Первый полет лично наблюдал профессор Липпиш, который уже не занимался этим самолетом. Пилотировал самолет Р. Опиц. Во время разбега пилот слишком резко попытался набрать высоту, в результате самолет совершил подскок. При ударе о землю отлетела колесная тележка, и Опиц продолжил разбег на полозе. В итоге V21 все же поднялся в воздух. Вскоре самолет достиг уровня облачности на высоте 2200 м. На этой высоте пилот сделал круг с включенным двигателем, а, исчерпав запасы топлива, пошел на посадку в режиме планирования. После посадке Опиц доложил, что в кабине было невозможно дышать из-за топливных испарений. Испарения даже проникали через летные очки, из-за чего сильно слезились глаза. Несмотря на все эти проблемы полет в целом признали успешным. Вальтер наконец-то сделал то, что обещал. Можно было начинать серийное производство «Комет». Мильх, который также присутствовал во время полета, на обратном пути в Берлин беседовал со Шпетом, желая узнать, есть ли смысл продолжать работу над Me 163 или лучше все силы сконцентрировать на доводке Me 262. Шпете сказал, что результаты прошедшего испытания говорят о перспективности машины. По мнению Шпете следовало осуществить давнишний план и построить 200 боевых Me 163. Но при этом Шпете горячо поддержал и Me 262, сказав: «…если я поддерживаю Me 163 на 100 %, то Me 262 я поддерживаю на все 300 %».
Опиц почти ежедневно летал на V21, каждый раз увеличивая объем топлива на борту. Ему удалось подняться выше 12000 метров, причем от дальнейшего набора высоты его удержало лишь отсутствие гермокабины.
Тем временем Пёс готовил еще двух пилотов: Талера и Лангера.
К моменту первого взлета Me 163B на ракетном двигателе, ЕК 16 насчитывал в своих рядах следующих пилотов: В. Шпете — командир, Пёс — адъютант, Талер — офицер техслужбы, Опиц — ответственный за полеты, капитан Отто Бёнер — второй офицер техслужбы. Командиром 1-й эскадрильи был капитан Роберт Олейник. Всего отряд насчитывал около 30 пилотов. В числе прочих в ЕК 16 служили: обер-лейтенант Франц Медикус, лейтенант Фриц Кельб, лейтенант Ганс Ботт, лейтенант Франц Рёсле, лейтенант Мано Циглер и фельдфебель Рольф Глогнер.
В начале июля 1943 года Me 163V21 оснастили хвостовым колесом и посадочными закрылками.
24 июля 1943 года руководство люфтваффе снова нанесло визит в Рехлин. Делегацию возглавлял сам Герман Геринг. ЕК 16 продемонстрировало Me 163 А в полете (пилот Йоши Пёс). В воздух поднялся и единственный оснащенный двигателем Me 163B (V21) (пилот Рудольф Опиц), а также Me 262 (пилот-испытатель Вендель). Поскольку число демонстрируемых самолетов было велико, каждой машине уделялось не более 2 минут времени. Во время полета Me 163B Геринг задавал множество вопросов, в основном о скоростных характеристиках машины.
17 августа 1943 года 126 американских бомбардировщиков В-17 нанесли удар по заводам Мессершмитта и Клемма. Ущерб был ощутимый. Только на заводе Клемма было уничтожено 11 готовых «Комет». Была уничтожена также одна сборочная линия Bf 109. Этот налет заставил приостановить выпуск самолетов на заводе Клемма. Представители Мессершмитта практически перестали появляться там, поскольку все они требовались для восстановления собственного предприятия.
В ту же ночь 597 английских бомбардировщиков бомбили Пенемюнде. Хотя ЕК 16 не понес потерь в ходе налета, командование решило передислоцировать часть в более безопасное место. Таким местом сперва избрали Анклам, а затем Бад-Цвишенан в районе Ольденбурга. Передислокация уже сама по себе привела к задержке дальнейших испытаний, а отсутствие оборудованного аэродрома в Бад-Цвишенан лишь увеличило паузу в полетах.
