Вместе с британской эскадрой 7–8 ноября 1805 г. Грейг высадил десант в Неаполе, но под давлением превосходящих сил французов после непродолжительного его захвата вынужден был десант снять. По возвращении на Корфу он поступил под командование вице-адмирала Дмитрия Николаевича Сенявина, прибывшего с новыми силами из России. 27 декабря 1805 г. А. С. Грейга Высочайше произвели в контр-адмиралы.
В 1806 г. с целью поддержки Наполеона выступила Турция, объявившая войну России. Вступили в боевые действия и русские силы на Средиземном море. Сенявин отправился с флотом к устью Дарданелл, поручив Грейгу взять Тенедос, остров у входа в пролив. 8 марта 1807 г. лично возглавив атаку, контр-адмирал овладел островом, на котором заложил базу Русского флота. Турецкий флот вышел из Дарданелл, чтобы вернуть Тенедос и ликвидировать блокаду, нарушавшую снабжение Константинополя продовольствием. 10 мая произошло сражение между турецким флотом и кораблями контр-адмирала Грейга; после жаркого боя турецкие корабли ушли под прикрытие береговых батарей. А 11 мая Грейгом был получен приказ атаковать противника, после чего русский адмирал загнал три турецких корабля на мель, а затем высадил десант и овладел Лемносом. 19 июня 1807 г. турецкая эскадра вновь встретилась с русской эскадрой, но потерпела поражение. Оставшиеся корабли выбросились на мель и турки их сожгли, высадив перед тем экипажи на берег.
Этот эпизод лишь на первый взгляд кажется незначительным в истории Русского флота. Но именно адмиралы Д. Н. Сенявин и А. С. Грейг заложили условия для успешного завершения дипломатических переговоров, и тем самым обеспечили прочность Русского престола на Средиземном море через заключение 25 июня (7 июля) 1807 г. Тильзитского мира, установившего тесные связи Александра I с Наполеоном.
После этих событий Алексея Сэмюэлевича отозвали в Россию, где он был награжден орденом Св. Анны 1-й ст. Однако из-за союза с Наполеоном Россия оказалась в состоянии войны с Великобританией. Выходцев с британского флота, в том числе и шотландца по происхождению А. С. Грейга, хоть и родившегося в Кронштадте, выслали для прохождения службы подальше от северной столицы – в Москву. Хотя из нашего времени это звучит наивно…
Любопытно будет привести здесь короткий отрывок из анонимной записки, посланной Наполеону в Испанию 9 декабря 1808 г. (на франц. языке) под названием «Сжатое изложение общего положения дел в Европе в конце 1808 г.»; высказывается предположение, что она была написана чиновником французского министерства иностранных дел. Автор записки утверждает: «Союз Англии и России с каждым днем становится все менее тесным. Царь Александр, верный союзник Его Императорского Величества Наполеона, все время проявляет самые великодушные и благородные намерения относительно всеобщего мира и свободы морей, но кабинет этого монарха, по-видимому, получает инструкции из Лондона… В результате российский монарх подвергается большим опасностям. Он может в определенный момент стать жертвой благих намерений, если английское министерство сочтет необходимым произвести в Санкт-Петербурге кровавую революцию (выделено мной. – Авт.), подобную тем, какие не раз происходили в России за последние полвека. Самые влиятельные члены правящего Сената, дворянства, торговых палат связаны с Англией… Франко-русский союз – фальшивый, противоестественный союз, противоречащий прямым интересам тюильрийского кабинета, ибо французское влияние в Швеции, Дании, Польше и Турции имеет и будет всегда иметь первостепенное значении для тюильрийского кабинета; однако это влияние ослаблено и находится на грани полного уничтожения в связи с тем, что Россия приобретает все большую власть над Севером и Востоком Европы.» Автор предупреждает своего патрона, что Россия становится столь могущественной, что ей отдается право быть вершителем судеб континента. («Внешняя политика России XIX и начала XX века. Документы Российского министерства иностранных дел». Серия I, т. IV, М., 1965, с. 686–687) Добавлю только, что самые великодушные и благородные намерения относительно всеобщего мира проявлял впоследствии и Император Николай II… однако понадобится еще немногим более 100 лет, чтобы английская Группа и американский Орден добились своей гнусной цели: разрушения Российской Империи и Российской государственности, как одного из самых уникальных мироустройств на планете; вершителями судеб хотели стать другие (но разговор об этом пойдет ниже)…
