Судьбу непопулярного царя окончательно решило Клушинское сражение с польским гетманом С. Жолкевским, которое состоялось в июле 1610 г. Главнокомандующим царского войска был царский брат Д. И. Шуйский, его помощником — A. B. Голицын. Им подчинялись не только русские полки, но и шведские наемники. Перед битвой шведы потребовали заплатить им за готовность пролить кровь на поле боя. Но скупой Д. И. Шуйский решил сэкономить и заявил, что выдаст деньги после сражения. Он надеялся, что мертвым деньги уже не понадобятся. Шведы сразу же поняли его хитрость, и как только поляки начали их теснить, повернули назад. За ними в бегство обратились и русские воины, хотя численное превосходство было на их стороне. Напрасно A. B. Голицын со своим полком пытался исправить положение и призывал Д. И. Шуйского личным примером воодушевить воинов. Царский брат был так напуган, что побежал в первых рядах, бросив обоз с невыплаченными шведам деньгами. В итоге Клушинская баталия была с позором проиграна. Вскоре после нее в июле этого же года В. И. Шуйский был свергнут.
Можно предположить, что Андрей Васильевич был против сведения с престола законного монарха, но он не мог противостоять воле большинства москвичей. Он лишь постарался вместе с другими боярами взять власть в городе в свои руки, чтобы прекратить беспорядки и остановить погромы. На собранной в экстренном порядке Боярской думе было решено избрать 7 наиболее видных и авторитетных бояр, которые должны были составить временное правительство. В его задачу входило как можно быстрее собрать представительский Земский собор и избрать на нем нового царя.
В источниках нет данных о том, по какому принципу выбирались члены временного правительства, прозванного потом в народе «Семибоярщиной». Но можно предположить, что они должны были быть представителями наиболее знатных родов, обладать воинским опытом и талантами, отличаться честностью и верностью присяге. Видимо, поэтому от рода Голицыных в правительство вошли не старшие его представители, Василий и Иван, а младший Андрей. Он никогда не был замечен в предательстве ни по отношению к отправившим его в ссылку Годуновым, как его старшие братья, ни к непопулярному царю В. И. Шуйскому, как «перелеты». В сражениях отличался личной отвагой и смелостью.
Можно предположить, что вместе с другими боярами A. B. Голицын искренне желал избрать на Земском соборе нового царя «из своих древних родов». Но оказалось, что времени для этого нет. К Москве двигались сразу два войска: польского гетмана С. Жолкевского и Лжедмитрия II. Оборонять город было некому, поэтому из двух зол следовало выбрать наименьшее. Союз с поляками показался боярам более подходящим, чем возведение на московский престол откровенного авантюриста лжецаревича.
В ходе переговоров с гетманом Жолкевским было решено, что новым царем русские люди изберут польского королевича Владислава, сына Сигизмунда, но он должен принять православие и жениться на местной девушке. Королю же следует помочь боярам разбить Лжедмитрия II и снять осаду Смоленска.
Для подписания всех необходимых документов по этому поводу в начале сентября 1610 г. под Смоленск было отправлено представительное посольство под руководством митрополита Филарета и брата A. B. Голицына Василия Васильевича. Оставшиеся в Москве бояре, считая, что вопрос о воцарении Владислава решен, согласились, на ввод в город польского гарнизона. В итоге с 20 сентября 1610 г. в столице Русского государства установилось польское господство.
Члены временного правительства не сразу поняли, что окончательно лишились власти. Они по привычке собирались на заседания Боярской думы, но каждый раз обнаруживали, что все дела вершит начальник польского гарнизона А. Гонсевский со своими подручными. В их числе оказался бывший торговый человек из Погорелого городища Ф. Андронов. Он так хорошо сумел втереться в доверие к полякам, что даже получил должность казначея (по некоторым данным — его помощника).
Некоторые бояре вскоре поняли, что смена власти им только на руку, и стали выискивать личные выгоды. Одни лично обратились к Сигизмунду III с просьбой о новых должностях и пожалованиях, другие начали строчить доносы на своих противников. Возмутился создавшимся положением только A. B. Голицын. Он смело обратился к А. Гонсевскому и его помощникам с такими словами: «Паны поляки! Кривда большая нам от вас делается. Мы приняли королевича в государи, а вы его нам не даете. Именем королевским, а не его, листы к нам пишут, под титулом королевским пожалования раздают. Как сейчас видите, люди худые с нами, великими людьми, равняются. Или вперед с нами так не делайте, или освободите нас от крестного целования, и мы будем промышлять о себе сами».
Несомненно, что справедливые слова князя Андрея очень возмутили поляков, поскольку они знали, что король Сигизмунд III не собирался посылать в Москву сына. Он хотел прибрать к своим рукам ослабленное Русское государство и лишить его национальной независимости. Но об этом никто из русских людей не должен был догадываться.
Чтобы речи A. B. Голицына не смутили чьих-либо умов, А. Гонсевский приказал посадить его под домашний арест, якобы за строптивость. Однако князь знал, что он не одинок в своих подозрениях относительно реальных планов поляков. С обличением интервентов не раз выступал в Успенском соборе патриарх Гермоген. Он даже начал призывать всех патриотов собраться и прогнать поляков из Москвы. Его слова нашли горячий отклик у рязанского воеводы П. П. Ляпунова. В начале 1611 г. тот стал рассылать грамоты по городам с призывом объединиться в народное ополчение для борьбы с поляками-интервентами.
Можно предположить, что A. B. Голицын знал о патриотической деятельности Ляпунова, поскольку со времен битвы на р. Восьма у Каширы поддерживал с ним дружеские отношения. Он наверняка вел с ним тайную переписку для согласования действий, направленных против поляков. Об этом А. Гонсевский, видимо, догадывался, поэтому стал искать способ сурово наказать князя Андрея. Удобный случай представился, когда в руки поляков попал некий поп Харитон, привезший князю И. М. Воротынскому письмо от Лжедмитрия II. Хотя при допросе он назвал только имя Воротынского, его подвергли пыткам. Во время них он сказал то, что хотел услышать Гонсевский — переписку с Лжедмитрием II вел и A. B. Голицын вместе с братом Василием, который возглавлял Смоленское посольство. Это дало полякам основание взять всех под стражу.
После получения известия о том, что 11 декабря 1610 г. самозванец был убит, оснований для ареста A. B. Голицына не стало. Но поляки и не думали его освобождать. Вместе с публично обличавшим их патриархом Гермогеном он стал для них главным врагом. В «Истории Дмитрия», составленной и из дневниковых записей поляков, прямо писалось, что Голицын являлся советником Гермогена и именно он призывал москвичей к восстанию. Этот факт дает основание считать, что князь продолжал интенсивно переписываться с воеводами-патриотами во главе с П. П. Ляпуновым. Вместе они готовились к борьбе против поляков-интервентов.
Несомненно, что A. B. Голицын, как один из наиболее авторитетных бояр и опытный военачальник, должен был возглавить московское восстание. Его следовало начать при подходе к столице ополчений из других городов. Однако ситуация в городе оказалась настолько взрывоопасной, что оно вспыхнуло стихийно раньше обговоренного срока.
