В 576 г. тюркский каган Турксанф направил свои орды на завоевание Боспора, объявив тем самым войну самой Византийском империи. Города Таманского полуострова вновь подверглись нападению, и некоторые из них закончили свое существование. Однако кочевники, по всей видимости, понимали, что городские кварталы трудно превратить в пастбища для овец. Значительно выгоднее было обложить их данью и держать в постоянном страхе.
Известно, что вождь болгар Кубрат сумел освободиться из-под власти кагана и основал в Приазовье самостоятельное государство под названием «Великая Болгария». В его состав вошли вытесненные тюрками из Северного Кавказа ираноязычные аланы и остатки жителей Боспорского царства. Правда, столицей нового государства стала не Гермонасса, расположенная почти посередине нынешнего Керченского пролива, а разрушенная Фанагория, лежавшая существенно ближе к Азову. Наследник Кубрата – его сын Батбай – остался на Таманском полуострове и признал власть хазар. Все эти события произошли в середине VII в. С этого времени Таманский полуостров стал частью первого в Восточной Европе раннефеодального государства – Хазарского каганата.
Таманские города стали принимать участие в политической жизни Хазарии и Византии. Так, в конце VII в. в Фанагории жил свергнутый с престола император Юстиниан II. Хазарский каган выдал за него замуж свою сестру, названную при крещении Феодорой. При Юстиниане находился личный представитель кагана Папаций, который совместно с византийцами организовал заговор против опального императора. Феодора предупредила мужа о грозящей опасности, и Юстиниан уничтожил заговорщиков, а позднее, как известно, вернул себе византийский престол.
Крупнейшим городом Хазарского каганата на Таманском полуострове стала Таматарха – бывшая греческая Гермонасса. В VIII в. здесь была основана самостоятельная Таматархская епархия – несомненный признак возросшего значения города для региона.
По мнению выдающегося русского историка Г.В. Вернадского, само название города, скорее всего, происходит от алтайских слов «тма» (ср. персидское «туман») – военный отряд в десять тысяч человек – и «тархан» (вождь). «Предположительно, во время тюркского вторжения на Северный Кавказ в VI в. командующий тюркским отрядом «тма-тархан» устроил свой штаб в дельте Кубани, отсюда и название города», – пишет Г.В. Вернадский. Греки эллинизировали название, изменив его на Tnmatarca, или Таматарха. Поскольку по-гречески «таматархес» означает «командир полка», имя сохранило свое изначальное значение даже в эллинизированной форме. В византийских источниках Таматарха упоминается начиная с VIII в.
При хазарах, в VII – Х вв., город стал крупнейшим хозяйственным и торговым центром государства – главной перевалочной базой Киммерийского Боспора. Территория, занимаемая Таматархой, включала всю площадь античной Гермонассы, а местами выходила за ее пределы. Застройка города, как и в античное время, была нерегулярной. Небольшие дома с открытыми очагами, деревянными стенами, обмазанными глиной, с земляной или соломенной крышей свободно размещались по сторонам мощенных битой керамикой улиц. Характерным строительным приемом этого времени является кладка каменных стен и цоколей «в елочку», под углом к наружной поверхности стены. Здания и улицы периодически ремонтировались и обновлялись. В хазарское время в городе были собственные керамические мастерские. Многочисленные византийские монеты и остатки привозной посуды говорят еще и об интенсивном торговом обмене с Византией. Император Константин Багрянородный, правивший в 913–959 гг. и известный своими литературными и историческими трудами, в сочинении «Об управлении империей» упоминает город Таматарху, лежащий на берегу Боспора. Таматарха, под названием Самкерц, упомянута в относящемся к середине Х в. послании хазарского кагана Иосифа кордовскому халифу.
В 965 году киевский князь Святослав наголову разгромил хазар. Так в составе Киевской Руси появилось Тмутараканское княжество. Его стольным градом стала хазаро-византийская Таматарха, зазвучавшая по-русски как Тмутаракань.
