По мере того как определялся перелом в борьбе в пользу Красной армии, росли ряды партизан. Происходили изменения и в руководстве партизанским движением. Они были связаны с тем, что советские войска двинулись на запад. 7 марта 1943 года Центральный штаб партизанского движения был расформирован, и руководство партизанами передано республиканским и областным штабам. Это объяснялось тем, что после Сталинградской победы Сталин надеялся, что в самое ближайшее время вся территория СССР будет освобождена от немцев. Местные штабы партизанского движения должны были координировать действия партизан и войск соответствующих фронтов, а затем руководить восстановлением органов советской власти на освобожденных территориях. Однако позднее в марте Красная армия потерпела серьезное поражение под Харьковом, и стало ясно, что освобождение оккупированных территорий откладывается. Надо было по-прежнему координировать из центра снабжение и действия партизанских отрядов, которым предстояло еще много месяцев бороться в тылу врага. Поэтому 17 апреля 1943 года был воссоздан Центральный штаб партизанского движения во главе с все тем же Пономаренко. Но теперь из его подчинения уже официально вывели Украинский штаб партизанского движения. Впрочем, и прежде Украинский штаб подчинялся Центральному штабу лишь формально. Дело в том, что возглавлял его глава украинских коммунистов Никита Сергеевич Хрущев, член Политбюро, и, само собой разумеется, рядовой член ЦК Пономаренко командовать им просто не мог.
Постоянная смена организации управления партизанским движением отнюдь не прибавляла ему эффективности. И.Г. Старинов сокрушался, что Генеральный штаб фактически не оказывал никакое влияние на руководство партизанским движением, поскольку «общие задачи партизанам ставились ЦК ВКП(б), Сталиным как наркомом обороны и Верховным Главнокомандующим, центральными и областными комитетами компартии, на территорию которых вторгся противник.
Однако при наличии Центрального и подчиненных ему партизанских штабов военные действия в тылу врага вели специальные партизанские формирования, руководимые органами разведки Красной Армии, а также народного комиссариата внутренних дел, и минеры инженерных войск. Боевые действия в тылу врага велись советскими партизанами в Великой Отечественной войне 46 месяцев. Центральный штаб существовал всего 18 месяцев, при этом последние 7 месяцев Украинский штаб партизанского движения ему не подчинялся».
Старинов считал, что централизованное планирование партизанской войны в условиях, когда диверсии на вражеских коммуникациях не были сформулированы в качестве главной задачи партизан, приносило один только вред. Он не без горькой иронии пишет: «Так, 7 апреля 1943 года “нелегальный” ЦК Коммунистической партии (большевиков) Украины, который заседал в Москве и фактически был вполне легальным (так и представляешь себе украинских коммунистов под руководством Никиты Сергеевича, которые, уходя от чекистской слежки, собираются тайком на одной из конспиративных малин в районе Марьиной Рощи! – Б.С.), утвердил представленный Украинским штабом партизанского движения оперативный план боевых действий в весенне-летний период 1943 года, который затем был направлен в ЦК ВКП(б), а не в Ставку, и лишь 26 апреля план был утвержден ЦК ВКП(б). Одновременно Государственный комитет обороны (ГКО) принял постановление о материальном обеспечении партизан Украины. Пока планировали, утверждали план и материально обеспечивали его выполнение, крупные партизанские соединения бездействовали. Прошла весна, и летом этот план был выполнен в незначительной части».
