Патриарх Тихон, несмотря на притеснения от властей, не изменял своим обычным принципам и убеждениям. В своих пастырских посланиях он осуждал и практически предал анафеме советскую власть. Патриарх обличал и осуждал власть большевиков за принятие и реализацию так называемого декрета об отделении Церкви от государства и школы от Церкви (1918 г.), по которому Церковь лишалась прав юридического лица и имущества. Также он осудил постановление Народного комиссариата юстиции о вскрытии мощей (1919 г.) и его реализацию, декрет ВЦИК об изъятии церковных ценностей на нужды голодающих (1922 г.) и его реализацию на местах, закрытие, осквернение и разрушение церквей и монастырей, закрытие духовных учебных заведений, прекращение преподавания Закона Божьего в школах, резко выступал против репрессий священнослужителей и убийства их. С начала революционных событий в России в 1917 г., затем в последующие годы патриарх Тихон сожалел о внутренних распрях в России, о пролитой крови, потерянных многих жизнях в братоубийственной войне. В 1918 г. вышло Послание патриарха Тихона, предававшее анафеме всех, проливающих невинную кровь. В том же 1918 г. вышло Обращение патриарха Тихона к Совету народных комиссаров – в связи с первой годовщиной Октябрьской революции – с призывом прекратить братоубийство. В 1919 г. в разгар Гражданской войны патриарх написал послание с требованием духовенству не вступать в политическую борьбу. Этим он выразил верность принципу невмешательства Церкви в политическую борьбу при сохранении своей внутренней свободы.
Исключительно сложной стала обстановка в стране в 1921 г.: Гражданская война, неумелая продовольственная политика, политические просчеты вызвали небывалый голод в России. Был создан Всероссийский Церковный комитет помощи голодающим под председательством патриарха Тихона, который был официально зарегистрирован, но функционировал чуть более месяца. Было напечатано 100-тысячным тиражом воззвание патриарха к верующим с просьбой помочь голодающим россиянам. Комитет и воззвание патриарха сделали доброе дело: Американская организация помощи, мировая общественность во главе со знаменитым Ф. Нансеном, включились в борьбу с голодом в России. Патриарх Тихон в 1921 г. обратился с посланием к верующим и благословил добровольное пожертвование церковных ценностей, не имеющих богослужебного употребления, во имя борьбы с голодом. Однако, несмотря на это, по постановлению ВЦИК в начале 1922 г. изъятию из церквей и монастырей подлежали абсолютно все драгоценные предметы. Речь шла об изъятии церковной утвари, предметов, имеющих сакральный характер в Православной Церкви, что по церковным канонам оценивалось как святотатство. Теперь известно, что многие конфискованные в те годы драгоценные предметы просто исчезли.
Патриарх Тихон резко осудил полное изъятие церковных ценностей, а верующие активно сопротивлялись этому процессу. К концу 1922 г. по делу об изъятии церковных ценностей были расстреляны и погибли более восьми тысяч человек. В марте 1922 г. в газете «Известия» был опубликован «Список врагов народа», и первым в нем был указан патриарх Тихон с церковным Собором. С каждым днем все большая и большая опасность угрожала патриарху Тихону.
На московском процессе в апреле 1922 г., окончившемся одиннадцатью смертными приговорами, патриарху Тихону были предъявлены два обвинения: препятствовал спасению жизней погибающих от голода и сочувствовал контрреволюционному движению в период Гражданской войны. Но все-таки власти испугались вынести патриарху смертный приговор: слишком велики были народная любовь, уважение, преклонение перед ним. Однако с лета 1922 г. по июнь 1923 г. патриарх был под арестом в тюрьме на Лубянке. А до этого он пребывал под домашним арестом в своем Троицком митрополичьем подворье на ул. Самотека.
Наряду с конфликтами с властями были у патриарха Тихона и другие серьезные тревоги. В новых исторических условиях в ущерб авторитету, силе и мощи Русской Православной Церкви в ней усиливалось движение «обновленцев». Они шли на компромиссные союзы с властями и стремились захватить Церковь в свои руки. В период обновленческого раскола патриарху и его сторонникам удалось сохранить истинную Христианскую церковь.
