Наряду с дизельными ПЛ для скрытой доставки крупных подразделений подводных диверсантов в район боевых действий используются несколько атомных подводных лодок типа «Стерджен» и «Лафайет». Обладая значительной автономностью, они способны длительное время нести дежурство в подводном положении на угрожаемых интересам США стратегических направлениях. Только одна атомная подводная лодка-носитель способна принять на борт около 200 подводных диверсантов с оружием и специальным снаряжением.
В 1965 году в состав ВМС США введена АПЛ «Хеллибат» («специальный проект»). Официально модернизация субмарины происходила под легендой использования комплекса в поисково-спасательных целях. Однако главная задача АПЛ состояла в проведении разведывательных и диверсионных операций. На ней размещались две сверхмалые глубоководные подводные лодки «Хеллибат», оснащенные мощной гидроакустической станцией, видео- и фотоаппаратурой, ЭВМ для обработки секретной информации. Кроме прочего, в задачу экипажа лодки входило — подъем со дна океана обломков советских баллистических ракет для их последующей передачи на исследования специалистам технической разведки.
Именно АПЛ «Хеллибат» в 1968 году первая вопреки усилиям советских военных служб обнаружила погибшую со всем экипажем отечественную АПЛ К-129 в районе Гавайских островов, С глубины 5000 метров были подняты носовая часть субмарины, а вместе с ней две ядерные торпеды и коды радиообмена. Операция называлась «Дженифер». В начале 90-х годов американские глубоководные аппараты обследовали советскую секретную АПЛ «Комсомолец». По некоторым данным, с нее оказалась украдена ядерная торпеда. Данное обстоятельство зафиксировали российские аппараты «Мир».
В начале 70-х годов XX века в Советском Союзе проходили научно-производственные исследования в строительстве подводной лодки специального назначения Пр. 1910 («Кашалот»). Субмарина не была вооружена торпедным оружием и предназначалась только для транспортировки подводных диверсантов. Официально лодка имела обозначение «Атомная глубоководная станция 1-го ранга». Первая лодка АС-13 заложена в Ленинграде 20.10.1977 года и спущена на воду 25.10.1982 года. 31.12.1986 года вошла в боевой состав Краснознаменного Северного флота. 23.02.1983 года заложена вторая ПЛ, получившая обозначение АС-15. Корабль спущен на воду 29.04.1988 года. Вступил в строй 30.12.1991 года. Западные специалисты подобным субмаринам присвоили обозначение «Uniform».
Для проведения глубоководных водолазных работ в интересах ВМФ в 1980 году на заводе «Судмех» приступили к постройке серии АПЛ Пр. 1851. На них нет вооружения, но установлено специальное водолазное оборудование, корабли оснащались баррокамерой. Головная субмарина АС-23 заложена 25.09.1981 года и спущена воду 30.12.1983 года. В последующем в строй вступили АС-21 (спущена на воду 29.04.1991 года, вошла в боевой состав 28.12.1991 года), АС-35 (спущена на воду 29.09.1944 года, вступила в боевой состав 12.10.1995 года). Комплексы обеспечивают погружение на глубины до 1000 метров. Экипаж — 36 человек. В НАТО субмарины получили классификацию «X-Ray». По мнению некоторых специалистов, АПЛ Пр. 1851 могли использоваться для демонтажа подводных систем наблюдения за передвижением советских субмарин. Таким образом, создавалась «черная дыра» в системе защиты океанских коммуникаций стран НАТО, и АПЛ Советского Союза могли бесконтрольно осуществлять выполнение заданий.
Следует отметить, что не все проекты субмарин специального назначения удалось реализовать. Менее известен советский АПЛ Пр. 717 (ЦКБ «Волна»). Это был нетрадиционный проект, потребовавший от профильных НИИ значительных усилий в его реализации Работы начались в 1967 году под официальным названием «большая транспортная десантная подводная лодка — минный заградитель». По замыслу разработчиков корабль предназначался для скрытой переброски десантных сил и техники на большие расстояния, установки минных заграждений на удаленных от базы океанских коммуникациях. Кроме этого, субмарина могла транспортировать подразделения подводных боевых пловцов и диверсантов с полным комплектом вооружения и транспортными средствами. Однако соответствующие мощности ВПК так и не были найдены, и проект в начале 70-х годов закрыли Строительство лодки так и не началось.
50-е, 60-е годы XX века были продуктивны в попытках советского ВМФ создать специальные дизельные и атомные субмарины, способные действовать с мощным десантом и спецподразделениями боевых пловцов и диверсантов в регионах океана, контролировавшихся странами НАТО. В 50-х годах данным задачам соответствовали проекты дизель-электрических ПЛ 632 и 648. Кроме прочего, корабли могли обслуживать в море тяжелые гидросамолеты, осуществлять транспортировку ГСМ, крылатых ракет и другого вооружения. В конце 50-х годов ЦКБ-16 (главный конструктор — Н.А. Кисилев) был выдан заказ на проектирование подобной по назначению лодки, но с атомной энергетической установкой (Пр. 664). 01.03.1960 года задание утвердило Министерство обороны, и уже в сентябре этого года оказались подготовлены четыре варианта эскизного проекта корабля. Несмотря на высокую загруженность верфей ВПК, в 1964 году строительство субмарины было начато на Северном машиностроительном заводе. Однако вскоре работы были прекращены, так как необходимость ввода в строй новых проектов АПРК на то время холодной войны стало более актуальным
Необходимость в принятии на вооружение ВМФ субмарин, способных выполнять скрытые транспортные переброски средств ведения войны и диверсионно-десантных подразделений, оставалась. Поэтому при создании программы отечественного судостроения на период 1965—1970 годов вновь вернулись к созданию транспортно-десантной подводной лодки с атомной энергетической установкой. В 1965 году соответствующее задание было выдано ЦКБ-16 (Пр. 748, главный конструктор — Н.А. Киселев). Возможности корабля поражали. Лодка могла принять на борт усиленный батальон морской пехоты с полным вооружением, три плавающих танка типа ПТ-76, шесть ротных минометов, два бронетранспортера. В целом проект предусматривал вместимость корабля: 1200 человек и около 20 единиц бронетехники. При наличии столь внушительного «подводного гарнизона» расчетная автономность АПЛ составляла 80 суток. Представленный заказчику эскизный проект лодки не был утвержден, но работы над ним продолжены.
С целью ведения скрытых подводно-диверсионных действий на коммуникациях противника в 1990 году на базе АПЛ Пр. 667А (К-411) после переоборудования была создана субмарина Пр. 09774. Лодка предназначена мя транспортировки СМПЛ. Во время модернизации корпус корабля пришлось удлинить до 162,5 метра, исключить из конструкции торпедные аппараты, провести другие работы, связанные с назначением АПЛ.
АПЛ Пр. 09774
Длина корпуса — 62,5 м, ширина наибольшая — 11,7 м, нормальное водоизмещение — 8675 куб. м, рабочая и максимальная глубина погружения — 380/450 м, средняя осадка — 8,3 м, максимальная надводная скорость движения — 15 уз. (1 узел = 1 мор. миля в час (1,852 км/час), максимальная подводная скорость — 27 уз. Номинальная мощность энергетической установки 51 000 л.с. (два атомных реактора ВМ-4Т), техническое оснащение: ГАК МГК-300 «Рубин», ГАС миноискателя типа МГ-509, навигационный комплекс «Медведица», МРП-10 «Залив-П», радиолокационный комплекс РАК-101 «Альбатрос» и так далее.
