Конец этой истории был закономерен. До недолгого правления Петра II Толстой во властной элите так и не дотянул, оказавшись весной 1727 года втянут в очередной в своей придворной жизни заговор. На этот раз он выступал против бывших соратников Меншикова с Остерманом, фактически захвативших власть в стране у постели неизлечимо больной императрицы Екатерины. Этот последний заговор Толстого можно было бы в современной терминологии назвать даже «заговором силовых министров». Вместе с Толстым в числе главных заговорщиков состояли его главные соратники по ликвидированной незадолго до того Тайной канцелярии и глава российской полиции Антон Девиер, бывший португальский моряк и наемник, выдвинувшийся в элиту в числе других петровских иностранных выдвиженцев. План группы Толстого и Девиера предусматривал воспрепятствовать воцарению после близкой смерти императрицы смертельно опасного для них молодого Петра Алексеевича, для чего нужно было свергнуть Верховный тайный совет, ликвидировать Меншикова (уже перебросившегося на сторону маленького Петра) и возвести на трон дочь Петра I и Екатерины — Елизавету Петровну. Именно такую последовательность действий они обговаривали при своих тайных встречах, если верить протоколам их допросов после ареста.
Меншиков опять опередил противников, пробившись к императрице и добившись ареста Толстого, Девиера, Бутурлина, Скорнякова-Писарева и других лидеров этой группировки заговорщиков. Круг для Петра Толстого замкнулся: из заговорщика-ссыльного-заключенного на роль главного сановника империи и начальника ее тайного сыска, а затем опять в шкуру бунтовщика и заключенного. Арестован он был 28 апреля 1727 года, этот день стал концом государственной карьеры графа Петра Толстого.
Толстой сидел под следствием и ожидал приговора себе. А его первый подручный Григорий Скорняков-Писарев, прославившийся «суздальским розыском» и занимавший также пост обер-прокурора Сената империи, даже испытал на себе полностью превратности судьбы деятеля политического сыска в России сродни первым опричникам Ивана Грозного. Его на следствии подвергли пыткам, как и Девиера, теми же методами они сами недавно выбивали из подследственных признания в государственной измене. Толстой уже отпраздновал свое восьмидесятилетие, потому силовых методов допросов избежал. Но это не спасло его от смертного приговора, на допросе он сам признал, что вместе с Девиером и Бутурлиным составил заговор и имел план возведения на престол Елизаветы Петровны Романовой.
Это политическое следствие, разросшееся поначалу из обвинений Антона Девиера в неуместном веселье у постели больной императрицы Екатерины и в покушении на Меншикова (арестованный за два дня до Толстого 24 апреля Деви-ер в момент ареста в отчаянии попытался проткнуть шпагой присутствовавшего при этом Меншикова, на чьей родной сестре сам был женат), вылилось в дело о масштабном заговоре. Понемногу фигура Толстого в этом процессе выходила на первый план. Из всех семи главных обвиненных в этом заговоре (сам Толстой, Девиер, Скорняков-Писарев, Бутурлин, Ушаков, Долгорукий и Нарышкин) только Петр Андреевич тянул на фигуру главного его инициатора и составителя, способного по своему положению в Российской империи противостоять Меншикову и его партии.
В тот самый день 5 мая 1727 года, когда во дворце умирала императрица Екатерина I, Толстому и Девиеру объявили, «яко самым пущим в том деле преступникам», смертный приговор, замененный тут же обоим вечной ссылкой с лишением всех постов и титулов. Суд над группой Толстого — Девиера возглавляли два бывших их приятеля по петровским пирушкам и по «екатерининской партии» 1725 года: всесильный тогда временщик Меншиков и канцлер Головкин, бывший когда-то в Посольском приказе начальником посла Толстого в Стамбуле. Подписать помилование от смерти Толстому и Девиеру агонизирующая императрица успела рано утром 6 мая за несколько часов до своей кончины. К ссылке приговорены также Ушаков, Скорняков-Писарев, Бутурлин — весь первый состав руководства петровской Тайной канцелярии. Сохранилась легенда, что соратник царевича Алексея Афанасьев перед смертью на плахе пророчил вслух за смерть царевичу кару всему роду Романовых и скорое возмездие лично своим палачам. Если такое пророчество действительно было произнесено, то кара Романовых настигла ровно через два века, в 1918 году, а вот со скорым возмездием судьбы деятелям Тайной канцелярии их жертва в прогнозе не ошиблась.
