Воевода Шеин был взят в плен, где подвергся жестоким пыткам. После допроса его отправили в Литву, где держали в оковах «в тесном заточении».
Взятие Смоленска вскружило голову королю. Вместо похода на Москву он немедленно распускает свою армию и едет в Варшаву. Видимо, на это решение повлияло и безденежье короля — наемникам нечем было платить. Но главным фактором все же была эйфория!
29 октября 1611 года король устроил себе в Варшаве триумф по образцу римских императоров. Через весь город в королевский замок проследовала пышная процессия, во главе которой ехал гетман Жолкевский. За ним следовало рыцарство. В открытой карете, запряженной шестеркой лошадей, сидел бывший московский царь Василий Шуйский, одетый в белую парчовую ферязь и меховую шапку. Этот седой старик смотрел сурово исподлобья. Напротив Василия сидели два его брата, а посередине — пристав. Братьев Шуйских вывели из кареты и подвели к королю. Они низко поклонились, держа шапки в руках. Жолкевский произнес длинную речь об изменчивости счастья, о мужестве короля, восхвалял его подвиги — взятие Смоленска и Москвы, поговорил о могуществе московских царей, последний из которых теперь стоял перед королем и бил челом. Тут Василий Шуйский, низко склонив голову, дотронулся правой рукой до земли и потом поцеловал эту руку, Дмитрий Шуйский поклонился до самой земли, а младший брат Иван трижды поклонился и заплакал. Жолкевский продолжал свою речь. Он говорил, что вручает братьев Шуйских королю не как пленников, но для примера счастья человеческого, и просил отнестись к ним благосклонно. И братья Шуйские в ответ опять низко кланялись. Когда гетман закончил речь, Шуйских допустили к королевской руке. По словам современников, это было великое зрелище, вызывающее удивление и жалость. Тут в толпе панов послышались голоса, требовавшие отомстить Шуйскому как виновнику смерти многих поляков. Юрий Мнишек требовал мести за свою дочь. Братьев Шуйских заключили в Гостынском замке в нескольких верстах от Варшавы.
Василия Шуйского поляки держали в тесной камере над воротами замка. К нему не допускали ни братьев, ни русских слуг. Дмитрий Шуйский жил в каменном нижнем помещении. 12 сентября 1612 года Василий умер, пять дней спустя умер его брат Дмитрий. Поляки объявили, что князья Шуйскйе умерли естественной смертью. Однако факты говорят об умышленном убийстве братьев. Василию Шуйскому едва исполнилось 60 лет, а Дмитрий был на несколько лет его моложе. Тела покойных похоронили тайно, и никто не знал, где находятся их могилы.
Младшего брата Ивана поляки пощадили, он говорил позже: «Мне вместо смерти наияснейший король жизнь дал». Ивана Шуйского ждала судьба таинственного узника. Он должен был забыть свое имя и происхождение. Отныне он звался Иваном Левиным. Расходы на его содержание составляли три рубля в месяц, имевшиеся при нем дорогие вещи были отобраны в королевскую казну.
Слухи об убийстве братьев Шуйских достигли России. Московские летописцы нисколько не сомневались, что братья Шуйские погибли в Литве «нужной» (насильственной) смертью.
В 1619 году князь Иван Иванович Шуйский при обмене пленных возвратился в Россию. Там он вступил в брак с княжной Марфой Владимировной Долгорукой, родной сестрой первой жены царя Михаила Федоровича. Увы, его брак, как и у его братьев Василия и Дмитрия, был бездетным. Иван занимал довольно видное место при дворе и заведовал Московским судным приказом. За что-то он получил прозвище Пуговка. Умер И. И. Шуйский в 1638 году. На нем пресекся знатный род Шуйских.
