Меры по организации разведки на Балтийском флоте принимались, хотя и не отличались удовлетворительными результатами. В приказе № 351 по флоту Балтийского моря от 16 июня 1918 г. в штатах штаба флота предусматривалось иметь оперативную часть и ряд отделов. В оперативную часть входило и разведывательное отделение. Штат морского разведывательного отделения был утвержден председателем РВСР Л. Троцким только 5 февраля 1919 г. На запрос начальника МГШ от 7 июля 1918 г. из штаба Балтийского флота сообщили о принятии следующих мер:
1. Организуется агентурная разведка в Финляндии и Карелии.
2. В районе Ладожского озера ведется воздушная разведка, организуются базы для воз-духотряда в Шлиссельбурге, Лодейном поле и Ладоге.
3. Послана на разведку в Ладожское озеро подводная лодка. Результаты разведки не получены.
4. Несут сторожевую службу в Ладожском озере: 4 угольных эсминца. 4 сторожевых судна и одна подлодка. Крайне необходимо скорейшее утверждение штатов службы связи, открытие кредитов на оборудование базы и создание контрразведки в Шлиссельбурге.
Осенью 1918 г. РВСР принял решение о создании четырех районов Службы связи Балтийского флота: Кронштадтского. Петроградского. Шлиссельбургского и Онежского. Начали приниматься меры по восстановлению радиоразведки в системе Службы связи Балтийского флота. Радиоразведкой занималась только радиостанция Новая Голландия, откуда сведения поступали непосредственно в Смольный. На некоторых кораблях посты радиосвязи эпизодически вели перехват радиограмм английских кораблей. Вместе с этим разведка была эпизодической и ненадежной. Свидетельством этого было появление в декабре 1918 г. в районе Ревеля английской эскадры, угрожающей высадить десант на подходах к Петрограду, что явилось полной неожиданностью для командования флота и главного командования РККА, и с новой остротой стал вопрос о разведке на море.
Сложной обстановка была и на Черном море, где под угрозой захвата немцами кораблей и судов в Севастополе они были переведены в Новороссийск, а затем в связи с безвыходным положением, наступлением немцев на Северный Кавказ были затоплены. В этих условиях радиоразведывательная деятельность на Черноморском флоте была практически прекращена.
Несмотря на централизацию разведывательной деятельности в Регистрационном управлении органа Полевого штаба РВСР. структуры, организующей и ведущей военно-морскую разведку, в ноябре 1918 г. создано не было. И только 5 февраля 1919 г. Реввоенсовет Республики утвердил штат морского агентурного отделения: начальник отделения из числа бывших морских офицеров: политический комиссар; один помощник из бывших армейских офицеров: два сотрудника для поручений из бывших морских офицеров; четыре переводчика, владеющих минимум тремя иностранными языками: один переводчик, владеющий одним иностранным языком: чертежник: два делопроизводителя (члены партии); три «машиниста» (один член партии): три курьера-сторожа и один журналист. К своей деятельности «Морское Агентурное отделение при Регистрационном Управлении Полевого Штаба Реввоенсовета Республики» приступило 22 февраля 1919 г.
«Центральное Морское отделение. — отмечалось в докладе о деятельности Морского отделения за период с 1 марта по 15 мая 1919 г… - установлено в Москве, функции которого обнимают во всем объеме как самую организацию разведки, так и связь с разведпунктами. систематизацию сводок, постановку заданий, подготовку агентов, финансирования всего аппарата. снабжения и контроля». На Морское агентурное отделение возлагались задачи «выяснения дислокации неприятельских сил» на следующих театрах военных действий: Северном («Мурманск. Архангельск. Белое море»): Балтийском («Ботнический. Финский и Рижский залив, проливы и река Висла»): Черноморском («с проливами. Азовским морем и устьем Дуная»); Каспийском (Каспийское море); Восточном («Волга. Урал»), «…Для выполнения более узких задач, имеющих местное значение для данного флота, или данной морской оборонительной зоны» с помощью агентуры в разное время были открыты разведывательные пункты на острове Котлине («для обследования района операций против Кронштадта с моря»); в Петрограде («для обследования района озер Ладожского. Онежского, Чудского и бассейна прилегающих рек»); в Казани («для наблюдения морской деятельности противника по бассейнам рек Волги. Камы, Оки и Белой, участков Пермского и Уфимского района, а также Северной Двины»); в Харькове («для постановки заданий местного характера для Азовского и Черного моря, а также связи с центром и Каспийским морем»).
