В порядке исключения лишь голландским судам разрешалось находиться только в одном порту на острове Десима (Дэдзима), в бухте Нагасаки. Поводом для такого исключения из законодательного правила было следующее. В 1637 году в Симабара, близ города Нагасаки, произошло сильное крестьянское восстание под христианскими лозунгами. Повстанцы были вооружены огнестрельным оружием, полученным от европейских миссионеров, которое помогло им добиться ряда успехов. Восстание быстро охватило значительный район острова Кюсю.
Сегунская армия в течение нескольких месяцев не могла подавить крестьянское антифеодальное выступление. Только помощь голландских кораблей, бомбардировавших с моря замок Хара, где сосредоточилась 30-тысячная армия повстанцев, позволила войскам сегуна из рода Токугава взять его штурмом и учинить кровавую расправу над восставшими. Залпы голландских корабельных орудий оказались победными.
Помощь сегунату в подавлении симабарского восстания поставила голландцев в исключительное положение в закрытой стране. Так они на долгое время монополизировали все контакты Японии с внешним миром. В единственный порт в стране — Нагасаки — два раза в год был разрешен заход голландских, а также корейских и китайских кораблей. Но голландцы содержались на острове Десима в обстановке, «более похожей на тюрьму, чем на факторию» европейцев в азиатской стране. Иностранцам строго запрещалось заниматься миссионерской деятельностью.
Жестокая система самоизоляции Японии, которая просуществовала до 1867 года, привела к тому, что люди из экспедиции капитан-командора Витуса Беринга в 1739 году были первыми и более чем на сто последующих лет последними русскими, беспрепятственно и на самое непродолжительное время сошедшими на землю Японии.
Правящий в ней сегунат в 1804 году занял жесткую позицию в отношении экспедиции выдающегося мореплавателя России И.Ф. Крузенштерна на шлюпе «Надежда», совершавшем первое русское кругосветное плавание, а в 1811 году — откровенно враждебную по отношению к экспедиции капитан-лейтенанта В.М. Головнина. Последнему, вероломно захваченному в плен вместе со своими спутниками на южнокурильском острове Кунашир, пришлось провести два года, по сути дела, в заточении у японцев.
Недоброжелательность японских властей по отношению к иностранцам, в том числе и к россиянам, обернулась неизбежными при этом вооруженными столкновениями. Япония упорно отказывалась от контактов с Европой, в том числе и с Российской империей, которая становилась ее соседом. Так, неудачей закончились переговоры, которые вел зимой 1804—1805 годов Н. Резанов.
Осенью 1806 года в заливе Анива, на южной оконечности Сахалина, происходило первое вооруженное столкновение сторон. С русской стороны в нем участвовал экипаж небольшого фрегата «Юнона» под командованием лейтенанта Н.А. Хвостова. Весной следующего года Хвостов вновь появился у сахалинских берегов вместе с мичманом Г.И. Давыдовым, командиром шлюпа (тендера) «Авось». Дело вновь доходит до перестрелки с японцами, и русские моряки в бою «истребили» два японских селения.
По возвращении в порт Охотск командиры кораблей за свои своевольные действия против японских поселений были арестованы. Давыдов бежит из-под ареста в Якутск. Вскоре обоих морских офицеров доставляют в Санкт-Петербург, где суд оправдал их действия. Они отличились в Русско-шведской войне 1808—1809 годов и были представлены к награждению боевыми орденами. Но представления были отклонены «в наказание за своевольства против японцев». Два флотских товарища утонули в Неве в результате несчастного случая. Памятью о них осталось «Двукратное путешествие в Америку морских офицеров Хвостова и Давыдова» в 2 томах.
Второе по времени вооруженное столкновение русских с японцами произошло летом 1811 года, когда в плен на острове Кунашир был захвачен со своими спутниками капитан-лейтенант В.М. Головнин, выдающийся русский мореплаватель. Он возглавлял исследовательскую экспедицию, которая на шлюпе «Диана» отправилась из Русской Америки (Аляски) для более точного географического описания берегов южной части Курильской гряды и Шантарских островов.
Шлюп «Диана», построенный на отечественных верфях, был средним между фрегатом и корветом. «Диана» несла 14 медных пушек, 4 карронады для стрельбы с короткой дистанции и 4 небольших чугунных фальконета. Экипаж составлял 60 человек. В далекое, почти кругосветное плавание «Диана» уходила из Кронштадта в июле 1807 года на восток вокруг южной оконечности Американского континента, через пролив Дрейка. Главная цель экспедиции была исследовательская:
«Опись малоизвестных земель, лежащих на Восточном (Тихом. — А.Ш.) океане и сопредельных российским владениям в восточном крае Азии и на северо-западном берегу Америки».
В мае 1811 года Головнин, только что произведенный в капитан-лейтенанты и награжденный за исследовательские труды орденом святого Владимира 4-й степени, решил начать географическое описание берегов Курильских островов. Вскоре шлюп «Диана» подошел к острову Кунашир, название которого в переводе с айнского означает «Черный остров». Действительно, черный вулканический пепел покрывал здесь всю землю даже в лесах.
В одной из кунаширских бухт оказались селение и небольшая крепость с японским гарнизоном и чиновником. Японцы избегали пришельцев, хотя меновая торговля началась между ними сразу же. Экипаж близ крепости набрал в бочки питьевую воду. Вскоре было получено приглашение посетить «главного начальника». На берег со шлюпа сошли Головнин, штурман Хлебников, мичман Мур, матросы Семенов, Макаров, Шкаев, Васильев и переводчик Алексей, свободно владевший айнским языком. Офицеры по такому случаю были при шпагах.
В крепости состоялась чайная церемония. Японский чиновник в шелковом халате и с железным жезлом в руках вел неторопливую беседу, расспрашивая о назначении экспедиции и обо всем, что с ней было связано. Аудиенция заканчивалась в «обстановке взаимопонимания». Далее кунаширские события разворачивались так, как их описал в своих сочинениях В.М. Головнин:
«…Начальник, говоривший дотоле тихо и приятно, вдруг переменил тон: стал говорить громко и с жаром, упоминая часто Резано (Резанов. — А.Ш.), Николая Сандреич (Николай Александрович, так звали лейтенанта Хвостова. — А.Ш, и брался несколько раз за саблю. Таким образом сказал он предлинную речь. Из всей речи побледневший Алексей пересказал нам только следующее: «Начальник говорит, что если хоть одного из нас он выпустит из крепости, то ему самому брюхо разрежут». Ответ был короток и ясен: мы в ту же секунду бросились бежать из крепости, а японцы с чрезвычайным криком вскочили с своих мест, но напасть на нас не смели, а бросали нам под ноги весла и поленья, чтоб мы упали. Когда оке мы вбежали в ворота, они выпалили по нас из нескольких ружей, но никого не убили и не ранили, хотя пули просвистели подле самой головы Хлебникова. Между тем японцы успели схватить Мура, матроса Макарова и Алексея в самой крепости, а мы, выскочив из ворот, побежали к шлюпке.
Тут с ужасом увидел я, что во время наших разговоров в крепости, продолжавшихся почти три часа, морской отлив оставил шлюпку совсем на суше, саженях в пяти от воды. А японцы, приметив, что мы стащить ее на воду не в силах, и высмотрев прежде, что в ней нет никакого оружия, сделались смелы и, выскочив с большими обнаженными саблями, которыми они действуют, держа в обеих руках, с ружьями и копьями, окружили нас у шлюпки…»