Останки царя Василия, его жены и брата в 1620 году были перевезены в Варшаву и торжественно погребены в католической часовне. На месте этой часовни игрою случая в XIX веке была построена православная церковь. В 1635 году после заключения Поляновского мира король Владислав отослал останки Василия, его жены и брата в Москву. Там Василий и Дмитрий Шуйские были окончательно погребены в усыпальнице московских правителей — Архангельском соборе.
Взятие Смоленска и триумф короля в Варшаве убедили подавляющее большинство панства, что Москва окончательно покорена. Коронный вице-канцлер Феликс Крыский заявил в Варшаве: «Глава государства и все государство, государь и его столица, армия и ее начальники — все в руках короля».
Однако победа не только не способствовала усилению королевской власти в Польше, наоборот, участники недавно подавленного «рокоша» Гербут, Стадницкий и другие начали готовить очередной мятеж. Они вошли в переписку с Гавриилом Баторием, племянником знаменитого польского короля Стефана Батория, и пригласили его занять польский престол.
Между тем польский гарнизон в Москве оказался в очень сложном положении. Поляки и их сторонники типа Федора Андронова окончательно разграбили царскую казну. Денег и драгоценностей было в избытке, но их нельзя было есть. Как писал Конрад Буссов, сидевший в Кремле вместе с поляками, «из спеси солдаты заряжали свои мушкеты жемчужинами величиною с горошину и с боб и стреляли ими в русских… Польские солдаты полагали, что если только они будут носить шелковые одежды и пышности ради наденут на себя золото, драгоценные камни и жемчуг, то голод не коснется их. Хотя золото и драгоценные камни имеют замечательные свойства, когда их обрабатывают chimica artr [химически], но все-таки они не могут насытить голодный желудок. Через три месяца [после прихода Ляпунова] нельзя было получить за деньги ни хлеба, ни пива. Мера пива стоила 1/2 польского гульдена, то есть 15 м. грошей, плохая корова — 50 флоринов (за такую раньше платили 2 флорина), а караваи хлеба стали совсем маленькие. До сожженных погребов и дворов, где было достаточно провианта, да еще много было закопано, они уже не могли добраться, ибо Ляпунов отнял у поляков Белый город. Благодаря этому московитские казаки забрали из сожженных погребов весь оставшийся провиант, а нашим пришлось облизываться. Если же они тоже хотели чем-нибудь поживиться, то должны были доставать это с опасностью для жизни, да и то иногда не могли ничего найти».
По приказу Гонсевского патриарх Гермогён находился под стражей на подворье Кирилло-Белозерского монастыря в Кремле. Позиция Гермогена до сих пор вызывает споры у историков.
Дело в том, что подлинные грамоты Гермогена, разосланные по городам России, где патриарх призывает народ на борьбу с поляками, не сохранились. А сам Гермоген, находясь под стражей у поляков, от этих грамот всячески открещивался. Осенью 1611 года Гермоген (возможно, под нажимом Гонсевского) написал очередное письмо королю Сигизмунду: «Король, даруй нам сына своего, его же возлюби и из-бра бог во цари, в нашу православную веру…» Тем не менее поляки в конце 1611 года перевели патриарха с подворья Кирилло-Белозерского монастыря в тюрьму Чудова монастыря и плохо кормили его. Если верить летописи: «Злии немилостивии приставники [т. е. польские приставы. — А. Ш.] меташа бо страдальцу Христову нечеловечески пищу — на неделю сноп овса и мало воды». Возраст и голод сделали свое дело — 17 февраля 1612 года Гермоген скончался.
Каковы бы ни были истинные политические воззрения Гермогена, он стал знаменем патриотических сил России, и его смерть стала важным аргументом в пропагандистской войне против польских оккупантов.
Ополчение Ляпунова не имело сил для штурма Китай-города и Кремля, имевших мощные каменные укрепления. У ополчения не было достаточного числа осадных орудий, способных разрушить стены. Да и моральный дух войска был слишком низок, чтобы идти на штурм и нести большие потери. Поэтому русские ополченцы решили взять поляков измором, а пока занялись решением политических проблем.