Ликвидация башен и устранение вырезов проходящих в средине корпуса в палубах, увеличит "продольную крепость судна" и уменьшит шансы на потерю от одного снаряда сразу двух расположенных в башне орудий. К недостаткам предлагаемого решения Д.В. Скворцов относил некоторое замедление стрельбы, уменьшение углов обстрела и несколько худшую, как считалось, защиту орудий в казематах в сравнении с установкой в башне.
Но в МТК все эти недостатки, как и 200-тонную перегрузку, увеличивавшую осадку до 7,93 м, сочли несущественными. Общим собранием отделов МТК, состоявшимся 27 августа 1905 г. поднятую им проблему признали безоговорочно важной, а его предложения одобрили. Чтобы достичь "наименьшей затраты веса", рекомендовалось на 50,8 мм и на 25,4 мм уменьшить толщину вращающихся частей башен 305-и 203-мм орудий. Было признано неоправданным превышение этих толщин над толщиной пояса по ватерлинии, где значение брони для обеспечения остойчивости и плавучести имеет наибольшее значение. Особое мнение высказал артиллерийский отдел, который, принципиально соглашаясь с необходимостью переделки проекта, указывал на трудности уравновешивания башен. Позднее — 31 августа — он сделал и ряд конструктивных предложений. Выгоды, вытекающие из предложения Д.В. Скворцова, заставляли отказаться от расположения четырех орудий в средних башнях. К тому же, как считали конструкторы, можно соответствующими изменениями сохранить и для палубных установок тот же 25° угол возвышения, какой они имеют в башнях. Признавалось безусловно необходимым иметь полную 102-мм броневую переборку впереди носовых 120-мм пушек на верхней броневой палубе. "Иначе все снаряды, попадавшие в небронированный борт с носа, будут разрушать легкую поперечную переборку позади этих пушек, и проходить в подбашенный отсек и далее". Признавая необходимость усиления борта, артиллерийский отдел соглашался "за неимением веса" с предложенном в новом проекте уменьшением толщины подачных труб и усилением их верхних частей. Тем самым в бронировании башен будет устранено слишком уязвимое место. Из-за малого числа элеваторов и удлиненного пути доставки снарядов по палубе к 120-мм пушкам увеличить скорость элеваторов следовало до 8, или, по крайней мере, 6 снарядов в минуту.
Позднее в ноябре признали необходимым бортовую броню между верхней и батарейной (средней) палубами с 75 мм увеличить до 127 мм. Качественной оценки степени повышения живучести корабля, конечно, произведено не было и обоснованность принятого решения, как и в большинстве других случаев, не доказывали. Впоследствии, на основании известных опытов стрельб в Черном море по бывшему броненосцу "Чесма" было установлено, что фугасный 305-мм снаряд нового типа с легкостью пробивает броню и той, и другой толщины. Но пока что ни на заводах, ни в МТК о воздействии новых снарядов и не задумывались. После же бронирования оконечностей между верхней и батарейной палубами и установки броневых траверзов впереди носовых 120 мм на верхней (средней) броневой палубе водоизмещение корабля составило уже 17151 т.
Все это время вместе с продолжавшейся сборкой корпусов кораблей, не прекращалась неустанная проектная деятельность двух заводов. Сознавая несовместимость новых усовершенствований проекта с заданным водоизмещением, конструкторы кроили и перекраивали чертежи кораблей вместе с таблицами весовой нагрузки и диаграммами остойчивости. Уже 1 сентября 1905 г. Д.В. Скворцов представлял в МТК результаты работы по пяти вариантам проекта. Веса, отводимые на артиллерию, менялись в них от 902,7 т (еще с 75-мм пушками) до 1055,42, 1173,7 и 1337,87 т. Устройство башен отнимало от 894 до 1124 т, подкрепление башен — от 397 до 557 т, броня — от 4193,43 до 4718 т. Запас угля 803,2 т оставался неизменным. Главной задачей этих вариантов, отличавшихся разным расположением артиллерии и бронирования (водоизмещение от 16642 т до 17400 т) состояло в ограничении объема переделок, — чтобы не уничтожать "произведенных уже на стапеле работ" и удержании осадки в пределах 8,23 м, еще позволявших кораблю пройти Суэцким каналом.
Балтийскому заводу с участием А.Н. Крылова (продолжая заведовать Опытовым бассейном, он 7 ноября был введен в состав МТК) поручалась переделка проекта с вариантами уширения корпуса до 15,3 м. Это позволяло полнее забронировать корабль и удержать в пределах "суэцкой" осадки.
Большая работа перепроектирования замыкалась, однако, на ограничениях числа составляющих орудий. Проект по существу переваривался в "собственном соку". С этой работой соединялось составление проекта для последующей постройки второй пары усовершенствованных кораблей. Наиболее существенное отклонение в их вооружении состояло в замене 203-мм орудий на 254-мм. Проект с таким составом вооружения, по-видимому, должен был придти на смену проекту "Андрея Первозванного".
Так в МТК реагировали на проект "Лорда Нельсона" и уже начатого постройкой осенью 1905 г. "Дредноута". Но превращение корабля в "дредноут" так и не произошло. С появлением же "Дредноута" проект с применением 254-мм и 305-мм пушек был оставлен без осуществления. Надо было думать уже о проекте действительно дредноутного класса.
Все это предстояло в скором будущем, пока же все усилия заводов и МТК были направлены на непрекращавшие доработки проекта "Андрея". Нельзя не посочувствовать участникам этих работ, выполнявших огромный объем почти что сизифова труда. Не городьбой и разгораживанием переборок, траверзов и казематов, как и непрерывным передвиганием орудий следовало бы заниматься, а, признав превосходство "Дредноута" в скорости, добиваться компенсации этого превосходства повышением артиллерийской мощи. Не составляло труда дать кораблю и 305-мм 50-калиберные пушки и соответствующие им башни. Решение этой задачи было вполне под силу и отечественной промышленности и русскому инженерному корпусу. Достаточно вспомнить башни 254-мм орудий броненосца "Победа" с углом возвышения 35°. Нет сомнения, что найдись в кораблестроении трезвые головы, и всей энергии с избытком хватило бы на превращение корабля в настоящий дредноут.
Но возня продолжалась, и не было видно ей ни конца, ни края. Изменений было так много, что корабль, словно при Петре Великом, проектировался "с чистого листа" — на основании лишь теоретического чертежа. Почти не разрешимой оказалась проблема плутонгов 120-мм орудий. Из них носовые орудия, заливаемые на ходу водой, вообще стрелять не могли. Любопытно, что именно такие плутонги из-за неимением другого выхода пришлось принять для отечественных дредноутов, где их пушки также при сильной непогоде действовать не могли. На "Андрее" пушки этих плутонгов, благодаря наличию центрального каземата, разместили на его крыше для стрельбы поверх 203-мм башен. Не удержались от соблазна (предложение 12 апреля 1906 г. артиллерийского офицера Санкт-Петербургского порта капитана 2 ранга К.И. Дефабра) добавить на миделе по одной центральной 120-мм пушке. Все было, как в начале XIX в., когда командир строящегося корабля гордился, если ему удавалось где-нибудь в подходящем месте установить какую-либо дополнительную пушку.
В стремлении полнейшим образом усилить бронирование, отказались от традиционных бортовых иллюминаторов, превратив офицерские каюты и кубрики в "темницы" со слабой освещенностью, естественным светом лишь от палубных иллюминаторов.
