В итоге был утвержден более дешевый проект, подготовленный военным инженером полковником Величко. По этому проекту на приморском фронте протяженностью до 9 километров намечалось построить 27 батарей долговременного типа, а на сухопутном фронте протяженностью до 22 километров — 8 фортов, 9 укреплений, 6 долговременных батарей и 8 редутов. На вооружении крепости намечалось иметь 552 орудия различных калибров и 48 пулеметов.
«Экономические соображения» полковника инженерных войск Величко, получившие одобрение российского Военного ведомства и утверждение императором Николаем II, привели к заметному уменьшению толщины перекрытий бетонных сводов погребов боеприпасов — до 1,5 метра, убежищ для гарнизонов фортов и крепостных укреплений — до 0,9 метра. При этом Величко и его прямое начальство исходили из того, что у противника никак не могло быть более 40 осадных орудий калибром более 122 миллиметров.
Фортификационные сооружения Порт-Артура строились чрезвычайно медленно. К тому же во главе строительства крепости оказались люди нечестные, привлеченные впоследствии за финансовые злоупотребления к уголовной ответственности. К началу войны на приморском фронте было возведено всего 9 батарей долговременного типа и 12 временных. Хуже обстояло дело на сухопутном фронте крепости: там был построен лишь один форт, 3 временных укрепления и 3 литерные батареи. В постройке находились 3 форта, литерная батарея и несколько других, менее значительных укреплений. Сооружение других фортификационных объектов даже не начиналось.
Неблагополучным было и положение дел с вооружением русской крепости на берегу Желтого моря артиллерией. К февралю 1904 года крепость имела на вооружении всего 106 орудий, готовых к открытию огня. Из них на морском направлении было установлено 108 орудий, а на сухопутном фронте — только 8.
Летом 1903 года российский военный министр А.Н. Куропаткин инспектировал войска Дальнего Востока. Он тщательно познакомился с оборонительными сооружениями крепости. По возвращении в столицу в докладе императору Николаю II генерал от инфантерии писал:
«Укрепления Порт-Артура приходят к концу и сделают его при достаточном гарнизоне и запасах неприступным с моря и с суши. Гарнизон Квантуна усилился в значительной степени. Ныне можно не тревожиться, если даже большая часть, например, японской армии обрушится на Порт-Артур. Мы имеем силы и средства отстоять Порт-Артур, даже борясь один против 5—10 врагов… Дальнейшие работы дадут возможность найти безопасное убежище всей нашей Тихоокеанской эскадре. Уже и ныне эта эскадра может смело мерить свои силы со всем флотом Японии с надеждою на полный успех. Таким образом, Порт-Артур, обеспеченный с моря и с суши, снабженный сильным гарнизоном и поддержанный могущественным флотом, представляет вполне самостоятельную силу. Запасов собрано столько, что наши войска успеют собраться в Маньчжурии, нанести решительное поражение противнику и освободить осажденный или блокированный Порт-Артур. Два года назад, даже год тому назад, мы могли тревожиться оторванностью Порт-Артура от России и Приамурья. Теперь можно и не тревожиться».
Вяло велись работы и по укреплению обороноспособности морской крепости Владивосток. Владивостокский крепостной район разделялся на две обособленные части: обширный полуостров Муравьева-Амурского, вытянутый с северо-востока на юго-запад, и остров Русский, отделенный от материка проливом Босфор Восточный. Глубоководная бухта Золотой Рог, хотя и небольшая по акватории, являлась удобнейшей стоянкой для военных кораблей, в том числе броненосных всех классов.
Накануне войны Владивостокская крепость находилась явно в неудовлетворительном состоянии, особенно это касалось ее артиллерийской вооруженности и наличия долговременных крепостных сооружений, причалов морского порта. Военный министр Куропаткин после посещения Владивостока со всей откровенностью записал в своем дневнике:
«Общее впечатление неблагоприятное — не вижу идеи в применении к местности. Садили батареи и укрепления там, где по местности это было выгодно, не связывая общей идеей то, что делали… Артиллерийское вооружение в общем устарелых образцов».
Сибирская железная дорога, возводившаяся в крайне тяжелых географических условиях, еще не была достроена и обустроена. В силу этого она обладала крайне низкой пропускной способностью: в начале войны всего три пары воинских поездов в сутки. Лишь через пять месяцев количество поездов увеличилось до 7—8, а к концу войны оно достигло 14 пар в сутки. От Челябинска до Ляояна эшелон с войсками шел более 20 суток, из российской столицы до столицы КВЖД — города Мукдена — около 50 суток. Русское командование при организации тыла Маньчжурской армии «забыло» использовать судоходные реки Амур и Сунгари.
Поэтому сосредоточить в кратчайшие сроки в Маньчжурии полумиллионную русскую армию, снабженную всем необходимым для ведения боевых действий, как предполагало высшее военное командование России, было практически невозможно. Война со всей убедительностью доказала это.
Железнодорожные перевозки требовали постоянной охраны. Во всех районах Маньчжурии действовали многочисленные банды хунхузов, которые, помимо грабежа китайских деревень, регулярно нападали на КВЖД, и особенно часто на русские обозы, когда тыловые грузы перевозились на гужевом транспорте погонщиками-китайцами. Хунхузы старались в первую очередь захватить продовольствие. Слабость местной китайской администрации потребовала от русского командования усиленной охраны армейских тылов и коммуникаций.
Между тем отношения России с Японией ухудшались с каждым месяцем. Различные милитаристские и шовинистические организации раздували на Японских островах антироссийскую пропаганду. Столичные и провинциальные газеты пестрели статьями, в которых читателям старательно доказывалось, что Япония легко выиграет войну с Россией. Так, в газете «Ниппон Симбун» от 18 сентября 1903 года анонимный автор писал:
«Я как военный стою за войну. Экономические соображения не должны играть роли, раз затронута честь государства… Нынешние отношения с Россией должны окончиться войной. Театром войны будет пространство от корейской границы до Ляодунского полуострова включительно. Наша армия знает эти поля… Напрасно думают, что война будет продолжаться 3—5 лет. Русская армия уйдет из Маньчжурии, как только флот русский будет разбит».
С целью еще более обострить обстановку на Дальнем Востоке Токио летом 1903 года возобновило переговоры с Санкт-Петербургом. Помимо признания преобладающего влияния и фактического протектората Японии в Корее японцы требовали от России согласия на продолжение корейской железной дороги до соединения с китайской линией. Российское правительство на это не шло, все время настаивая на том, что маньчжурский вопрос касается исключительно России и Китая и что Япония вообще не должна вмешиваться в маньчжурские дела.
В телеграмме императору Николаю II царский наместник на Дальнем Востоке в те дни писал: «Для нас единственным основанием для соглашения могло бы служить только признание Японией Маньчжурии, стоящей всецело „вне сферы ее интересов“… Ожидать успеха переговоров с Японией возможно лишь при условии, если посланнику будет предоставлено с полной ясностью дать понять японскому правительству, что права и интересы свои в Маньчжурии Россия намерена отстаивать вооруженною рукою».
