Не меньшее раздражение казачества вызвали и попытки Ляпунова наладить хоть какое-то подобие дисциплины в ополчении. Воровские казаки из ополчения грабили села и гброда в ближнем и дальнем Подмосковье с не меньшей жестокостью, чем запорожцы или частные армии польских панов.
Возмущенный грабежами и убийствами мирных граждан воевода Матвей Плещеев поймал 28 казаков и велел их утопить. Однако подоспевшие их товарищи отбили осужденных. Мало того, казаки собрали круг и начали высказывать претензии руководству ополчения. Ляпунов разгневался, решил покинуть лагерь ополчения и уехать в Рязань. По приказу Заруцкого казаки нагнали его у Симонова монастыря и уговорили остаться. Заруцкий боялся, что в Рязани Ляпунов начнет сбор нового и уже однородного дворянского ополчения.
Поляки хорошо знали все происходившее в лагере осаждающих. Гонсевский понимал, что ополчение держится на Ляпунове, а казаков с Трубецким и Заруцким он не боялся. И «староста московский» решил устроить провокацию. Во время одной из стычек поляки взяли в плен донского казака, который был побратимом атамана Исидора Заварзина. Заварзин захотел освободить товарища и вступил в переговоры с Гонсевским, предлагая выкуп. Гонсевский воспользовался этим случаем и велел написать подложную грамоту от имени Ляпунова. Грамота была адресована во все города России. Там говорилось: «Где поймают казака — бить и топить, а когда, Бог даст, государство Московское успокоится, то мы весь этот злой народ истребим».
Подделка была отдана освобожденному казаку, а тот, вернувшись к своим, отдал грамоту Заварзину: «Вот, брат, смотри, какую измену над нашею братьею, казаками, Ляпунов делает! Вот грамоты, которые литва перехватила». Взяв грамоту, Заварзин ответил: «Теперь мы его, блядского сына, убьем!»
22 июня 1611 года казаки собрали круг, зачитали письмо и потребовали на круг главных воевод. Трубецкой и Заруцкий на круг не поехали. Ляпунов тоже отказал посланному за ним атаману Сергею Карамышеву. Тогда круг направил к Ляпунову двух детей боярских: Сильвестра Толстого и Юрия Потемкина. Те поручились, что войско не причинит воеводе никакого вреда. Поверив им, Ляпунов поехал к казакам в сопровождении нескольких дворян.
Когда Ляпунов вошел в круг, атаман Карамышев стал кричать, что он изменник, и показал грамоту воеводе грамоту. Ляпунов посмотрел на грамоту и сказал: «Рука похожа на мою, только я не писал». В ответ Карамышев ударил воеводу саблей. Ляпунова пытался защитить дворянин Иван Никитич Ржевский, но озверелые казаки изрубили саблями обоих.
Заметим, что ни Трубецкой, ни тем более Заруцкий не пытались не только защитить Ляпунова, но даже соблюсти приличия после его смерти. Три дня изрубленные тела Ляпунова и Ржевского валялись рядом с казацким острожком. Тела были сильно обезображены бродячими собаками. Лишь на четвертый день тела бросили в простую телегу и отвезли в ближайшую церковь на Воронцовском поле. Оттуда тела перевезли в Троице-Сергиев монастырь и там захоронили без всяких почестей. Надпись на простом каменном надгробии гласила: «Прокопий Ляпунов да Иван Ржевской, убиты 7119 (1611) году июля в 22 день».
Убийство воеводы показало, что главные воеводы потеряли контроль над ополчением, а само ополчение из земской рати, вставшей на защиту отечества, превратилось в шайку разбойников.
Через несколько дней после убийства Ляпунова в ополчение из Казани доставили список с иконы Казанской Богородицы. Руководство ополчения решило устроить торжественную встречу иконы. Духовенство и все служилые люди пошли пешком навстречу иконе, а Заруцкий с казаками выехали верхом. Казаки решили, что служилые люди хотят отличиться от них благочестием, и начали оскорблять их. Вскоре казакам и этого показалось мало, и они пустили в ход сабли. Несколько десятков дворян и стрельцов было убито и ранено. Заруцкий и Трубецкой, как и в случае с Ляпуновым, принципиально не вмешивались.