Началась третья жизнь уникального города.
В 988 г. креститель Руси св. Владимир посадил на тмутараканский престол своего сына Мстислава.
В Таманском археологическом музее в современной станице Тамань сейчас хранится мемориальная колонна с надписью о находке знаменитого тмутараканского камня: «Свидетель веков прошедших послужил великой Екатерине к обретению исторической истины о царстве Тмутараканском, найденном в 1792 г. атаманом Головатым. Свидетельство его свету сообщил граф Пушкин…»
Еще в 1736 г., за 56 лет до находки камня, петербургский профессор Г.З. Байер писал: «Тмутаракань есть то самое место, которое цесарь Константин Порфирородный Таматаркою называет и полагает против Босфора или Керчи. Ныне называется сие место на турецких ландкартах Темрюк и лежит против крепости Тамана в северо-восточной стороне подле Меотического моря».
В Тамани были найдены монеты тмутараканского князя Олега-Михаила, сделанные из серебра и по внешнему виду очень напоминающие византийские милиарисии. Кстати, жена Олега – знатная гречанка Феофания Музалон – носила титул архонтессы России (Росии/Руссии/Русии)… Нет – не всей страны конечно. Так назывался один из городов Тмутараканского княжества, точное местонахождение которого, к сожалению, также не установлено. Скорее всего, это был ближайший к Тмутаракани город, так как тому есть косвенные подтверждения. Олег, в последний раз вокняжившись в Тмутаракани, через некоторое время избавился от своей жены-гречанки, отдав ей город Россию (отсюда и архонтесса), а сам женился на дочери половецкого хана Осолука, скорее всего, из политических соображений. Феофания перешла в Россию со всей своей византийской дружиной, а Олег остался с половцами. После этого между городами постоянно происходили конфликты. В принципе, не исключено, что передача России Феофании была оговорена еще перед заключением брака в Византии
Последний раз Тмутаракань упоминается в летописях под 1094 г., когда князь Олег с половцами пришел в Чернигов (В.Н. Татищев, правда, считал, что Олег владел Тмутараканским княжеством и в 1113 г.). После этого глухие упоминания о Тмутаракани есть только в «Слове о полку Игореве», где она названа «землей незнаемой». Дикое поле половцев надолго отрезало княжество от земли русской. Именно тогда герой «Слова…» князь Игорь, внук Олега Гориславича, организовал боевой поход, чтобы «поискати града Тмутараканю».
Подчинение Тмутаракани русским князьям вовсе не означало преобладания в ней русского населения. В городе жили представители многих местных племен, и только княжеская дружина, видимо, была в основном русской. Окончательный уход русских дружин из причерноморских степей и с берегов Киммерийского Боспора на рубеже XI–XII вв., спровоцированный событиями в Киевском государстве, полностью разрушил связь Руси с Тмутараканью.
В эпоху монголо-татарского нашествия в приазовских степях образовалась самостоятельная орда во главе с ханом Ногаем, который установил дружеские отношения с Византией и даже женился на одной из дочерей императора Михаила Палеолога. По имени этого хана, татаро-монгольские племена Северного Кавказа стали называться ногайцами. Чуть позже возникла генуэзская колония на месте древней Гермонассы – Таматархи– Тмутаракани. На генуэзских картах XIV–XVI вв. на этом месте показан город Матрега. Генуэзское поселение здесь вряд ли было значительным, хотя в грамоте 1446 г. упоминается Симоне де Гвизольфи – князь Матреги или византийский консул, данник туземных правителей. Он женился на дочери половецкого хана Биха-ханум. С появлением итальянских купцов города Восточного Крыма и Тамани были вовлечены в мировую торговлю Западной Европы с Востоком. Судя по незначительной мощности культурного слоя генуэзского времени, Матрега сильно уступала итальянским городам Крыма: Кафе, Солхату, Боспоро.