Пием VII. И вот 2 декабря Наполеон Бонапарт самокороновался в соборе Нотр-Дам де Пари, а затем своей рукой короновал коленопреклоненную Жозефину — точно так, как эта сцена была увековечена в произведении художника Луи Давида, с папой Пием VII в качестве эксклюзивного свидетеля.