К моменту прибытия в Бад-Цвишенан ЕК 16 насчитывал около 150 человек, в том числе 5 пилотов-инструкторов и 23 пилотов-курсантов.
Подготовка пилотов Me 163 шла в несколько этапов. Сначала они осваивали полет на планерах Kranich. Освоив базовые навыки полетов на планере, курсанты пересаживались на планер Habicht с размахом крыльев 13,6 м. Затем они осваивали планер Habicht с размахом крыльев 8,0 м, и, наконец, планер Stummel Habicht с размахом крыльев 6,0 м. Посадочная скорость этого планера составляла 100 км/ч и приближалась к посадочной скорости «Кометы». Совершив около ста полетов на планерах, курсанты приступали к полетам на Me 163А. Посадочная скорость у «Кометы» составляла 150 км/ч. Главной задачей на этом этапе обучения было отработка точной посадки на планере с большой посадочной скоростью.
После того, как летчик полностью осваивал полеты на Me 163 в режиме планера, ему давалась возможность взлететь на машине, оснащенной двигателем.
Ме 163А-0, на который командир 13/JG 400 Нимайер устиповил ракеты R4M.
Далее шли учебные полеты на планерной версии Me 163B. Боевая модификация «Кометы» была тяжелее учебной, со всеми вытекающими отсюда последствиями. И лишь в конце начинались полеты на Me 163B с двигателем. К этому этапу пилоты приступили лишь в начале 1944 года, когда были готовы первые Me 163B-0.
В августе 1943 года Шпете провел переговоры с командиром JG 2, майором Ёзау. Шпете имел приказ сформировать две боевые части на Me 163 в Венло и Делене. Обе части должны были подчиняться штабу JG 2. Разговор касался вопросов организации и снабжения. Позиции Шпете были слабыми, ему приходилось отстаивать интересы части, которая еще не имела ни одного самолета.
Была разработана предварительная тактика боевого применения Me 163, поскольку характеристики самолета исключали возможность использования традиционной тактики. В ЕК 16 прибыл обер-лейтенант Густав Корфф, в обязанности которого входила работа с радарами. Корфф должен был разработать способ наведения «Комет» на цель с помощью радара. Это было трудной задачей, поскольку «Кометы» имели деревянные крылья, а поэтому оставляли на экране радара лишь едва заметное эхо. Опыты с Me 163В (V8), оснащенного «холодным» двигателем, и радаром «Freya» закончились неудачно. Корфф решил перейти на радар «Wuerzburg» или «Wuerzburg-Riese». С этой целью в составе ЕК 16 сформировали 216-й отряд связи особого назначения. Корф планировал создать целую сеть аэродромов, оснащенных радарами «Wuerzburg-Riese» и расчетными тап-лицами «Seeburg», предназначенными для определения расстояний на основе результатов, полученных на радаре. Такими аэродромами должны были стать аэродромы Делен, Венло, Твенте, Витгмундхафен, Цвишенан, Нордгольц, Кальтенкирхен, Гузум, Пархим, Штаргард, Ораниенбург, Бранденбург-Брист, Брандис, Рехлин и Лехфельд, а также ряд запасных аэродромов.
В конце 1944 года началось оснащение радарами и другим необходимым для Me 163 оборудованием следующих аэродромов: Делен, Венло, Твенте, Ораниенбург, Гузум, Бранденбург-Брист, Ахмер, Нордгольц, Пархим, Брандис, Штаргард, Лехфельд и Бад-Цвишенан.
В ходе отработки тактики использования «Комет» вскрылся один недостаток. Если самолет садился не на том аэродроме, с которого взлетел, то второй раз поднять машину в воздух было невозможно из-за того, что колесная тележка сбрасывалась при взлете. Где-то полчаса после посадки самолет оставался стоять на аэродроме, что в боевых условиях было совершенно неприемлемо. Опиц предложил разработать специальный аэродромный буксир, оснащенный гидравлическим подъемником. Такой буксир, или как его прозвали Scheuschlepper позволял эвакуировать самолеты немедленно, что ускоряло подготовку машины к следующему старту и сократить потери на аэродроме.
