Если японцы покинули Забайкалье «по своей воле», то уходить с территории собственно Дальнего Востока они не собирались. Но мировому общественному мнению требовалось доказать необходимость дальнейшего пребывания здесь интервенционистских войск Японии. Для этого требовался предлог, который и был найден командованием экспедиционного корпуса без больших затруднений. Им стал так называемый Николаевский инцидент.
Впоследствии он фигурировал как «неопровержимое» доказательство «агрессивности русских» на многих международных конференциях — Вашингтонской, Дайренской и Чаньчуньской, где обсуждались вопросы отношений мира капитала с Советской Россией.
Япония пыталась упрочить свое положение на Дальнем Востоке путем переговоров с правительством «буферной» Дальневосточной Республики. Именно с этой целью и была созвана международная Дайренская конференция, продолжавшаяся с 26 августа 1921 года по 16 апреля 1922 года. На Дайренской конференции неофициально присутствовал представитель Совета Народных Комиссаров РСФСР польский революционер Ю.Ю. Мархлевский. Делегацию Дальневосточной Республики возглавлял заместитель премьер-министра Ф.Н. Петров.
Николаевский инцидент произошел 12—14 марта 1920 года. Еще в начале февраля отряды красных партизан низовьев Амура захватили крепость Чныррах и до 28 февраля держали с суши в блокаде город Николаевск-на-Амуре, который занимали японский гарнизон и белогвардейцы. Японское командование заключило с партизанами соглашение, по которому обязывалось соблюдать нейтралитет и не вмешиваться в жизнь освобожденного партизанами города.
Однако нейтралитет интервенты соблюдали недолго. В ночь на 12 марта японский гарнизон под командованием майора Исикава, по-самурайски вероломно нарушив недавнее соглашение, внезапно атаковал казармы партизан и их штаб. Однако нападавшие не добились желаемого и не застали амурских партизан врасплох. В ходе кровопролитных трехдневных боев японский гарнизон оказался наголову разгромленным и изгнанным из города.
Несколько позднее, после очищения Амура ото льда, в Николаевск-на-Амуре на военных судах прибыл крупный японский экспедиционный отряд с карательными функциями. Партизаны из-за своей малочисленности и плохой вооруженности, отсутствия боеприпасов не могли защищать освобожденный город и ушли из него вместе с местными жителями. Японцам, по сути дела, без боя достался обезлюдевший город, который прикрывал собой устье реки Амур.
Полный разгром гарнизона интервентов в Николаевске-на-Амуре дал японскому командованию предлог для захвата власти в важнейших центрах Приморья и Приамурья, для разгрома советских войск Временного правительства Приморского края. Токио начал шумную кампанию под флагом необходимости «зашиты жизни японских подданных» на российском Дальнем Востоке. Верховные власти Антанты одобрили предстоящую акцию своего восточного союзника.
В ночь на 5 апреля японские войска одновременно совершили вооруженные нападения на местные органы народной власти и русские гарнизоны во Владивостоке, Никольск-Уссурийском, Хабаровске, Шкотове, Раздольном, Спасске и в ряде других пунктов. Казармы советских войск расстреливались из орудий и пулеметов. В городе Никольск-Уссурийский был разогнан собравшийся там областной съезд трудящихся Приморского края. Были захвачены и обезоружены все таможенные посты. Такой «переворот» привел к гибели множества мирных жителей.
Нападения в ночь на 5 апреля совершались японскими войсками под предлогом ликвидации угрозы нападения на них со стороны русских. Японское «осведомительное» (то есть информационное) бюро во Владивостоке объясняло эту акцию тем, что неизвестные русские солдаты стреляли по гаражу базы снабжения интервентов.
Во Владивостоке в первую очередь были захвачены правительственные здания — областной земской управы, Военного совета, штаб правительственных войск, морской штаб, флотские казармы, железнодорожный вокзал. Потом были захвачены железнодорожные станции — Первая и Вторая Речка. Приморская столица подверглась артиллерийскому обстрелу с кораблей японской эскадры, стоявшей в бухте Золотой Рог. На захваченных зданиях незамедлительно вывешивались государственные флаги Страны восходящего солнца. Японские военные в дни переворота подвергли жестокой расправе приморских корейцев. Современники тех событий писали:
«Особенно зверски японцы расправились с корейцами. Нечеловеческая ненависть японцев к корейцам в те дни была продемонстрирована в неподдающихся описанию видах. Корейская Слободка — окраина Владивостока, где проживали корейцы, пережила потрясающие разбои и насилия. Озверелые банды японских солдат гнали несчастных корейцев из Слободки, избивая их прикладами. Пленные, оглашая стонами и воплями улицы Владивостока, избитые до полусмерти, путаясь в своих длинных белых халатах, разодранных и залитых кровью, шли, еле поспевая за японскими конвоирами. Подвалы, погреба, тюрьмы были заполнены арестованными…»
Заведующий таможенным постом в Барабаше Кишкин сообщал таможенному инспектору о том, как был разоружен и «ликвидирован» его пост на государственной границе России с Маньчжурией:
«5 апреля около 2 часов дня к посту подошел японский отряд и потребовал сдать все оружие вверенного мне поста.
Я заявил, что мы, служащие таможенного учреждения, не являемся военной силой, охраняем границу русского государства от вторжения контрабандных товаров и что без оружия вести борьбу с контрабандистами мы не можем. При этом я сослался на случай насильственного освобождения контрабандистов, задержанных со спиртом. Японцы на это сказали, что японскими войсками занят весь Южноуссурийский край и что японский спирт не является уже контрабандным. При этом они заявили, что «теперь вообще от русских отходит инициатива пограничной охраны».
В Хабаровске командование местного японского гарнизона опубликовало в городской газете объявление о том, что в 9 часов утра 5 апреля их войска будут проводить «практическую орудийную стрельбу». По такому поводу хабаровчан просили не беспокоиться. А незадолго перед этим начальник хабаровского гарнизона японцев генерал Сиродзу опубликовал на страницах местной газеты свою статью, в которой, среди прочего, писал:
«В стране водворился долгожданный порядок и мир, за сохранение и поддержание которого японцы боролись… Жалко покидать население Дальнего Востока, с которым мы познакомились так близко, так кровно, питая к нему самую теплую дружбу. Желаем полного успеха в строительстве и сохранения мира и порядка».
О последующих событиях, или мерах генерала Сиродзу по «сохранению мира и порядка», в городе на берегах Амура дальневосточная газета «Красное знамя» писала:
«Улицы Хабаровска 6 апреля представляли собой нечто ужасное: всюду валялись убитые и раненые. Подбирать убитых и оказывать помощь стонавшим и истекавшим кровью сотням раненых, валявшихся на мостовых, тротуарах и среди развалин расстрелянных и сожженных зданий, в первое время было совершенно некому. Никто не решался идти на улицу, где японские пули косили всех без разбора — военных, штатских, старых и малых».
Однако полностью разгромить гарнизоны советских войск японцам не удалось. Большая часть их сил смогла вырваться с боем из вражеского кольца и отступить в тайгу. В Хабаровске интервенты встретили упорное сопротивление расквартированных в городе отрядов амурских партизан и 1-го Советского полка под командованием бывшего штабс-капитана царской армии Мельникова, погибшего в бою с атакующими японцами. Огнем их артиллерии были разрушены и сожжены многие городские здания. С большими потерями советские отряды смогли отойти из Хабаровска на левый берег Амура, где не было японских войск.