Что ж, бюрократизация руководства советским партизанским движением, несомненно, снижала эффективность действий партизан. Но, как представляется, Старинов смотрит на проблему несколько узко, с точки зрения профессионала-проводника. Далеко не все партизанские отряды на практике имели возможности совершать крупные диверсии. К тому же партизанам часто важны были не столько руководящие указания из центра, которые все равно не могли учитывать реальной обстановки в партизанских районах, сколько снабжение боеприпасами и вооружением, а оно в период выработки планов все-таки не прекращалось. На практике партизанские командиры чаще всего действовали самостоятельно, лишь докладывая в ЦШПД о результатах своей боевой деятельности. Разумеется, эти отчеты представляли ее в наилучшем свете и порой грешили преувеличениями насчет нанесенного неприятелю урона. Но в этом отношении они ничем принципиально не отличались от донесений командиров Красной армии, а вот насчет самостоятельности действий партизанские командиры находились в более благоприятном положении по сравнению со своими армейскими коллегами. Хотя у партизанских командиров вплоть до самого конца были рядом контролеры в лице комиссаров, сохранившихся в партизанских соединениях, в отличие от армии, до конца войны, а также начальников особых отделов, в реальных условиях партизанской войны между всеми ними обычно налаживалось взаимодействие, и они вместе осуществляли операции, порой независимо от Центра.
Окончательно Центральный штаб партизанского движения был упразднен 13 января 1944 года. Руководство партизанами передали республиканским штабам. Пономаренко возглавил самый крупный из них – Белорусский штаб партизанского движения. Теперь уже освобождение советской территории продолжалось безостановочно, и местным штабам было сподручнее координировать взаимодействие партизан и частей Красной армии, а также снабжать партизанские отряды всем необходимым. Это, однако, не предотвратило крупные, особо трагичные поражения партизанских отрядов Белоруссии в последующие месяцы, перед самым освобождением республики советскими войсками, когда против них были задействованы значительные силы немецких полевых войск, переброшенных с фронта.
Как отмечал И.Г. Старинов, с упразднением ЦШПД «кончились остатки централизации действий партизанских сил на еще оккупированной фашистской Германией территории СССР… Ставка Верховного Главнокомандующего, вопреки утверждениям маршала Г.К. Жукова, только получала разведывательные и оперативные сводки штабов партизанского движения, но на них фактически не реагировала».
Столь категоричное утверждение, вероятно, не совсем соответствует истине. Трудно предположить, чтобы Ставка совсем уж не использовала разведданные, которые поступали от партизан, в особенности от отрядов, действовавших непосредственно в прифронтовой полосе. Хотя, конечно, информация от отрядов, действовавших в глубоком тылу противника, нередко поступала с опозданием, особенно если в отряде не было рации.
Вопреки распространенному мнению, отнюдь не на всех советских территориях, оккупированных немцами, возникло массовое партизанское движение. В Прибалтике и Бессарабии массового просоветского партизанского движения не возникло даже в 1944 году, когда поражение Германии стало очевидно, и многие жители оккупированных территорий спешили поучаствовать в партизанской борьбе, чтобы заслужить благосклонность советской власти. Объяснялось это тем, что Литва, Латвия и Эстония всего год находились под советской оккупацией, которую большинство местного населения встретило враждебно. Сколько-нибудь многочисленной просоветской прослойки в этих странах так и не возникло. Литовцы, латыши и эстонцы рассматривали Германию как союзника, пусть и не самого желанного, в борьбе за возрождение независимости. Многие из них предпочитали закрывать глаза на то, что нацисты совсем не собираются восстанавливать независимость стран Балтии и никаких обещаний на сей счет местным политикам никогда не давали. На Украине же с освобождением Левобережья Днепра собственно партизанское движение просоветской направленности фактически прекратилось. Действия советских партизан здесь свелись к рейдам крупных соединений Ковпака, Наумова, Сабурова и других в западноукраинские Карпаты. Фактически эти соединения правильнее было бы называть войсками специального назначения типа немецкой дивизии «Бранденбург». Они занимались диверсионной и, в меньшей мере, разведывательной деятельностью, атаковали неприятельские гарнизоны, захватывали склады, разрушали железные дороги и мосты, пополняясь сторонниками коммунистов из числа местных жителей. Однако действовать им приходилось среди по преимуществу враждебного западноукраинского населения и вести бои не только с немцами и коллаборационистскими формированиями, но и с отрядами Украинской Повстанческой Армии и польской Армии Крайовой.