После этого инцидента началось массовое бегство из ополчения дворян и других служилых людей. Наиболее богатые из дворян покупали у Заруцкого воеводства и другие должности и отправлялись на места службы наверстывать заплаченные деньги.
Под Москвой остались в основном воровские казаки и некоторое число дворян, привыкших к разбоям и разгульной жизни. Большинство из них привыкли жить и ладить с казаками в Тушине и Калуге у Лжедмитрия II.
4 августа 1611 года к Москве вновь подошло воинство Петра Сапеги, везшее с собой большой обоз с провиантом. Сапега атаковал казачьи острожки за Яузой, намереваясь прорваться в Китай-город через Яузские ворота. Однако казакам удалось отбиться от сапеженцев. Из Белого города пошли на вылазку поляки Гонсевского и тоже были отбиты с большим уроном.
На следующий день Сапега напал на русских с Запада. Навстречу ему опять сделали вылазку осажденные. В Белом городе шли ожесточенные бои. Полякам удалось захватить Арбатские и Никитские ворота Белого города и беспрепятственно провести в Кремль обоз с продовольствием. Позже поляки — участники сражения — писали, что русские были чрезвычайно испуганы, и вечером 5 августа их можно было разгромить наголову. Однако когда Гонсевский попытался ввести в бой свежие хоругви, стоявшие в Кремле, они попросту отказались выходить из-под защиты стен.
Утром 6 августа Гонсевский и Сапега отдали приказ о генеральной атаке русских. И на сей раз несколько хоругвей отказались повиноваться. Гонсевскому пришлось дать отбой. Вскоре Сапега заболел и 14 сентября умер в Кремле в доме Шуйского.
В марте 1611 года литовский гетман Карл Ходкевич с частью польских войск, дислоцированных в Ливонии, двинулся на Русь. Для начала он осадил Печерский монастырь. Осада монастыря продлилась шесть недель. Поляки семь раз ходили на приступ и были отбиты. Из Риги доставили несколько тяжелых осадных орудий, среди которых были большие стенобитные пушки «Самсон» и «Баба». Башни и стены крепости были повреждены бомбардировкой, но осажденные не сдавались. В конце концов Ходкевичу пришлось снять осаду с монастыря и двинуться к Москве.
Заруцкий и Трубецкой знали о походе гетмана и решили взять Москву до его прихода. 15 сентября осаждающие начали бомбардировку Китай-города. Каленые ядра и мортирные бомбы вызвали сильный пожар. Ополченцы пошли на штурм и ворвались в Китай-город, однако вскоре были выбиты польскими хоругвями, вышедшими их Кремля.
По ряду причин Ходкевич задержался и подошел к Москве только в конце октября. Ходкевичу удалось прорваться в Москву. Однако доставленные им запасы продовольствия были незначительны. Пожары же 15 сентября в Китай-городе уничтожили большую часть продовольствия и особенно фуража.
Пан Ходкевич был опытным полководцем и, правильно оценив ситуацию, счел за лучшее ретироваться из столицы. Он зазимовал в монастыре в Рогачеве в 20 верстах от Ржевска.
Бояре, сидевшие в Кремле, видели, что только прибытие Сигизмунда с войском может их спасти. В начале октября они направили к королю новое посольство, в которое входили князь Юрий Никитич Трубецкой, Михаил Глебович Салтыков и думный дьяк Яков. В грамоте к Сигизмунду говорилось, что новое посольство отправляется потому, что старые послы, как писал сам король, действовали не по тому наказу, который был им дан, ссылались с калужским вором, с осажденными в Смоленске, с Ляпуновым и другими изменниками. Эта грамота начиналась словами: «Наияснейшему великому государю Жигимонту III и проч, великого Московского государства ваши государские богомольцы: Аресений, архиепископ Архангельский, и весь Освященный собор, и ваши государские верные подданные, бояре, окольничие» и т. д. Среди подписантов были, разумеется, и Романовы — боярин Иван Никитич и стольник Михаил Федорович. Патриарху Гермогену на подпись грамоту не дали, да он никогда и не согласился бы подписать грамоту, в которой бояре называли себя подданными польского короля.
