В своем письме другу и бывшему любовнику Станиславу Понятовскому, будущему королю Польши, Екатерина ни о каких депутациях из толщи народа уже не пишет, приводя в оправдание свержения мужа уже более практичные соображения. Петр хотел, по ее словам, изменить России и сменить веру, а ее саму уже приказал арестовать и заточить в монастырь, чтобы жениться на Елизавете Воронцовой. Правда, в приказе на убийство мужа Орлову и компании Екатерина не признается даже любовнику, развивая ту же тему «геморроя и изношенного сердца», даже пишет о своем приказе вскрытия трупа Петра для подтверждения его ненасильственной смерти.
О том, что неизвестные истории делегаты от народа просили новую императрицу заодно восстановить упраздненную покойным супругом Тайную канцелярию, нигде не упоминалось, но, видимо, это тоже подразумевалось мифической делегацией от народа как само собой разумеющееся решение. На самом деле Екатерина не занимала вдруг опустевший после смерти мужа престол, а была сердцем заговора по ликвидации супруга-императора и захвату таким образом трона, стремление же власти прикрывать свои действия по любому значимому поводу «просьбами трудящихся», как видим, имеет давнюю и еще досоветскую историю. Тайная канцелярия была полностью восстановлена с косметическими реформациями и под началом новых людей. Для Тайной канцелярии наступил третий этап ее жизни, так называемый золотой век Екатерины II в Российской империи.
Этот уже третий вариант Тайной канцелярии заметно отличался от первого, еще петровского образца. Отчасти он стал более приближенным к европейским стандартам по сравнению с петровской и аннинской версиями Тайной канцелярии. Как Екатерина свои пьесы сопровождала сноской «в подражание Шекспиру», так и ее Тайная канцелярия некоторые черты заимствовала у франко-германских образцов организации еще стихийного тайного сыска. Во всяком случае, русские его особенности прошлого в виде «сыскных изб» в губерниях или выкриков «Слово и дело!» уже не вернулись к реальности, их время в российской истории прошло окончательно, а реформа Петра III их добила. Ставшая равноправным игроком европейской сцены Российская империя требовала уже более современной тайной полиции.
Сама Екатерина это вполне понимала. Одно из немногих дошедших до нас ее высказываний на тему тайного сыска — «Доносчиков не терплю, но доносы необходимы» — звучит вполне в духе европейских традиций той эпохи. Одним из первых ее приказов при занятии престола Российской империи было поручение губернаторам, продолжавшим в провинции заменять собой Тайную канцелярию, направить в места массового скопления народа как можно больше лазутчиков и шпионов. Отчитываясь о выполнении этого приказа императрицы, московский губернатор Волконский докладывал, что направил «надежных людей для подслушивания разговоров в кабаках, торговых рядах и банях», и между дворянами лазутчики тоже отправлены.
Да и писавшая в подражание Шекспиру пьесы Екатерина Великая, не задумываясь, на все время своего правления запретила российским театрам ставить его «Гамлета», усматривая в шекспировском сюжете параллели с собственным актом свержения и убийства царствующего мужа. Ее сын и наследник Павел даже во время своей поездки в Вену откажется в страхе перед матерью смотреть «Гамлета» в венском театре по приглашению императора Иосифа И.
При восстановлении Екатериной Тайной канцелярии наблюдаются два важных момента, которые мы не можем обойти своим вниманием. Во-первых, по указу императрицы Тайную восстановили во всех полномочиях, но решили никак об этом не объявлять, сохраняя деятельность этого органа в тайне. Указ покойного Петра Федоровича об упразднении канцелярии не отменялся. Екатерина даже подтвердила своим указом действие манифеста покойного мужа об упразднении системы «Слово и дело», умолчав в нем о своем решении возродить Тайную канцелярию. Впервые тайный сыск в России становился действительно тайным, не легитимизированным для общества в царском указе, хотя правда о деятельности канцелярии быстро распространилась по стране. Во-вторых, впервые в российской истории сыска органы государственной безопасности от высшей власти монарха отделила надзорная прослойка органов юстиции, пускай зачастую формальная и эфемерная. Это было отголоском попытки свергнутого мужа Екатерины Петра учредить новый орган тайной полиции не отдельно, а в составе российского Сената. Именно прослойкой Сената и фигурой российского прокурора Екатерина впервые в нашей истории отделила орган тайного сыска непосредственно от фигуры императора России не фактически (как сам себя в такую прослойку при Елизавете возвел временщик Бестужев-Рюмин), а юридически.
Контроль за работой Тайной канцелярии Екатерина возложила на генерал-прокурора империи Александра Ивановича Глебова, ставшего связующим звеном между императрицей на троне и ее тайной полицией. Глебову поручалось самому определять, начинать ли Тайной работу по очередному доносу, разбираться ли ему с ним самому или сразу отмести донос. Должность генерал-прокурора при Сенате, занимавшегося вопросами контроля за соблюдением законов в империи, была введена еще при Петре Великом, но до Екатерины II тайный сыск из ведения генерал-прокурора был изъят. Напротив, сам главный прокурор империи мог легко стать подследственным Тайной канцелярии. Так в ее подвалы при императрице Анне Иоанновне с этой должности попал адмирал Соймонов, проходивший в качестве одного из главных заговорщиков по делу о заговоре Волынского и отправленный в итоге на каторгу (при Елизавете Соймонов полностью амнистирован и даже назначен сибирским губернатором).
Да и первый, еще Петром I назначенный в 1722 году российским генерал-прокурором, глава прокуратуры Павел Иванович Ягужинский в 1730 году подвергнут аресту и следствию, от которого его, впрочем, быстро освободила новая императрица Анна Иоанновна. Ягужинский затем опять возглавил при Анне российскую прокуратуру, но никакого отношения к контролю над Тайной канцелярией Ушакова не имел, хотя по задумке Петра I прокуратура и должна была стать высшим органом надзора над всеми государственными институтами Российской империи. Но в лице Ягужинского наша прокуратура вообще имела номинального руководителя. Чего стоит тот факт, что при Анне Иоанновне, сохраняя должность генерального прокурора империи, Ягужинский одновременно был российским послом в Пруссии, проводя большую часть времени в Берлине. В Петербурге за него исполнял обязанности генерал-прокурора его заместитель Анисим Маслов (его чин назывался обер-прокурором), а после смерти Маслова и. о. генерального прокурора стал тот самый Федор Сойллонов, вскоре попавший в подвалы Тайной канцелярии. Участь Соймонова многому научила назначенного новым генерал-прокурором Никиту Трубецкого, занимавшего этот пост почти все царствование Елизаветы Петровны. Судя по оставшимся нам документам из-под пера Трубецкого в чине российского генерального прокурора, к вопросам тайного сыска он старался иметь как можно меньше отношения, ограничиваясь подписыванием приговоров о ссылке государственных преступников, зато все 20 лет своего прокурорства спокойно просидел в своем кресле. Только с воцарением Екатерины II и утверждением ею в должности генерал-прокурора Глебова прокуратура получила хотя бы формальное право контролировать деятельность тайного сыска в Российской империи. Теперь глава российской прокуратуры возвышался над тайной полицией России, и это был очень важный шаг вперед в истории российского тайного сыска.