До начала вторжения армии Наполеона в Россию Грейг занимался наукой; а уже в 1812 г. контр-адмирал выполнял дипломатическую миссию по поручению Министерства иностранных дел Империи. Вот цитата из письма посланника в Константинополе А. Я. Италинского главнокомандующему Дунайской армией П. В. Чичагову от 5 (17) июля 1812 г.: «Г-н адмирал, английский посол г-н Листон прибыл в Константинополь 16 (28) июня… Уже то, что сказал мне г-н Листон в Силиври, уменьшило у меня имевшуюся надежду на открытую поддержку с его стороны, а его последнее послание, так же как и беседа г-на Грейга с этим послом, о которой этот адмирал не преминет сообщать вашему превосходительству, позволили мне составить еще более ясное представление о том, чего мне следует ожидать от него…». Это письмо на французском языке (оригинал) и на русском (перевод) приводится в книге «Внешняя политика России XIX и начала XX века. Документы Российского министерства иностранных дел», серия I, т. VI, М., 1962, с. 479–484. Там же говорится, что контр-адмирал А. С. Грейг был послан в Сицилию с целью выяснить у командующего английскими военно-морскими силами на Средиземном море адмирала Бентика, сможет ли Англия оказать России поддержку в проведении предполагаемой русской операции в Далмации и если сможет, то какими силами. Приведена ссылка: о миссии Грейга в Сицилию см. его письма графу С. Р. Воронцову, опубл. Арх. Воронцова, кн. XIX, с. 450–464. А, к примеру, в декабре 1812 г. через контр-адмирала Грейга, спешащего в С.-Петербург с секретными сообщениями, посол в Лондоне граф Х. А. Ливен отправляет министру иностранных дел Н. П. Румянцову депешу, где речь идет о международных делах, в частности, о привлечении наследного принца Швеции к прямому участию в борьбе на континенте.
Суть дипломатии Алексея Сэмюэлевича заключалась в том, что он, непосредственный участник недавних экспедиционных походов в Средиземном море, хорошо представлял себе складывающуюся там ситуацию. Он осуществил ряд миссий (которые можно назвать и дипломатическими и разведывательными) в Константинополь, на Мальту и Сицилию, и после переговоров пришел к выводу, что ожидать каких-либо нежелательных ходов со стороны средиземноморских стран в ближайшее время не следует. Практика будущего это подтвердила.
2 марта 1816 г. вице-адмирала А. С. Грейга назначили главным командиром Черноморского флота и портов, а также военным губернатором Николаева и Севастополя.
Это был тот период, когда флот Черного моря, созданный Екатериной II по завету Петра Великого, действительно стал форпостом на юге и центром международного сотрудничества Российской Империи с причерноморскими государствами – средоточием христианских и мусульманских культур.
Именно благодаря Грейгу были созданы Черноморское адмиралтейство (впоследствии, после смерти адмирала в 1845 г., по повелению Императора Николая I стало называться «Черноморское адмиралтейство имени адмирала Грейга», сие название просуществовало до 1917 года!), Артиллерийское управление, усовершенствована работа Депо карт, из Санкт-Петербурга в Николаев был переведен архив флота. А в 1826 г. этот флотоводец впервые в практике России создал штаб флота для организации боевой подготовки и разработки планов действия в военное время; первым начальником штаба был назначен контр-адмирал В. И. Мелихов. Опираясь на созданный штаб и подготовленных помощников, адмирал за несколько лет преобразовал все отрасли флота, которые стали служить основой для совершенствования других флотских объединений, в том числе и Балтийского флота.