Союзникам по Антанте все же не без труда удалось уладить конфликт атамана Семенова с Верховным правителем России. Они были против решения конфликта военным путем, поскольку это могло серьезно ослабить силы Белого движения в Сибири. Японии были сделаны «категорические представления по этому вопросу», и Токио пришлось пойти на некоторые уступки антантовским защитникам адмирала Колчака.
Колчаковская следственная комиссия, получив из Омска соответствующие инструкции, вопреки фактам не установила «задержки воинских грузов для фронта и злонамеренного перерыва телеграфного сообщения». Но попытка создания монголо-бурятского государства, ограбление банков и захват золотых приисков были оценены как «деяния, носящие явно антигосударственный характер».
Комиссия также зафиксировала многочисленные факты разбоя, массовых убийств и диких зверств в семеновских застенках. Подобные деяния атамана Семенова в годы Гражданской войны в России было трудно с кем-либо сравнить. Только в районе станции Адрианавка летом 1919 года семеновцы расстреляли 1600 человек из числа «противников атамана». В Забайкалье было создано 11 застенков смерти — Бадмаевский в Чите, на железнодорожных станциях Маккавеево, Даурия и в других местах. В занятых районах Забайкалья семеновцы осуществляли массовый террор.
Из Омска командующему белыми войсками на Дальнем Востоке генерал-майору П.П. Иванову-Ринову поручили вступить в прямые переговоры с атаманом Семеновым. Верховный правитель разрешал оставить его в должности командующего корпусом с подчинением «на обычных воинских началах командующему войсками на Дальнем Востоке».
В ответ Семенов потребовал сохранить за ним звание атамана и утвердить произведенные им присвоения воинских званий, наград и прочего. Японцы потребовали от Колчака гораздо большего в отношении Семенова: присвоить ему очередное (генеральское) воинское звание и назначить на должность «главного начальника» всех казачьих войск Дальнего Востока — Забайкальского, Амурского и Уссурийского. Верховный правитель России пошел на такое производство в генералы и «главное атаманство».
Но, кроме этого, японцы поставили омскому правительству условия, что семеновские войска ни в коем случае не могут быть посланы на фронт и что главнокомандующему японскими экспедиционными войсками на российском Востоке в подчинение переходят, помимо интервентов, все белые русские отряды. Это означало потерю адмиралом А.В. Колчаком даже видимости верховной власти на Дальнем Востоке и в Забайкалье.
Верховному правителю России и Верховному главнокомандующему вооруженными силами Белого движения пришлось уступить Японии во всем. В приказе № 136 адмирал Колчак реабилитировал атамана Семенова. Лишь после этого тот телеграфировал в Омск о своем подчинении Верховному правителю. Генерал-майор Г.М. Семенов был назначен командиром 5-го корпуса и помощником командующего войсками Приамурского военного округа. Он стал фактически старшим среди атаманов дальневосточных казачьих войск.
Вскоре последовали новые назначения. Атаман Семенов пишет в своих мемуарах: «В октябре месяце 1919 года последовало назначение меня военным губернатором Забайкальской области и помощником Главнокомандующего вооруженными силами Дальнего Востока и Иркутского военного округа, каковым являлся генерал Розанов, имевший свою главную квартиру во Владивостоке».
Адмирал Колчак 4 января 1920 года передал генерал-майору Семенову всю полноту военной и государственной власти «на территории Российской восточной окраины». Последний 8 января создал под своим председательством очередное правительство. Теперь оно называлось «правительство Российской восточной окраины» и, как и прежнее, пользовалось всей полнотой поддержки со стороны Японии.
Разыгранный японской стороной конфликт между атаманом Семеновым и омским правителем адмиралом Колчаком дорого обошелся белогвардейцам в Гражданской войне. Семенов не дал ни одного своего солдата Колчаку, когда Восточный фронт начал рушиться под напором Красной Армии. Все приказы, просьбы послать солдат на колчаковский Восточный фронт даже тогда неизменно отклонялись. Объясняется это одним: у Японии были свои собственные планы относительно будущего России и ее восточных территорий…
Вспыхнувший летом 1918 года вооруженный мятеж Чехословацкого корпуса изменил всю картину начавшейся Гражданской войны в России, прежде всего в Сибири и на Дальнем Востоке. Он был сформирован по инициативе Союза чехословацких обществ в России осенью 1917 года из военнопленных чехов и словаков австро-венгерской армии и до марта 1918 года дислоцировался в тылу Юго-Западного фронта. Корпус состоял из двух пехотных дивизий и запасной бригады (численность — около 30 тысяч человек; командир — генерал В.Н. Шокоров, начальник штаба — генерал М.К. Дитерихс).
В связи с брест-литовскими переговорами 1918 года, по согласованию с державами Антанты, 15 января Чехословацкий корпус был объявлен автономной частью французской армии. Встал вопрос о переброске корпуса в Западную Европу. 26 марта Советское правительство заявило о готовности эвакуировать его через Владивосток. К концу мая 63 эшелона с чехословаками (численностью более 40 тысяч человек) растянулись по железной дороге от станции Ртищево (в районе Пензы) до Владивостока, то есть на протяжении около 7000 километров.
Попытки советских властей использовать Чехословацкий корпус в боевых действиях не только против германцев и австрийцев, но и против Украинской народной республики успеха не имели. Стремление разоружить корпус, наталкивавшееся на желание чехословаков вывезти с собой максимум оружия; задержки эшелонов и изменение маршрута части из них, взаимное недоверие Совета народных комиссаров и корпусного командования привели к восстанию.
20 мая совещание делегатов Чехословацкого корпуса в городе Челябинске постановило не сдавать оружия и продолжать движение на Владивосток. Были образованы новые руководящие органы: Временный исполнительный комитет чехословацкой армии (председатель Б. Павлу), военная коллегия и военный совет (подполковник С.Н. Войцеховский, капитаны Р. Гайда и С. Чечек).
25 мая в сибирском городе Мариинске произошло первое вооруженное столкновение советских войск и Чехословацкого корпуса. В тот же день его командование перехватило директивный приказ председателя Реввоенсовета Л.Д. Троцкого (Бронштейна) о расстреле на месте каждого вооруженного чехословака и о заключении в лагеря для военнопленных всего состава «мариинского» эшелона. Это стало прямым поводом к немедленному выступлению Чехословацкого корпуса (как французских войск Антанты) против Советской власти, которое началось четырьмя оперативными группами: Поволжской, Челябинской, Сибирской и Владивостокской. Последней командовал подполковник старой русской армии Войцеховский (получивший в колчаковскои армии в 1919 году звание генерал-лейтенанта).
Чехословаками при поддержке местных сил белых была захвачена вся Сибирская железнодорожная магистраль от Волги до Владивостока. В Казани был захвачен золотой запас РСФСР, переданный позже Всероссийскому правительству адмирала Колчака. После этого основные силы Чехословацкого корпуса были повернуты на Запад с целью создания нового антигерманского фронта…
