Основная перестройка Египетского государства происходила при Тутмосе I (1507—1494 до н.э.), вскоре после окончательного изгнания гиксосов. Столица была перенесена из Фив на север, в Мемфис, который имел более удобное расположение для контроля ключевых коммуникаций с государствами восточнее Синая. Это был также центр военной и внутренней администрации. Фивы были оставлены для религиозных церемоний, а в близлежащем Карнаке «долина царей» и «долина цариц» использовались для захоронения правителей. В середине XV века до н.э. египтяне проводили кампании на восток до самого Евфрата. Незадолго до 1400 года н.э., вслед за подавлением Аменхетепом II крупного мятежа в Леванте, египтяне поняли, что возможные границы их контроля лежат в центре этого региона. Были заключены соглашения с правителями Митанни, которые ранее бросали Египту вызов, и при следующем египетском правителе, Тутмосе IV, был заключен брачный союз.
Последняя фаза могущества Египта наступила при 19-й династии, в особенности при Рамсесе II (1290—1224 до н.э.). Было сделано отчаянное усилие, чтобы распространиться в Левант — но это вызвало только сопротивление Хеттской империи, которая расширялась на юг от Анатолии. Битва при Кадеше в 1285 году до н.э., хотя и провозглашенная как великий успех на монументах Рамсеса II, воздвигнутых им самому себе, на деле закончилась вничью.
В мирном договоре с хеттами от 1269 года до н.э. Рамсес изображает себя милостиво принимающим мольбы подчиненных. На самом же деле это был мир равных, в котором нуждались обе стороны — особенно египтяне, так как они находились под давлением групп, рвущихся в Египет из пустыни на запад. В 1256 году до н.э. хеттская принцесса вышла замуж за Рамсеса II, и войн между двумя силами больше не происходило. Имперская природа Египетского государства хорошо иллюстрировалась монументами, воздвигаемыми правителями. Громадные храмы и вымощенные дороги для процессий создавались, чтобы поразить воображение людей, а также дабы обеспечить достаточное пространство для массовых общественных и религиозных празднеств. Резьба и тексты, написанные иероглифами, сообщают о военных победах, поражение врага и публичных казнях пленных. Божественность природы правителя, данный ему теперь формально титул пер’ао или «фараон», означающий «Великий Дом», стала центральной для государственной идеологии.
Точная природа святости фараона и различных египетских богов находилась в центре диспутов во время так называемого «периода Амарны», последствия этих споров прослеживаются от Эхнатона (1364—1347 до н.э.) до Харемхеба (1332—1306 до н.э.). Это был основной период внутренних проблем в Египте, однако они не отразились на степени внешнего контроля над присоединенными областями. Египетская религия никогда не была статичной, она постоянно развивалась, пока не была захлестнута греческим влиянием в конце IV века до н.э. Ее теология, развитая священниками, строилась вокруг магии имен и слов в попытке объединить две противоположные идеи — исторически сложившееся многообразие богов и требуемое обеспечение единства священной власти, выраженное через власть солнца. Поэтому солнцу-богу Ра было дано семьдесят пять имен, которые являлись также именами других богов, когда-то бывших божествами природы. Человеческое обличие бога-солнца, Амон-Ра из Фив, имело особенно могущественный культ. Оно было также привязано к египетской идее маат —которая лучше всего понимается как «правда», «справедливость» и правильный порядок Вселенной. Маат стала богиней в качестве дочери Ра.
Эта система была перевернута Аменхетепом IV, когда он переименовал себя в Эхнатона в честь атен — солнечного диска; на изображении из фигуры фараона исходили многочисленные лучи и заканчивались в его ладони. Эхнатон увидел в атен вселенского создателя всей жизни. Это не было новым, к Амону-Ра в Фивах часто обращались таким же образом. В этом особом внимании к атен можно также увидеть кульминацию более ранних проявлений особого внимания к власти бога-солнца. Новым было стирание образов других богов, которые больше не считались излучениями солнца, подчеркнутое внимание к солнцу-диску без человеческих черт и отмена Вселенной, населенной множеством священных существ. Одновременно ресурсы храмов других богов были перемещены в пользу единого бога Атона.
