После боев за гору Куинсан под Порт-Артуром наступило затишье. Японская армия, получив морем новые подкрепления и увеличив число стволов осадной артиллерии, 13 июля начала атаку позиций русских, стремясь оттеснить их к самому Порт-Артуру.
Атака началась в 6 часов 30 минут утра с сильной артиллерийской подготовки. К полудню атакующие японцы заняли слабо укрепленный Большой перевал. Сибирские стрелки провели несколько контратак и к вечеру вернули себе перевал.
При поддержке осадной и корабельной артиллерии японцы упорно вели бой за Зеленые горы. Ночной атакой им удалось захватить высоту «93» и укрепиться на ней. Тогда командование обороной Порт-Артура приняло решение отойти с Зеленых гор на более сильные позиции на соседних Волчьих горах. За два дня жарких схваток русские потеряли около 1500 человек, японцы — около 6 тысяч человек.
Волчьи горы представляли собой цепь невысоких сопок, которые тянулись полукругом на расстоянии 7—8 километров от крепости. В сторону противника сопки имели крутые склоны, перед которыми тянулись сплошные поля гаоляна, который достигал высоты в 1,5—2 метра и служил прекрасным укрытием для японских пехотинцев в случае их скрытого подхода к Волчьим горам.
В 4 часа утра 17 июля японцы возобновили наступление на позиции 4-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии. Через три часа им удалось прорвать позиции в двух местах. Тогда генерал-майор Фок, который еще не исчерпал большей части своих возможностей в бою, приказал войскам отойти с Волчьих гор в район крепости, что и было сделано к 10 часам вечера.
Однако 7-я Восточно-Сибирская стрелковая дивизия генерал-майора Кондратенко частью сил продолжала упорно держаться на Волчьих горах. Японцы беспрерывно атаковали их, и на Дагушане и Сягушане не раз вспыхивали рукопашные схватки. Наконец нападающие сумели захватить Дагушань (ее обороняли три стрелковые роты), втащить туда несколько орудий и начать обстрел соседней высоты. В итоге русским пришлось уйти и с нее, отступив к крепости.
Так Порт-Артурская крепость лишилась на своем правом фланге последних передовых позиций. Русские лишились в этих боях 450 солдат и офицеров, японцы — 1280 человек. Потеря Дагушаня и Сягушаня во многом объяснялась тем, что против оборонявшихся здесь трех стрелковых батальонов со стороны неприятеля действовали 36 горных орудий, 8 гаубиц и 24 мортиры. Их огню защитники высот противопоставить почти ничего не смогли. А из общего резерва крепости подкреплений они так и не получили. Скорое будущее показало, что горы Дагушань и Сягушань надо было удерживать любой ценой.
...После того как русские войска оставили последние передовые позиции на Квантуне, армия генерала Ноги приступила к осаде собственно крепости Порт-Артур. Началась многомесячная борьба. Потеря передовых позиций обернулась для порт-артурцев еще одной большой бедой: теперь неприятель получил возможность обстреливать из осадных орудий внутреннюю гавань, где стояли корабли эскадры. Особенно опасным оказался огонь тяжелых мортир.
Перекидной из-за высот артиллерийский огонь по внутренней гавани, который начал вестись японцами, вскоре дал желаемые результаты. Один крупнокалиберный снаряд попал в рубку броненосца «Цесаревич». «Ретвизан» был поражен семью снарядами. Через образовавшуюся подводную пробоину корабль принял 500 тонн воды.
Русскую эскадру в такой ситуации спасало то, что вражеские осадные батареи вели бесприцельный огонь, стреляя по площадям. Японцы целей во внутренней гавани крепости не видели.
28 июля Тихоокеанская эскадра попыталась вырваться из осажденного Порт-Артура. В Желтом море состоялось ожесточенное сражение. В итоге 9 из 18 русских кораблей пришлось вернуться в крепость. 8 кораблей прорвались в нейтральные порты, где были интернированы до конца войны. Крейсер «Новик», пытавшийся прорваться к Владивостоку, получил серьезные повреждения в бою с крейсером «Цусима» и был затоплен командой у берегов Сахалина близ Корсаковского поста.
После сражения в Желтом море началось разоружение кораблей Тихоокеанской эскадры. Малая, частью средняя корабельная артиллерия свозилась на берег. Морские батареи, установленные на берегу, были приписаны к эскадренным броненосцам и крейсерам, командиры которых обязывались обеспечить батареи всем необходимым: людьми, боеприпасами, провиантом. На сухопутный фронт ушла большая часть судовых команд.
...Первый штурм Порт-Артурской крепости армия генерал-полковника Марисукэ Ноги начала вечером 31 июля в 20 часов 30 минут. Атаке предшествовала артиллерийская подготовка из более чем 400 орудий, в том числе 198 осадных. Главный удар японцы наносили на позициях Западного фронта. Им удалось ценой больших потерь в рукопашных схватках захватить сопки Трехголовая и Боковая. И на этом атакующий пыл полков 3-й армии иссяк.
3 августа Ноги и командующий Соединенным флотом Японии адмирал Хэйхатиро Того прислали в осажденную крепость парламентера с предложением капитулировать. Ответ был следующего содержания:
«Предложение сдать крепость, как несовместимое с честью и достоинством русской армии и не оправдываемое настоящим положением крепости, не может быть предметом обсуждения».
Штурм крепости продолжился. Теперь одной из целей японцев стала гора Угловая, которая оборонялась 4 ротами сибирских стрелков. Штурмующий японский пехотный полк смог взять верх только тогда, когда получил в подкрепление четыре резервных батальона, а потом еще пять рот пехоты. Поредевшие защитники Угловой были вынуждены отойти на соседнюю Высокую гору. Японцам удалось было овладеть находившимся поблизости Панлуншанским редутом, но сибиряки контратакой отбили его.
Не менее жаркие, неудачные для японцев бои происходили и на Северном фронте, особенно у Водопроводного и Кумирненского редутов. Японские пехотинцы раз за разом упорно пытались водрузить на бруствере первого свой флаг, но каждый раз пулеметным огнем сбрасывались обратно в ров. Когда на Водопроводный подоспело подкрепление — рота пограничной стражи, комендант редута капитан Кириленко повел в контратаку своих сорок оставшихся в строю стрелков и пограничных стражников. Дружным ударом в штыки ров был очищен от неприятельской пехоты.
В дни первого штурма Порт-Артурской крепости на берег были свезены с кораблей Тихоокеанской эскадры семь десантных рот: с «Пересвета» — 215 человек, с «Победы» — 222, с «Полтавы» — 200, с «Севастополя» — 182, с «Ретвизана» — 207, с «Паллады» — 116 и так далее. Всего 21 офицер и 2246 матросов.
Четвертый день первого штурма тоже не дал японцам удачи. Особенно ожесточенными стали бои за укрепления на горах Длинной и Дивизионной. Здесь отличились десантные роты: они выбили неприятеля из трех разрушенных артиллерийским огнем крепостных укреплений.
Японская осадная артиллерия вела яростный обстрел Порт-Артура.
Схватка за гору Длинную (ее штурмовала целая пехотная бригада) обернулась для японцев большими потерями и успешной для них не стала. Впоследствии по приказанию командующего 3-й армии на вершине горы был поставлен столб с надписью на русском языке:
«Полковник Синзоро Тедзука был расстрелян за то, что, заняв русские окопы, не сумел их удержать, а когда русские открыли огонь, он бежал, чем способствовал нашей неудаче».