• Паралогия: гомологичные гены, эволюционировавшие путем дупликации.
• Ксенология: гомологичные гены, имитирующие ортологи, но образовавшиеся в результате горизонтального переноса гена из другой ветви.
• Паралогия, внутренняя и внешняя: паралогичные гены, возникшие в результате видоспецифической дупликации после (внутренняя) или до (внешняя) определенного события видообразования.
• Со-ортология: внутренне-паралогичные гены, совокупно ортологичные по отношению к генам другой ветви (из-за их общего происхождения в ходе видообразования).
• Ортологичная группа (КОГ): совокупность всех потомков данного предкового гена.
Изначально не вполне складная аббревиатура КОГ относилась к кластерам ортологичных групп (белков), чтобы обозначать соортологичные связи, вызванные дупликацией генов (см. табл. 3-1; Tatusov et al., 1997). Сейчас я предпочитаю расшифровывать КОГ просто как кластеры ортологичных генов, однако само по себе это сокращение остается чрезвычайно удобным для обозначения фундаментального свойства таких кластеров. Эта трехбуквенная аббревиатура широко используется в литературе, и я использую ее в данной книге в качестве сокращенного названия наборов ортологичных генов. Обычно каждый секвенированный геном более чем на 70 процентов состоит из генов, относящихся к КОГ (см. рис. 3-4). В эволюции генома, к которой мы обращаемся в этой книге неоднократно, эта величина представляется важной. Таким образом, существенное большинство генов в каждом геноме весьма консервативно, то есть представлено ортологами во многих далеко отстоящих друг от друга организмах.
Мультидоменные белки и сложность связей ортологов
В этой главе основной упор делается на рассмотрении взаимосвязи между стабильностью и изменчивостью в ходе эволюции. В настоящем разделе мы сосредоточим внимание на отдельных элементах белковой структуры, доменах и мультидоменной организации многих белков (Doolittle, 1995). Таким образом, мы заглянем по другую сторону генной эволюции, которая противостоит стабильности ортологичных линий, отмеченной ранее, и дополняет ее. Домен — центральное понятие в исследовании белков, и определение ему можно дать по меньшей мере на двух уровнях. По первому определению, домены представляют собой компактные элементы белковой структуры с характерными размерами около ста аминокислотных остатков. В этой главе нас интересуют родственные связи геномов, в частности ортология, поэтому необходимости рассматривать структурные элементы нет. Второе определение доменов относится к компактным единицам эволюции, которые могут охватывать один или несколько структурных элементов; здесь нас интересуют именно такие эволюционные домены.
Рис. 3-4. Уровень покрытия КОГ в геномах архей и бактерий. Полные наборы белков в 20 отобранных геномах бактерий (показаны черным) и 10 геномах архей (показаны серым), отнесенные к КОГ (Tatusov et al., 2003). Применялся метод COGNITOR (Makarova et al., 2007b)
Рис. 3-5. Разнообразие мультидоменной архитектуры гомологичных белков. На схеме сравнивается доменная архитектура двух паралогичных наборов древних и функционально незаменимых для всех организмов ортологичных белков: тирозил-тРНК синтетазы (TyrRS) и триптофанил-тРНК синтетазы (TrpRS). Каждый домен обозначен своей собственной геометрической формой (по Wolf et al., 1999a).
Мультидоменные белки обнаружены у всех форм жизни, но особенно характерны для сложных многоклеточных эукариот (Koonin et al., 2000a; Koonin et al., 2000b). Доменная архитектура этих белков демонстрирует различную степень эволюционной пластичности. Изменчивость особенно выражена у белковых архитектур, включающих так называемые «неразборчивые домены» (promiscuous domains), имеющие склонность к слиянию с разнообразными другими доменами (Basu et al., 2009). Разнообразная мультидоменная архитектура белков запутывает понятие ортологии. Считается, что в ходе долгой эволюции ортологичные гены сохраняют свою уникальность, в том числе функциональную (имеют одну и ту же эволюционную историю). Однако это правило нарушается в тех случаях, когда гены, казалось бы подпадающие под определение ортологии (см. табл. 3-1), меняют доменную архитектуру (см. рис. 3-5): в этих случаях лишь части соответствующих белков в разных организмах имеют одну и ту же эволюционную историю и выполняют одни и те же функции (хотя второе и не может быть гарантировано, поскольку взаимодействие доменов вполне может иметь существенные функциональные последствия).
Контраст между эволюционной пластичностью генома и стабильностью индивидуальных генов
Мы видели, что большинство генов в каждом геноме весьма консервативно: гомологи этих генов — чаще всего легко определяемые ортологи — обнаружены у организмов, эволюционно далеких друг от друга. Тем не менее эта поразительная эволюционная устойчивость генов — лишь одна сторона медали сравнительной геномики. Другая же, оборотная сторона — это «текучесть» генного набора и архитектуры геномов всех форм жизни. Геномы прокариот особенно подвержены изменчивости. Наглядным примером этого является сравнение различных штаммов классической модели бактерий, лабораторного штамма K12 и нескольких патогенных штаммов кишечной палочки Escherichia coli (Perna et al., 2001). Последовательности ортологичных генов у этих бактерий почти одинаковы, однако некоторые патогенные штаммы имеют на 30 процентов больше генов, чем штамм K12, и генные наборы патогенных штаммов радикально различаются. Неизбежно возникает заключение, что «лишние» гены, формирующие так называемые островки патогенности, одними штаммами были приобретены, а другими утеряны (в гл. 5 мы еще вернемся к этой теме).
В более общем плане можно измерить дистанцию между геномами, сравнив, с одной стороны, последовательности консервативных генов-маркеров, таких как рРНК или рибосомных (р) белков, а с другой стороны, исследовав ту часть генов, что формирует легко узнаваемые пары совпадающих ортологов (см. табл. 3-1). В отличие от постепенного, относительно медленного изменения нуклеотидной последовательности генов, наблюдается резкое несовпадение генных наборов (см. рис. 3-6). Заметим, что нет никакого противоречия между этим наблюдением и выводом о том, что для значительного большинства генов в геноме бактерии или археи имеются ортологи в некоторых эволюционно удаленных от них организмах. Здесь слово некоторых ключевое, поскольку у многих генов в любом геноме разное эволюционное происхождение и разная история, и потому их ближайшие родственники могут быть обнаружены в разных таксонах (см. гл. 5). Дистанцию между геномами, определяемую как доля общих (ортологичных) генов, можно использовать для описания «геномной вселенной», рассматриваемой далее в этой главе, а также для построения особого рода дерева эволюции (см. гл. 5).