Вдобавок была усилена роль Эхнатона как единого земного воплощения атен — а отсюда следовало дальнейшее упрочение слияния бога и фараона. Эхнатон регулярно описывал себя как человека, который «живет по маат», — закладывая новую правду в природу бога. Он создал абсолютно новый город на полпути между Мемфисом и Фивами, в области, где не было других храмов, чтобы поклонение атен не загрязнялось ничем. Город, известный теперь как Амарна, должен был называться Эхнатон — «горизонт солнца». Его строительство потребовало огромных усилий государства и мобилизации массы рабочих — на самом пике население города составляло примерно 50 000 человек.
Как интерпретировать этот эпизод — вопрос дискуссионный. На монументах, которые воздвиг Эхнатон, он обычно изображен с крайне сильно искаженными чертами лица, как и все его ближайшие родственники. Есть мнение, что он страдал от особой наследственной болезни. Но скорее всего искажение лиц является умышленной попыткой изобразить Эхнатона и его семью как не людей, а полусвятых.
Конечно, Эхнатон и его главная жена Нефертити были признаны священными, и в течение жизни считались вместилищами сути атен. Для многих толкователей культ Эхнатона кажется близким к монотеизму — и в западной традиции это рассматривается как шаг на более высокую ступень по сравнению со старыми верованиями, то есть как «прогресс» (является ли монотеистическим христианство, трудный вопрос). В некоторых аспектах Эхнатона вполне можно рассматривать предшественником иудаизма. Однако идеи атен не относились к моральному совершенствованию — они просто являлись источником жизни. Поэтому они очень отличались от более поздней (возникшей несколько веков спустя) иудейской веры в бога Яхве, который был вспыльчивым, вмешивался в человеческие дела и дал евреям исключительность по сравнению со всеми остальными людьми.
После смерти Эхнатона все его идеи были отвергнуты, культ атен пресекся, а великий город Амарна был разрушен. Он быстро стал просто «врагом», и его правление считалось ужасом, попыткой низвергнуть принятую и давно устоявшуюся египетскую систему верований. Неизвестно точно, почему последовала такая ярая реакция. Ясно то, что она не распространилась на наследников Эхнатона — которые продолжали править как часть 19-й династии. Ему наследовал Тутанхамон, который, возможно, являлся его братом и женился на одной из дочерей Эхнатона. Его первое имя было Тутанхатон; изменение имени символизировало восстановление старого порядка с Амоном-Ра во главе богов. Ему наследовал Эйе — вероятно, отец главной жены Эхнатона, Нефертити. Последний правитель 19-й династии, Харемхеб, который умер в 1306 году до н.э., был женат на дочери Эйе, то есть сестре Нефертити.
Эти внутренние потрясения в течение последней половины XIV века до н.э. оказали мало влияния на функционирование Египетского государства в период Нового царства. Храмы и громадные места захоронений фараонов, с их огромным количеством священников, поддерживались продуктами и рабочими с ряда поместий. Например, Лахун, город, предназначенный для содержания пирамиды в порядке и проведения обрядов для Сенусерта II, был разбит по строгому плану. Там было несколько больших домов со сложной планировкой, где жили представители элиты. Большое количество населения, около 3000 человек, жило в 220 домах, каждый размером в одну двадцатую от размера домов элиты. Эти люди явно были организованы в команды или группы для различных занятий, и каждая такая группа целиком зависела от одного из амбаров в домах элиты — не существовало центрального хранилища для всего города. При других храмах штат обслуги был организован по группам — обычно было десять групп, и каждая работала в храме в течение месяца, прежде чем вернуться к работе в деревне. Это был единственный путь сочетания храмовой и государственной службы с нуждами производства сельскохозяйственных излишков, от которых зависела элита.
