Захватить гору Высокую тоже не удалось, хотя бои за нее отличались большим кровопролитием и штурмующие потеряли под этой высотой до 6 тысяч человек, в том числе командира 1-й бригады генерал-майора Ямамото. В трех японских пехотных полках, участвовавших в боях за гору Высокую, в строю остались всего 300 солдат. В японской литературе говорилось, что из 23 рот, участвовавших в штурме этой высоты, после боев можно было сформировать только две. Ее защитники потеряли 256 человек убитыми и 947 ранеными. Во 2-й роте 5-го Восточно-Сибирского стрелкового полка на третий день штурма в строю остались 37 бойцов, в 4-й роте — 19, в 1-й роте 28-го полка — 23 человека, в 7-й роте 27-го полка выбыло больше половины солдат.
Японцы установили на вершине горы Длинной наблюдательный артиллерийский пост, который стал корректировать огонь тяжелых осадных орудий по внутренней гавани Порт-Артура: с высоты была видна большая часть гавани и расположение в ней Тихоокеанской эскадры. Вражеский огонь сразу же стал более эффективным, и русским кораблям пришлось приблизиться для якорной стоянки к самому берегу.
Предвидя новый штурм крепости, ее защитники начали инженерные работы по укреплению гор Высокой и Плоской. Потеря первой из них грозила полным уничтожением порт-артурской эскадры, так как с горы наблюдалась вся внутренняя гавань. Продолжалась установка на сухопутном фронте орудий, снятых с кораблей. За август — сентябрь моряки создали 38 новых батарей и 23 прожекторных поста. Всего на берегу было установлено 225 корабельных орудий, преимущественно малых калибров, которые обеспечивались корабельными расчетами и боевыми припасами. Установка морских орудий была как нельзя кстати: в крепостной артиллерии выбыло из строя немало орудий. Большой бедой стало то, что чугунные снаряды к 275-миллиметровым гаубицам часто рвались в стволе или тотчас же после вылета из канала ствола.
При отражении вражеских штурмов хорошо показали себя гранаты, которые изготовлялись в Порт-Артуре кустарным способом. Для них использовались гильзы от снарядов, главным образом 37— и 47-миллиметровых, которые начинялись сухим пироксилином; для воспламенения служил бикфордов шнур. За один день в крепости производилось до 300 таких гранат. Ввиду большого веса — до 2 килограммов фанаты применялись только для ближнего боя, поскольку бросить ее можно было только на 20 — 25 шагов. При разрыве такая самодельная граната давала много осколков, нанося врагу большой урон.
Осаждавшие повели методический обстрел фортов и укреплений крепости из 11-дюймовых гаубиц. Снаряды огромной разрушительной силы в случае прямого попадания пробивали бетонные своды, потолки и стены казематов. Один из таких неразорвавшихся снарядов пробил две палубы на эскадренном броненосце «Полтава». Неприятельская артиллерия потопила в гавани канонерскую лодку «Забияка» и пароход «Новик». Транспорту «Ангара» после попаданий двух снарядов удалось выброситься на мель. Японские саперы день и ночь рыли, подводя к укреплениям Порт-Артура (прежде всего к форту № III и укреплению № 3) сапы, параллели, траншеи и ходы сообщений.
Неприятельским саперам удалось подобраться ко рву перед фортом № III. Они стали готовить проходы через него для атакующей пехоты. К немалому их удивлению, связки соломы и земля, которые они сбрасывали в ров по ночам, за день куда-то исчезали. Это делалось защитниками форта через подземный ход, о существовании которого японцы даже и не подозревали.
Японцы попытались взорвать форт № II (самый мощный в крепости), подведя с большим трудом к нему минную галерею. Однако эту работу защитники форта своевременно «услышали» и незамедлительно начали устройство двух контрминных галерей. Затем, когда был отчетливо слышен звук работы вражеских саперов, японская галерея была разрушена взрывом.
К началу ноября в Порт-Артуре стали подходить к концу запасы провианта, прежде всего свежего мяса и солонины. На человека стали выдавать по трети фунта конины, и то только два раза в неделю. Оставшиеся лошади требовались для подвоза на передовую боевых припасов и прочих грузов. Хлеба было еще достаточно, его выдавали по 3 фунта на день на человека. Из продажи исчезла махорка.
В осажденном гарнизоне, кроме свирепствовавшей ранее цинги, появились тиф, дизентерия и другие заразные болезни. Крепостной госпиталь и полковые лазареты были переполнены больными и ранеными. Если боевые потери в октябре составили 87 офицеров и 3407 солдат, то потери от болезней — 51 офицер и 2432 солдата. В отдельные дни цинга вырывала из рядов защитников Порт-Артура больше людей, чем снаряды и пули.
Токио потребовал от маршала Оямы и командующего осадной 3-й армией взять Порт-Артур во что бы то ни стало. Приближался день рождения божественного микадо — 21 октября, и овладение русской крепостью было бы лучшим подарком императору Страны восходящего солнца. В Токио было решено отправить под стены Порт-Артура последнюю, 7-ю кадровую дивизию императорской армии.
С утра 13 октября началась усиленная трехдневная бомбардировка укреплений Восточного фронта, одновременно обстреливались город и гавань. Никогда ранее русская крепость не несла столь больших потерь и разрушений от огня неприятельской артиллерии. В дневнике Рашевского о третьем штурме Порт-Артура записано:
«Особенно сильно обстреливался форт 2, одним из выстрелов станок канонирской пушки, стоявшей у переднего фаса форта, переброшен через весь форт, к горжевой казарме, другой попал в верхнюю часть бетонной арки входных ворот форта № 2, разбил ее, разорвался внутри (каземата, при этом пострадали 12 человек. — А.Ш.), уничтожил три пулемета и минный аппарат. Два снаряда попали в казарму, один пробил бетонный свод…»
Защитники Порт-Артура с началом третьего штурма крепости могли выставить на передовую не более 18 тысяч человек. Во многих ротах сибирских стрелков в строю оставалось менее 50 бойцов.
В последний день артиллерийской подготовки японские батареи выпустили по крепости свыше 20 тысяч снарядов, из них 1800 самого крупного калибра — 11-дюймовых. Кроме того, было выпущено несколько тысяч шрапнельных снарядов для поражения живой силы. Только после того, как русские укрепления получили сильные разрушения и была ослаблена сила их обороны, Ноги в 12 часов дня отдал приказ начать генеральную атаку. Главный удар наносился по форту № III.
Крепость, молчавшая с самого утра, встретила штурмующую японскую пехоту, которая шла вперед в пяти колоннах (еще две находились в резерве), ружейными залпами и предельно интенсивным огнем из всех исправных орудий. Из внутренней гавани била крупнокалиберная артиллерия эскадренных броненосцев и крейсеров. На этот раз японцы настолько близко подвели свои траншеи к русским укреплениям, что вскоре во многих местах начался яростный рукопашный бой.
Штурмующим первоначально сопутствовал успех. В русские окопы на флангах литерной батареи «Б» пехотинцы 22-й японской бригады ворвались с налету, но, осыпаемые снарядами с соседних фортов, отхлынули на исходные позиции. На смену им из параллелей поднялась новая волна атакующих японцев, и на батарее начался жестокий рукопашный бой. Дрались штыками, саперными лопатами, камнями. На помощь штурмующим подходили все новые и новые подкрепления.