Толстого летом 1727 года отвезли под конвоем в ссылку в те же северные края, куда однажды уже высылал его Петр I еще в качестве молодого смутьяна из клана Милославских. Последним пристанищем всесильного главы политического сыска Российской империи стал Соловецкий монастырь. Здесь у Белого моря 83-летний старик с подорванным здоровьем долго не протянул, его доконала цинга. 30 января 1729 года Толстой умер в заключении. При описи оставшегося от покойного имущества комендант честно записал: «Его одежда и одеяло сгнили от сырости». Похоронен Петр Толстой здесь же в Соловецком монастыре. В одной — из соседних камер этой тюрьмы еще раньше отца умрет заточенный сюда по тому же делу делу сын Петра Андреевича — Иван Толстой.
После заморских посольских хором и дворцов Санкт-Петербурга последним домом сановного вельможи и главы тайного сыска была подземная камера, где сломленный морально и физически старик накрывался брошенным ему сердобольным стражником худым одеялом. После партии Нарышкиных, французских разведчиков, турецкого султана, царевича Алексея, Меншикова и других царедворцев последним врагом в жизни старца Толстого стал простой лейтенант гвардии Лука Перфильев, начальник охраны, тиранивший его в Соловецкой тюрьме, на которого бывший сиятельный вельможа писал теперь в бессилье жалобы. Может быть, при этом он вспоминал бурные перипетии своей судьбы, дым сражений под Азовом и посольские балы Стамбула. А быть может, в его соловецкую камеру-келью приходили призраки Ивана Нарышкина, царевича Алексея, Александра Кикина, Вилли-ма Монса, Марии Гамильтон, подьячего Тимофея и несчастных крестьян (казненных за невольное свидетельство ареста царевича, чьих безродных имен Толстой не должен был вспомнить) — людей, загубленных под его личным руководством. Вся судьба Толстого пропитана символами для истории российских спецслужб, а его конец является в этой цепи самым знаковым символом и предостережением будущим «первым инквизиторам» страны: стоит помнить, что ты и сам не застрахован от репрессий, что они могут вернуться к тебе бумерангом. Будут еще в нашей истории обосновываться в тюремных камерах Ягода, Ежов, Берия, Меркулов, Крючков, Баранников, но все это будет потом. А зимой 1729 года в историю отошел первый начальник официальной спецслужбы России.
Толстой стал родоначальником крупного и раскидистого дворянского рода Толстых, давшего России множество известных деятелей. Среди них будут и такие известные россияне, вступавшие затем в конфликт с тайным сыском Российской империи, как писатель Лев Толстой, и те, кто сам этот тайный сыск империи направлял и курировал, как Дмитрий Толстой, министр внутренних дел России в конце XIX века. И аполитичный насмешник Алексей Константинович Толстой в середине XIX века в своих стихах будет постоянно дергать наравне с царской бюрократией романовскую систему МВД и тайный сыск Третьего отделения, — это тоже потомок Петра Андреевича.
Будет среди потомков, по некоторым историческим версиям, и писатель Алексей Николаевич Толстой, написавший свой объемный фолиант «Петр Великий», где пращуру тоже уделено немало хвалебных слов. Правда, изначально Алексей Николаевич к Петру I и своему предку относился не столь восторженно. Это только став советским классиком, он скорректировал свою позицию по линии партии. А в первых, еще послереволюционных пьесах «На дыбе» и «День Петра» А.Н. Толстой рисовал Петра и его окружение в гораздо более мрачных тонах, почти в стиле Мережковского, изобличавшего Петра Великого как антихриста и безумного садиста под личиной реформатора. Досталось здесь от потомка и Петру Андреевичу Толстому. В пьесе «День Петра», почти полностью посвященной деятельности Тайной канцелярии, образ Петра Толстого выглядит откровенно отталкивающим. Главный сюжет «Дня Петра» — это словесная дуэль в подвале Тайной канцелярии императора России и подследственного агитатора из раскольников Варлаама. Толстой же сидит на периферии сюжета в образе послушного, жестокого и трусливого опричника царя, он хмурым упырем греется у камина в своем кабинете Тайной канцелярии, отдает приказы подчиненным и испуганно замирает от угрозы Петра: «Молчи, дурак! Смотри, Толстой, как бы и твоя голова не слетела!» Вряд ли Петру Андреевичу понравилась бы такая оценка своей деятельности со стороны знаменитого продолжателя его графского рода, но этот образ Алексея Николаевича довольно близок к реальному персонажу нашей истории и первому главе Тайной канцелярии.