Слабым местом в системе крепостной обороны оказалась связь: отсутствовала телеграфная связь штаба Порт-Артура с фортами, артиллерийские телефонные линии были включены в общую сеть. Беспроволочный телеграф (искровые станции, или, иначе, радиосвязь) бездействовал. Аэростатов, для того чтобы наладить связь осажденной крепости с русской Маньчжурской армией, не было. Морская крепость к тому же имела всего шестимесячный запас угля для кораблей эскадры и собственных бытовых нужд.
При обороне Порт-Артура была еще одна, и немалая, трудность — японский шпионаж. Особую опасность он приобрел после того, как крепость осадила японская армия. Здесь наиболее важные секретные документы добывали те вражеские шпионы, которые находились на службе у российских чиновников, в семьях старших офицеров в качестве… домашней прислуги и домашних парикмахеров.
За какую только работу не брались японские шпионы и разведчики, чтобы собирать нужные Генеральному штабу и морскому ведомству Японии сведения. Известно, например, что подрядчиком по очистке нечистот в Порт-Артуре был помощник начальника штаба осадной 3-й японской армии. Частые свободные поездки «подрядчика» по городу, обычно сидевшего на ассенизационной бочке, оказались для вражеского командования весьма полезными. Командующий осадной армией Ноги был прекрасно осведомлен о каждом уголке русской крепости.
Обстановка в Желтом море стала складываться благоприятно для российского флота. В начале июня закончился ремонт поврежденных эскадренных броненосцев «Цесаревич», «Победа» и «Ретвизан». Они вошли в боевой состав Тихоокеанской эскадры. Неприятельский броненосный Соединенный флот понес ощутимые потери от русского минного оружия. Поэтому контр-адмирал Витгефт решил вывести порт-артурскую эскадру из внутренней гавани крепости в море.
Выход состоялся 10 июня. Сперва вышедший в ночь отряд русских миноносцев под командованием капитана 2-го ранга Е.П. Елисеева вступил в бой с дозорными эскадренными миноносцами противника и заставил их отойти. После этого русские тральщики начали уничтожение плавающих японских мин (их было подорвано 15). Подошедшие 12 японских миноносцев и крейсер открыли огонь по тральщикам. Вышедший на внешний рейд крейсер «Новик» и русские миноносцы повели огонь по противнику и заставили его отойти в открытое море. Траление внешнего рейда было продолжено.
Того, получив сообщение о начале выхода русской эскадры (6 броненосцев, 5 крейсеров, 2 минных крейсеров-заградителей и 6 эскадренных броненосцев) на внешний рейд, тотчас же поспешил с главными силами Соединенного флота к Порт-Артуру. Флотоводец микадо вел под своим флагом 4 эскадренных броненосца, 4 броненосных крейсера и 4 легких крейсера. За этими силами следовал отряд из 4 крейсеров и 18 эскадренных броненосцев. Несколько в стороне к Порт-Артуру спешил еще один японский отряд в составе броненосца, 4 крейсеров и 12 миноносцев.
К 22 часам русская эскадра вышла на внешний рейд и встала там на якорь. При этом эскадренный броненосец «Севастополь» подорвался на японской мине и получил подводную пробоину. Первоначально Витгефт намеревался принять бой, но затем, решив, что противник имеет значительное превосходство в силах над русской эскадрой, особенно в быстроходных миноносцах (30 против 6), приказал повернуть назад во внутреннюю гавань.
Этим воспользовались вражеские эскадренные миноносцы, которые ночью группами по 3—4 корабля провели восемь атак русской эскадры. При этом было выпущено 38 торпед, но ни одна из них не достигла цели, если не считать той торпеды, которая попала в японский миноносец «Чидори». Во время вражеских торпедных атак русские береговые батареи и корабли, еще остававшиеся на внешнем рейде, вели огонь и потопили три японских корабля.
Все же выход Тихоокеанской эскадры в море имел свои положительные результаты, повлиявшие на ход войны в Маньчжурии. В день намеченного японцами наступления под Ляояном — 11 июня командующие императорскими армиями получили из Токио приказ перенести начало наступления на период после окончания сезона дождей, так как вследствие повышения активности русского флота «перевозка морем продовольствия, потребного для соединенных маньчжурских армий, подвергнута опасности».
Перерыв в боевых действиях на Квантунском полуострове продолжался почти месяц. В это время японские тральщики усиленно очищали от мин залив Таллиенван, чтобы сюда перенести промежуточную базу снабжения осадной 3-й армии из порта Дальнего. Для того чтобы обеспечить его безопасность, Ноги решил захватить наблюдательные и опорные пункты русских на горах Куинсан и Уайцелаза. С них просматривался весь Таллиенванский залив и порт Дальний. Была подготовлена сильная атака этих высот.
Командование обороны Порт-Артура не придало большого тактического значения горе Куинсан. На ее вершине на оборудованном опорном пункте имелась всего одна стрелковая рота с двумя устаревшими артиллерийскими орудиями системы Барановского. Все укрепления высоты состояли из завала камней, прикрытых землей. Бой за гору Куинсан начался с того, что японские корабли вошли в бухту Сяобиндао и начали обстрел русской позиции. Но подошедшие вскоре из Порт-Артура быстроходный крейсер «Новик», канонерские лодки «Отважный» и «Гремящий», отряд миноносцев заставили эскадренные миноносцы противника удалиться. После этого русские корабли несколько часов вели огонь по приморским позициям врага, после чего возвратились на базу.
После этих событий в атаку на гору Куинсан пошла 11-я пехотная дивизия неприятельской осадной армии. Сперва она захватила близлежащую гору Уайцелаза, сбив там русский заслон и без промедлений установив на ее вершине две батареи горной артиллерии. Дальнобойность русских 57-миллиметровых орудий, стоявших на Большом перевале, не позволяла вести обстрел горы Уайцелаза, а пушки системы Барановского могли действовать только как противоштурмовые орудия.
При поддержке огня горной артиллерии один из полков 11-й пехотной дивизии начал штурм высоты Куинсан. Два русских орудия были выведены из строя вражеским артиллерийским огнем с соседней Уайцелазы, на который некому было ответить. Вскоре густые цепи японской пехоты подошли к самой вершине горы. Оборонявшаяся за каменным завалом русская стрелковая рота не смогла отстоять свою позицию, и неприятель завладел высотой.
Частный бой за высоту Куинсан, которую Ноги вел с целью обезопасить свою тыловую базу в порту Дальнем и заливе Таллиенван, имел для защитников Порт-Артура самые неожиданные последствия. Стессель, опасаясь здесь прорыва японских войск, приказал начать поспешное отступление с передовых позиций к Волчьим горам.
В ночь на 14 июня русские войска отошли на новые оборонительные позиции, которые отличались большим неудобством для боя. Теперь сухопутный фронт Порт-Артурской крепости проходил через гору Юпилаза, перевал Шининшы, Каменистый (Скалистый) кряж и до бухты Лунвантан. Поскольку противник не предпринимал активных действий, командующий сухопутным фронтом крепости Кондратенко приказал отбить высоту Куинсан.
По его просьбе командующий Тихоокеанской эскадрой выслал в бухту Тахэ крейсер «Новик», 3 канонерские лодки и 4 миноносца, которые произвели обстрел японских позиций на противоположном берегу бухты Лунвантан. К тому времени японцы успели возвести на горе Куинсан несколько рядов окопов и редут с бруствером. Эту хорошо укрепленную позицию для обороны заняло 7 пехотных батальонов.