Патриарха Тихона все-таки освободили из московской тюрьмы на Лубянке. Ему пришлось поселиться в Донском монастыре, так как дом, в котором он жил раньше, отдали другим жильцам. В Донской монастырь к патриарху Тихону приезжали духовные и простые верующие не только со всей Москвы, но и из разных уголков страны. Доступ к нему был свободным. Из Донского монастыря патриарх выезжал служить в храмы Москвы, при этом он избегал пышных церемоний, ехал на извозчике в сопровождении келейника. При этом, пока он жил в монастыре, за ним велось постоянное наблюдение, его письма вскрывались, следили и за верными ему людьми. На патриарха Тихона было совершено два покушения. Первое произошло в 1919 г. при выходе из Храма Христа Спасителя, когда женщина ударила его ножом в бок, тогда патриарха спас кожаный пояс на подряснике под рясой, смягчивший удар ножа. Второе покушение на патриарха произошло в Донском монастыре в 1924 г. Неизвестные ворвались в его келью, раздалось пять выстрелов, но келейник патриарха – Я.А. Полозов – успел заслонить его, но сам был убит. Неизвестным удалось скрыться.
После освобождения из тюрьмы у патриарха время от времени случались обмороки, врачи обнаружили у него заболевание почек. Болезни обострялись. В 1925 г. его положили на лечение в частную лечебницу Бакуниных, рядом с Зачатьевским монастырем на Остоженке. Даже пребывая на лечении, он периодически выезжал из нее на службу в храмы Москвы. В один из дней он почувствовал себя хуже и согласился для улучшения самочувствия сделать ему укол морфия. После этого через несколько часов он умер. Мало кто верил в его естественную смерть, ибо за годы советской власти неоднократно пытались совершить насилие над его телом и духом. Отпевали патриарха в большом соборе Донского монастыря. Похоронили его в Донском монастыре в марте 1925 г. Даже после смерти он оставался страшным и опасным для правителей. Место его захоронения хотели постепенно стереть в памяти людей. В 1925 г. тело патриарха Тихона перезахоронили на Введенском кладбище (это само по себе крайнее невежество, – кладбище считалось иноверным, на нем хоронили, в основном не православных людей, а католиков и протестантов; кладбище поэтому еще называли Немецким). В 1946 г., к приезду в Москву вселенских патриархов, останки патриарха Тихона в одну ночь возвратили в отреставрированный Малый собор Донского монастыря.
Только в начале 1990-х гг., с благословения Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигер Алексей Михайлович, род. в 1929 г.), были начаты поиски останков патриарха Тихона. Осенью 1991 г. случился пожар в Донском монастыре, который ускорил ход работ. После снятия гробницы в малом соборе Донского монастыря рабочие обнаружили плиту с надписью «Святейший Патриарх Тихон». В начале 1992 г. состоялось освидетельствование мощей. Патриарх Тихон был канонизирован в 1989 г. (а Русская Православная зарубежная Церковь осуществила канонизацию в 1981 г.). Его мощи покоятся в Донском монастыре в Москве.
Ощущается несомненная, хотя сразу не бросающаяся в глаза связь Святителя Тихона и протоиерея Иоанна Кронштадтского, а еще точнее – символическое предсказание Иоанна Кронштадтского передачи пальмы духовного первенства и роли главного народного духовного наставника и заступника со временем именно этому, тогда еще только Ярославскому архипастырю. В 1908 г. архиепископ Ярославский Тихон посетил уже тяжело больного отца Иоанна Кронштадтского. Они долго сидели рядом, беседовали. Затем отец Иоанн, имевший тогда авторитет главного духовного авторитета России (ему поклонялась вся страна), встал и сказал архиепископу Тихону: «Теперь, Владыка, садись Вы на мое место, а я пойду отдохну». Но в тот день 43-летний Тихон не посмел сесть на место 79-летнего отца Иоанна, который через несколько месяцев, в следующем году, умер. В январе 1909 г. архиепископ Тихон на лошадях добрался до Успенского женского скита и совершил заупокойную Божественную литургию в 40-й день кончины устроителя этого скита протоиерея Иоанна Кронштадтского. Так что существует явная связь великого русского святого протоиерея Иоанна Кронштадтского с Ярославской землей и с другим великим русским святым – патриархом Тихоном.