Рис. 28. Генетическая структура четырех человеческих HOX-кластеров. Каждая горизонтальная линия обозначает непрерывную область хромосомы. Каждая ячейка с номером – ген HOX (например, ячейка 1 кластера HOXA – HOXA1 и т. д.)
Генные HOX-кластеры начинают проявлять активность в структурировании организма уже во время гаструляции. На каждом участке оси от шейного отдела к поясничному эта активность проявляется незадолго до образования сомитов. В то время как клетки в ходе гаструляции продвигаются через узелок, активируются гены с левого конца HOX-кластеров («левый» на рис. 28). Процесс начинается с будущего шейного к поясничному отделу. Позже, когда клетки, направленные на формирование задней части тела, вовлекаются в гаструляцию, активируются и гены, расположенные правее в HOX-кластерах. Еще через некоторое время, когда гаструляция продвинется дальше по оси «голова – хвост», активизируются гены, изображенные на рис. 28 правее. В каждом случае клетки «запоминают» набор HOX-генов, которые они «подключили», как только появились из узелка. Они в течение долгого промежутка времени поддерживают активность этих генов. Возможно, не стоило так упрощать, но в данном случае это даже полезно.
Таким образом, клетки, которые проходят стадию гаструляции раньше, «включают» HOX-гены слева (см. рис. 28). Клетки, подвергшиеся гаструляции позже, активируют HOX-гены справа. Как это можно контролировать? Есть способы. Можно направить процесс активации потенциальных генов направо через кластеры HOX-генов. Клетки в это время ожидают гаструляции. Согласно этой идее, когда клетка ныряет через узелок, чтобы гаструляция произошла, она на самом деле активирует экспрессию множества HOX-генов, которые потенциально могут быть задействованы в нужный момент. Она помнит этот набор. Клетки, которые гаструлируют позже, находятся дальше от будущей головы эмбриона, экспрессируют набор генов дальше вправо (см. рис. 28). Так волна активации потенциальных генов будет иметь больше времени для продвижения направо через кластер. По этому механизму, порядок генов в HOX-кластерах на молекулярном уровне транслируется на порядок экспрессии генов HOX на эмбриональном уровне. А эмбрион уже достиг миллиметрового диапазона. Это один из немногих примеров взаимосвязи генетической и эмбриональной структуры.
Прежде чем изучать последствия экспрессии генов на разных уровнях оси «голова – хвост», стоит потратить немного времени, чтобы выяснить, как волна активации потенциальных генов в первую очередь проходит через HOX-кластеры. Детали этого процесса до сих пор тщательно исследуются, но общая схема механизма, кажется, начинает вырисовываться сквозь дымку множества экспериментальных результатов. В хромосомах ДНК может быть довольно компактно упакована среди белков. Это полезно для экономии пространства, но при этом гены недоступны для транскрипции. Принципиально ДНК может быть и в свободной, легко доступной форме. Большую часть времени многие участки хромосом плотно упакованы, а более свободные «петли» ДНК выходят за их пределы. Некоторые участки упакованы плотно. Некоторые никогда не были так упакованы. Некоторые из них могут быть в любом состоянии, в зависимости от присутствия того или иного ДНК-связывающего белка. Последние данные, полученные в ходе экспериментов над мышиными эмбрионами, позволяют предположить, что по крайней мере один из hoх-кластеров,
[94] hoxb, может быть в любом из обозначенных состояний.
Перед активацией hoxb-генов кластер в компактном состоянии. Из всех генов hoxb-кластера самый правый ген (hoxb13) «похоронен» в глубине компактного клубка. hoxb1 наиболее доступен, будучи в начале компактной зоны. Экспрессия генов hoxb зависит от освобождения из этой «компактной тюрьмы». Это может случиться, если специфичные последовательности ДНК-связывающих белков присоединятся к ДНК с наиболее доступного конца и «перепрограммируют» упаковочные белки, так чтобы они позволили ДНК принять более свободную, петлеобразную форму. Эти ДНК-связывающие белки активируются ретиноевой кислотой. Эффект ретиноевой кислоты на hoxb-кластер настолько мощный, что его можно разглядеть даже в мышиных СКЭ, выращенных в простой чашке Петри.
[95] Если постепенно добавить туда небольшое количество ретиноевой кислоты, «спрессованный» hoxb-кластер начинает ослабевать с конца. Так что hoxb1, hoxb2, hoxb3 и так далее будут доступны для транскрипции (рис. 29). Все это требует времени, что не удивительно, учитывая, что в ДНК hoxb-кластера около 150 000 оснований. Освобождение HOXb гена – постепенный процесс. Необходимо осуществлять контроль над порядком их «укладки» в кластере. Вероятно, то же самое верно
[96] для hoxa-, с – и d-кластеров мыши и, по аналогии, для всех кластеров HOX человека.
Получение петли из hoxb-кластера также наблюдается в эмбрионе мыши. Скорость «разматывания» и волны активации генов совпадают с той скоростью, с которой гаструляция распространяется по направлению к «хвосту».
[97] Таким образом, можно смело надеяться на то, что описанный выше механизм верен, хотя мы уже знаем, что его сопровождает огромное количество дополнительных сложностей. Необходимо убедиться, что клетки «запоминают» те гены для экспрессии, и это должно быть согласовано с соседними клетками. При этом отключаются гены слева, а те, что справа, подвергаются экспрессии. Тщательная систематизация всего этого процесса может стать делом жизни многих исследователей.
Человеческие HOX-гены (как и мышиные hox-гены) очень важны, поскольку существует связь между набором HOX-генов, экспрессированных сомитом, и типом будущего позвонка.
[98] Например, третий, четвертый и пятый позвонки шейного отдела очень похожи: образовавшие их клетки экспрессируют тот же набор генов. Следующие два позвонка от них отличаются, и их клетки уже экспрессируют другие наборы HOX-генов.
Рис. 29. Постепенное изменение структуры HOX-кластера, от компактной до более рыхлой, высвобождает большее количество генов для транскрипции в том порядке, в котором они расположены в кластере
