В самом центре Макдональд формировал ударную колонну в 45 000 человек и готовился к решительному удару. Перед его войском была устроена 104-орудийная батарея под командой генерала Друо и маршала Лористона, которая должна была в нужный момент проложить коридор в австрийских рядах. Однако для этого требовалось время. Тогда, чтобы удержать рвущихся австрийцев, Наполеон послал в бой конницу Бессьера. 40 эскадронов кирасир и гвардейской конницы вихрем налетели на австрийский гренадерский корпус и остановили его. Жестокая схватка французской конницы дала свои результаты. Время было выиграно, и Макдональд закончил построение своей колонны.
Пока ударная колонна формировалась, Массена совершал свой фланговый марш перед крупными силами противника, двигаясь тремя дивизиями в одной колонне, прикрытой справа конницей. Кленау, заняв Асперн отбросил дивизию Будэ к Лобау и создал угрозу Массена, захватив Эсслинген. Но Массена перешел в наступление, и Кленау отступил на Гирштетен.
Между тем к 12 часам войска Макдональда выстроились за 104-пушечной конной батареей. Их фланги прикрывали кирасиры Нансути и легкая гвардейская конница. Наполеон ждал лишь того момента, когда Даву взойдет на Нейзидельские высоты. И этот момент наступил. В 13 часов Даву после нескольких отбитых атак по трупам своих и чужих солдат все же взошел на высоты и взял штурмом опорный пункт австрийцев — Нейзидельскую башню. Увидев это, Удино активизировал свои действия. Постоянно наращивая натиск, он смял австрийцев и поставил их под перекрестный огонь. Поняв, что успех на правом фланге обеспечен, Наполеон отдал приказ Макдональду — в атаку.
104 орудия разом изрыгнули пламя, обрушив на австрийские позиции шквал огня и сметая все на своем пути. После этого удара вперед медленно двинулась 45-тысячная колонна. По всем расчетам ничто не должно было устоять перед этим тараном. Но австрийские солдаты 1809 года были уже не те, что в 1800 и 1805 годах. Жестоко побиваемые своими «учителями», они решили на этот раз показать, что кое-что все же запомнили из полученных уроков. Макдональд был встречен плотным огнем. Через некоторое время он потерял половину своих людей и вынужден был остановиться. Тогда со всех сторон австрийцы пошли в штыковую атаку, желая во что бы то ни стало довершить начатое дело. Макдональд отбивался умело, его солдаты отразили все атаки, к Наполеону полетел гонец с просьбой о подкреплении.
Тем не менее исход битвы уже четко вырисовывался.
Несмотря на свою храбрость, австрийцы терпели поражение на всех пунктах, а французы одерживали верх. Ваграм и Нейзидель были в руках Наполеона. Атака австрийцев против левого фланга французов не удалась. Они были вынуждены ретироваться. На правом фланге Даву продолжал теснить корпус Розенберга, который после упорного сопротивления начал отступление на Бокфлис. Столь же упорно оборонялся корпус Гогенцоллер-на, непрерывно атакованный войсками Удино, но отход Розенберга заставил его начать отступление к Зейрингу. Единственный пункт, который австрийцы еще удерживали в своих руках, — был Адеркла. Бернадот штурмовал его постоянно, но безуспешно. Однако это было лишь делом времени.
Удар колонны Макдональда был все же сокрушительным. Прибывший к Зюссенбрунну Карл, не имея возможности подкрепить свой центр ввиду отсутствия резерва, понял, что удержать позиции у Нейзиделя уже не удастся. Колонна Макдональда, подкрепленная новыми силами, опять двинулась вперед. Эрцгерцог приказал начать отступление на всем фронте, битва была проиграна.
Около 16 часов на поле боя неожиданно появился Иоанн, но, оценив ситуацию, не вступая в бой, повернул обратно. К 21 часу двухдневное сражение у Ваграма закончилось. Наполеон не преследовал противника, и австрийские войска отошли, сохранив боеспособность.
Потери обеих сторон в этой битве были огромны. Французы потеряли примерно 27 000 человек убитыми, пленными и ранеными, 18 генералов, 12 знамен, 11 орудий. Австрийские потери составили 32 000 человек, 9 орудий, 1 знамя.
С точки зрения военного искусства, сражение при Ваграме было подготовлено и проведено Наполеоном артистически. В ходе боя он применил новинку — удар тараном Макдональда. И все-таки Ваграм был совсем не похож ни на Аустерлиц, ни на Иену. Австрийская армия не была ни уничтожена, ни сокрушена. Она отступила в полном порядке и, вероятно, через некоторое время смогла бы снова ввязаться в битву такого же масштаба. А Наполеон уже чувствовал, что победа одержана ценой огромного напряжения сил и что ему было бы крайне тяжело идти еще на одно столь же ожесточенное сражение.
Император шумно праздновал победу. Бертье был пожалован титул князя Ваграма, Даву — князя Экмюля, Массена — князя Эсслингенского. Макдональд, Мармон и Удино получили звание маршала.
Наполеону повезло: эрцгерцог Карл, при выдающихся военных способностях не отличавшийся твердостью характера, был склонен также прекратить войну. К том у же и на второстепенных участках боевые действия не принесли успеха австрийцам. Не оправдались надежды на организованные антифранцузские восстания. Австрийцы были изгнаны из Великого герцогства Варшавского войсками Понятовского. Высадка британцев в Голландии и Бельгии была неудачной. Император Франц понял, что продолжение войны погубит Австрию и 10 июля запросил перемирия.
14 октября 1809 года Австрия и Франция заключили Шенбруннский мирный договор. Наполеоновское владычество в Европе было восстановлено. Австрия уступила 32 000 кв. миль с 3,54 миллионами жителей Франции и ее союзникам. Она согласилась присоединиться к континентальной блокаде. В Европе воцарился непрочный мир.
Эта война вновь показала преимущества военной организации, военного искусства Франции. Маневренными действиями Наполеону удалось нейтрализовать стратегические замыслы противника, навязать ему генеральное сражение, в котором он, как и раньше, сумел создать превосходство в силах на главном направлении. Однако выявились и слабости французской армии, главным образом невысокие морально-боевые качества солдатских масс, набранных из зависимых государств и не заинтересованных в борьбе за чужие интересы. В то же время австрийская армия, воодушевленная идеями борьбы за национальную независимость, оказала упорное сопротивление противнику.
В войне 1809 года Наполеон остался победителем и заключил выгодный мир. Несколько пошатнувшийся престиж французского полководца еще был высок, но ослабление наступательной энергии французов параллельно с повышением боевых качеств австрийцев лишило его крупных успехов. Теперь в наполеоновской армии насчитывалось множество солдат, не имевших опыта предшествующих войн. К тому же в его армии много частей были сформированы из солдат других европейских национальностей, чуждых духу наполеоновских войск. В то же время австрийская армия в борьбе за национальную независимость мужественно оборонялась, оказывая упорное сопротивление врагу. При этом при Ваграме австрийцы успешно применяли заимствованный у французов боевой порядок и лишали противника его прежних тактических преимуществ.
Австро-французская война 1809 года, закончившаяся в конечном счете успешно для Наполеона, стала переломной в его полководческой практике. С одной стороны, он — на вершине славы, он — хозяин Европы. Но с другой — он уже и враг всей Европы, ее поработитель. Французский император еще выиграет немало сражений, но эта выигранная им война станет последней.