По мере устранения недостатков начались полеты. Причем первый состоялся 30 января, через 9 дней после прибытия специалистов завода № 1. После полета, который прошел в присутствии инженера армии и командира корпуса, надуманное напряжение разрядилось. Летчику-инструктору выполнившему первый полет, командир корпуса объявил благодарность. Ну а после вылета восьми летчиков во главе с командиром корпуса мнение о машине резко изменилось, а у летного состава появилось желание летать на «мигах». Перед отъездом бригады в г. Куйбышев самостоятельно вылетели все командиры полков и эскадрилий. Недоверие к МиГ-9 и преклонение перед Як-15 начали уходить в прошлое.
Тем не менее опыт эксплуатации реактивного истребителя МиГ-9 с двумя двигателями РД-20 и опыт переучивания на нем летного состава строевых частей ВВС показал, что машина все же является наиболее сложной в технике пилотирования, требующей индивидуального отбора летчиков для подготовки. К основным недостаткам военные отнесли неотработанное вооружение, плохую управляемость на рулении, недостаточную эффективность тормозов и закрылков, большие нагрузки на рули на виражах. К числу положительных качеств были отнесены хорошая устойчивость самолета на разбеге и взлете, возможность полета на одном двигателе без нарушения режима полета, что повышало его безопасность, хороший обзор вперед, а также удобная компоновка приборов в кабине.
В течение 1947 года на заводе № 1 продолжали совершенствование МиГ-9 в части улучшения путевой устойчивости путем увеличения площади киля, доработки топливной системы, отработки управляемости самолета на рулежке, уменьшения нагрузки на ручку управления. Кроме того, была изменена конструкция фюзеляжного обтекателя в зоне сопел двигателей, а также усилены и улучшены в конструктивном отношении хвостовое оперение, лонжероны крыла и фюзеляжа, щитки шасси, тяги управления и ряд других агрегатов.
Помимо трудностей, связанных с внедрением конструктивных изменений, завод № 1 испытывал проблемы со своевременным обеспечением производства готовыми агрегатами, такими как двигатели РД-20, маслорадиаторы, пушки Н-37 и НС-23К, радиополукомпасы РПКО-10 и ряд других. Так, отсутствие у поставщика пушек Н-37 и НС-23К привело к тому, что заводу пришлось сдавать ВВС машины без пушек. И только после получения последних в строевые части отправлялись заводские бригады для их установки на самолеты. Только с июля 1947 г. все МиГ-9 стали выпускаться с пушками НС-23К, а с сентября – и с Н-37. Всего в частях ВВС силами завода № 1 было оснащено пушками Н-37 и НС-23К соответственно 47 и 37 ранее построенных самолетов. Кроме того, выпущенные к 1 Мая 49 истребителей были переданы ВВС и ОКБ-155 с макетным вооружением, а так как они были оборудованы под пушку Н-57, то пушку Н-37 на них не устанавливали.
В 1948 году ситуация с выпуском МиГ-9 также оставалась напряженной, так как продолжали сказываться и скоротечный запуск машины в серию, и отсутствие достаточного опыта как в производстве, так, особенно, и в эксплуатации. В начале года представители ВВС из-за множества недостатков вновь прекратили приемку машины. Основными причинами этого решения были ограничения при стрельбе из всех пушек на высотах более 10 000 м, отсутствие на самолете катапультного кресла, бронестекла и прицела АСП-1Н. К моменту выхода 15 марта 1948 г. постановления правительства № 790 – 255 о приемке самолетов ВВС все облетанные и поступившие на аэродром истребители МиГ-9, в количестве 70 машин, были возвращены в цех окончательной сборки, где их подвергли доработке, после чего они вновь прошли весь цикл отработки.
Главными мероприятиями по доводке матчасти, предписанными вышеупомянутым Постановлением, были: установка газоотводных труб-глушителей на пушки Н-23, доработка системы торможения, а также установка двигателей с увеличенным ресурсом (75 часов). В части установки бронестекол стоит отметить, что уже с 1 сентября 1947 г. все машины выпускались с фонарями, позволявшими их установку. Однако Министерство химической промышленности не обеспечило своевременную поставку бронестекол. Лишь в январе 1948 г. изготовленные первые 10 комплектов были получены заводом № 1 для примерки. В это же время 10 комплектов поступили в ГК НИИ ВВС на испытания. Установка прицела АСП-1Н была запланирована с марта 1948 г.
Повторный облет и оформление самолетов по боевой готовности после переделок начали в марте. Правда, при облете машин, с доведением скорости до максимально допустимой, завод № 1 также встретился с рядом новых трудностей. Устранение и изучение всех вопросов, возникших при отработке этих самолетов, вызвало их неравномерный выпуск и не позволяло организовать ритмичную работу производственных цехов завода. Так, например, следует отметить работу завода над тягой и оборотами двигателей. Зависимость этих параметров от температуры наружного воздуха изучалась одновременно с работой по выпуску самолетов. Это явление вызвало проведение большого количества повторных полетов, созыва специальных комиссий для выработки температурных поправок на больших скоростях.
Кроме конструктивных улучшений, внедряемых в серийном производстве, коллектив завода № 1 также обеспечивал доработку уже выпущенных самолетов. В течение года в строевых частях ВВС на истребителях МиГ-9 были проведены следующие мероприятия: установлены глушители на пушки НС-23 и крепление для бронестекла, прицел ПКИ-1 заменен на АСП-1Н, доработаны шасси и пневмосистема, заменены деревянные обтекатели на хвостовом оперении, усилена верхняя обшивка крыла в районе нервюр № 10 – 11 и нижняя в районе нервюр № 6 – 8 и ряд других весьма крупных работ. Также в частях ВВС было перекрашено 211 самолетов, в связи с тем, что ранее применявшаяся краска оказалась непригодной для истребителей с высокими скоростями полета.
Тем не менее, несмотря на предпринимаемые МАП меры к улучшению качества истребителя МиГ-9, из ВВС продолжали поступать жалобы и упреки. Последствия не заставили себя долго ждать, и на рубеже 1947 – 1948 гг. у авиастроителей стали назревать серьезные проблемы, основой которых стал доклад министра государственного контроля Л.З. Мехлиса о поставке авиационной промышленностью недоброкачественных реактивных самолетов МиГ-9. При этом совершенно не учитывалось, как и в каких условиях проходило освоение его в серийном производстве. Стоит отметить, что министр авиационной промышленности М.В. Хруничев попал в туже ситуацию, в которой оказался директор завода № 381 В.И. Журавлев, когда в 1946 году его обвинили в выпуске опытной партии истребителей И-250 с комбинированной силовой установкой низкого качества. А ведь И-250 запускался в опытную серию в еще худших, по сравнению с МиГ-9, условиях. Но тогда Хруничев не поддержал Журавлева, а теперь и сам оказался в подобном положении.
В связи с возникшей ситуацией в феврале 1948 г. министром авиационной промышленности был направлен обстоятельный доклад на имя В.М. Молотова, Н.А. Булганина и М.З. Сабурова, в котором были указаны все аспекты и условия, связанные с запуском самолета МиГ-9 в серию, а также освещены мероприятия, направленные на улучшение конструкции самолета. В докладе было отмечено, что по совместному решению МАП и ВВС, впоследствии утвержденному правительством, запуск в производство реактивных самолетов и двигателей был произведен до окончания государственных испытаний с целью скорейшего освоения в серии, так как предполагалось, что доводка самолета и двигателя будет осуществляться в ходе серийного выпуска на основе опыта их эксплуатации.