Первым начальником отделения стал бывший капитан 1-го ранга М.И. Дунин-Борковский. назначенный на эту должность 9 февраля 1919 г. с должности начальника Иностранного отдела Морского генерального штаба. Однако вскоре он был арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности и 8 апреля предстал перед судом Верховного трибунала в качестве бывшего начальника Иностранного отдела МГШ. Временное исполнение обязанностей начальника Морской агентурной разведки было возложено на комиссара отделения Ф. Корягина. Но уже 22 апреля 1919 г. исполнение обязанностей начальника отделения было передано бывшему офицеру А.А. Деливрону.
19 июня 1919 г. Морское агентурное отделение было переименовано в Морской агентурный отдел Регистрационного управления Полевого штаба РВСР с задачей ведения разведки на Балтийском, Черном и Каспийском морях.
Организация и ведение разведки Морским агентурным отделением не отличались от подходов, принятых Агентурным (Сухопутным агентурным) отделом. Так как в распоряжении отделения не имелось «подготовленных агентов-резидентов», то пришлось «ограничиться посылкой агентов-разведчиков». Ввиду того что Республика не имела телеграфной и почтовой связи с пунктами, расположенными за фронтовой линией, «главным средством связи» были признаны «ходоки» (агенты-ходоки). Для ускорения передачи доставленных ходоками сведений. возможно, ближе к фронту были выдвинуты приемные пункты. «Работа Морского отделения. — отмечалось в докладе о деятельности Морского отделения за период с 1 марта по 15 мая 1919 г… - протекала при недостаточно нормальных условиях, так как в силу отрицательного отношения бывших офицеров к подобного рода службе не удалось до сего времени заполнить штаты соответствующими техническими руководителями». До 15 мая 1919 г. было «отправлено в работу 108 человек», причем имелось еще в резерве 30 «неподготовленных агентов». В большинстве случаев это были люди самых разнообразных профессий, чаще всего далекие от морского дела. Лишь немногие из них служили в годы Первой мировой войны на флоте на низовых должностях машинистов, кочегаров, мотористов. Среди агентов-ходоков Морского отделения происходил большой отсев — очень редко кто-нибудь из них отправлялся на второе или третье задание.
Направляемые с разведывательным заданием агенты Морского отделения должны были установить состав, дислокацию морских сил противника, настроение флотских команд. Так как боевые действия в годы Гражданской войны велись в основном на суше, то агенты Морского отделения зачастую выполняли задачи по изучению сухопутных сил противника, политики, проводимой военными властями по отношению к местному населению, настроений жителей на территориях, занятых противником, их отношения к приходу частей Красной Армии. Выполнение подобного рода заданий требовало значительного времени, а с учетом трудности и продолжительности доставки собранных сведений и маневренного характера войны поступавшие разведывательные сведения существенно устаревали и теряли свою актуальность. Так, как отмечает исследователь О.В. Каримов, с 31 июля 1919 г. по 2 февраля 1920 г. находился на задании бывший гимназист — агент Б.И. Павликовский. считавшийся наиболее результативным из числа имевшейся агентуры и выделявшийся на общем фоне уровнем своей образованности. Ему была поставлена задача установить силы белой армии и ее союзников в Крыму и, в частности, в Севастополе. В докладе о проделанной работе он сообщил о том, что в Севастополе базируются 5 крейсеров. 1 дредноут и 5 подводных лодок русского Черноморского флота. Также им было установлено, что к октябрю 1919 г. союзники доставили в Крым для белой армии 20 танков и 10 вагонов снарядов. Большая часть военных грузов переправлялась в Новороссийск. Большое внимание агент уделил изучению отношения местного населения к военным и гражданским властям. Было выявлено начавшееся охлаждение в отношениях белой армии и войск союзников. Зачастую агентуре не удавалось добраться до места назначения. Так. бывший моторист А.И. Холодов, находившийся на задании с сентября 1919 г. по март 1920 г., должен был прибыть в Одессу и выяснить корабельный состав и наличие артиллерии белой армии на северном побережье Черного моря; количество иностранных войск и график военных перевозок с Кавказского побережья. Однако добраться до Одессы Холодов не смог и был вынужден осесть в Севастополе. Доставленные им сведения подтвердили и дополнили донесение Б.И. Павликовского. Стал известен численный состав команд, их настроение, а также было установлено, что 4 из 5 базировавшихся в Севастополе подводных лодок были неисправны. Были получены сведения о количестве вооруженных формирований Махно и о его намерениях действовать против войск Деникина.
