Сразу же после гибели Макарова в Порт-Артур прибыл главнокомандующий вооруженными силами России на Дальнем Востоке адмирал Алексеев. Он принял на себя командование флотом Тихого океана и поднял свой адмиральский флаг на эскадренном броненосце «Севастополь», на котором были погнуты лопасти винтов — в море на таком корабле далеко не выйдешь.
С 22 апреля новым командующим флотом Тихого океана был назначен контр-адмирал Витгефт. Он занимал должность начальника морского отдела штаба царского наместника и новое назначение получил на время. Командование Тихоокеанской эскадрой поручалось члену адмиралтейств-совета вице-адмиралу Н.И. Срыдлову. Однако в Порт-Артур последний так и не прибыл, оказавшись в конце концов во Владивостоке, где базировался отряд крейсеров из трех единиц. Остальные корабельные силы находились в Порт-Артуре.
Появление Алексеева в Порт-Артуре совпало с третьей бомбардировкой японскими броненосными кораблями крепости и Тихоокеанской эскадры, стоявшей во внутренней гавани. Ответный огонь по врагу вел эскадренный броненосец «Пересвет». Неприятельские корабли сделали 190 выстрелов. Стрельба из орудий главных калибров велась с предельной дистанции и закончилась безрезультатно для обеих сторон. После этого неприятельская эскадра скрылась из поля видимости береговых наблюдательных постов русской крепости.
Японское командование не просчиталось. Свою игру в «деле Макарова» оно вело без проигрыша. За неполные три недели (вражеская разведка доносила о делах русской морской крепости весьма регулярно) все, что успел сделать Макаров, было сведено на нет. Боевая броненосная эскадра вновь замерла во внутреннем бассейне Порт-Артура. Даже обязательное дежурство крейсеров на внешнем рейде крепости было отменено.
Старое правило «беречь и не рисковать», установленное для Тихоокеанской эскадры адмиралом Алексеевым, воцарилось снова и стало законом до самого поражения России в Русско-японской войне. Такой поворот дела на море японцы отметили сразу, и, думается, их восторгу не было предела.
Инициатива на Желтом море вновь и окончательно перешла к японскому Соединенному флоту. Такова была цена в Русско-японской войне гибели эскадренного броненосца «Петропавловск» и находившегося на его борту командующего русским флотом на Тихом океане вице-адмирала С.О. Макарова.
Вскоре были получены достоверные сведения о том, что высадившиеся в портах западного побережья Кореи японские войска начали продвижение к северу. Временному командующему русской Маньчжурской армией генералу Н.П. Линевичу (генерал-губернатору Приамурской области) отдается приказ задержать японцев на рубеже пограничной реки Ялу. Это позволяло выиграть время для сосредоточения армейских сил в районе городов Мукден — Ляоян и не дать неприятелю возможности в случае переправы через Ялу и ожидавшейся высадки десанта в устье реки Ляохэ и на ближайшем морском побережье обрушиться с суши на крепость Порт-Артур.
В те дни главнокомандующий вооруженными силами России на Дальнем Востоке адмирал Алексеев получил высочайшие указания императора Николая II на ведение войны. Суть их заключалась в следующем:
«Главнейшие усилия наши первоначально должны быть обращены на обеспечение сосредоточения войск, как находящихся в пределах наместничества, так и направляемых из Европейской России. В силу этого первенствующей целью наших действий в первый период войны является удержание в своей власти Китайско-Восточной железной дороги».
Опасаясь русского флота, когда во главе его стоял инициативный и настойчивый вице-адмирал С.О. Макаров, японское командование медлило с высадкой сухопутных сил в Корее. 1-я армия генерала Куроки завершила высадку своих последних частей на корейскую землю только 29 марта. Весенняя распутица сделала дороги труднопроходимыми — путь от Сеула до Пхеньяна в 240 верст передовая японская пехотная дивизия проделала за 24 дня. И только в 20-х числах апреля передовые отряды японцев появились на левом берегу пограничной реки Ялу.
Вопреки ожиданиям, японцы не встретили здесь никакого серьезного противодействия. В Северной Корее действовал передовой (заградительный) конный отряд под командованием генерала П.И. Мищенко, состоявший из 22 сотен забайкальской и уссурийской казачьей конницы и одной казачьей батареи. Отряду была поставлена задача вести разведку, выдвинувшись до 100 километров южнее реки Ялу. Поэтому на корейской территории произошли лишь небольшие стычки подходивших японских войск с казачьими разъездами.
Первое боевое столкновение русских с японцами произошло у Ченшена. В бою от отряда генерала Мищенко участвовало шесть сотен спешенных казаков (один полк), со стороны японцев — 5 батальонов пехоты, 7 кавалерийских эскадронов, саперная рота и 18 полевых орудий. Японские батареи своим огнем и решили судьбу боя. Казаки после жаркой перестрелки сели на коней и без потерь отошли в расположение своего отряда, к берегу реки Ялу.
Прогнозы командования Маньчжурской армии, считавшего, что 10 дивизий противника в середине третьего месяца войны выйдут к Южно-Китайской железной дороге, совершенно не оправдались. Фактически только 3 японские пехотные дивизии подошли к реке Ялу и начали медленную подготовку к ее форсированию. К тому времени на левом берегу пограничной реки уже не оставалось ни одного русского солдата. Русские передовые посты, таившиеся на островах реки, встретили японских разведчиков ружейной стрельбой. Те в отместку сожгли русский поселок лесной концессии в Ионампо.
Мобилизация и развертывание русской Маньчжурской армии осуществлялись крайне медленно. Все упиралось в реальные, а не запланированные свыше пропускные возможности Транссибирской железнодорожной магистрали. За первые полтора месяца войны среднесуточный прирост вооруженных сил России на Дальнем Востоке составлял около одного пехотного батальона, 0,5 сотни конницы и 3 орудий.
Только к концу апреля 1904 года воюющие стороны изготовились для первых боев на сухопутном фронте, сумев перебросить на материковый театр военных действий и сосредоточить значительные армейские силы. Состав и расположение русской Маньчжурской армии и японских войск были следующими.
Численность русских войск на Квантунском полуострове, в том числе и крепостного гарнизона Порт-Артура, составляла до 40 тысяч человек. В их число входили 30 батальонов пехоты, одна казачья сотня, 56 полевых орудий, 3 батальона крепостной артиллерии и другие небольшие воинские подразделения. В крепости Владивосток и Приморском крае имелось 25 батальонов пехоты, 6 сотен конницы, 56 полевых орудий, 3 крепостные роты и другие части. В Южной Маньчжурии — 23 батальона пехоты, 6 эскадронов кавалерии, 88 полевых орудий и отряды Заамурской пограничной стражи, конные и пешие.
Восточный отряд под командованием генерала М.И. Засулича на рубеже реки Ялу включал в себя 3-ю и 6-ю Восточно-Сибирские стрелковые дивизии с их артиллерийскими бригадами — 20 батальонов сибирских стрелков и 62 полевых орудия. В состав Восточного отряда входили также отдельная Забайкальская казачья бригада, Аргунский и Уссурийский казачьи полки (всего 24 сотни казачьей конницы), саперная рота. Численность русских войск на реке Ялу достигала 23 тысяч человек.
