Веспуччи назвал его Рио-дс-Жанейро, в переводе с португальского означавшее «Январский залив» — в ту эпоху слово «рио» употреблялось и в значении «залив», и в смысле «река».
Поскольку в течение почти 25 лет после открытия новой громадной земли в ней не было обнаружено никаких ценных металлов и всё внимание Португалии было сосредоточено на невероятно выгодной торговле с Индией и Молуккскими островами, сё европейские соперники, особенно французы, а затем и голландцы решили быстро воспользоваться такой нерадивостью португальцев в земле Вера-Крус. Быстроходные французские корсары начали очень активно и вначале совершенно беспрепятственно вывозить оттуда ценное красильное дерево под названием «пау-бразил». Вырубка и вывоз дерева бразил быстро приобрели характер широких коммерческих операций, а само название столь популярного тогда тропического продукта довольно скоро стало ассоциироваться с названием страны его происхождения, которое постепенно вытеснило из общего употребления старое Вера-Крус в пользу звучного и экзотического Бразил, произносившегося в разных языках с некоторыми вариантами.
Самую активную эксплуатацию красильного дерева сначала стали вссти французы, которые предприняли очень серьёзные усилия основать в Бразилии постоянную колонию. Инициатором этого дела выступил французский авантюрист и искатель приключений Николя де Вильганён. Приняв протестантство, он заручился поддержкой очень влиятельного государственного деятеля Франции и главы гугенотов адмирала Колиньи, а также женевского вождя протестантов Кальвина. Вильганён заверил их, что новая колония в Бразилии станет убежищем для всех гугенотов и других протестантов. Кстати сказать, слово гугенот происходит от немецкого «Eidegenossen», что означает «товарищи по клятве» — именно так немецкие протестанты, которые начали это религиозное движете в качестве протеста против католической церкви, стали называть своих единомышленников во Франции и во франкоговорящей Швейцарии. Во французском языке это немецкое слово произносилось на свой лад, что и выразилось в его знакомых нам югенотах (на французском) и гугенотах (в русском).
В 1555 году французский король Генрих II дал разрешение на основание в Бразилии колонии, которая получила название Франс-Антарктик. Её местом был выбран сказочный по красоте залив Гуанабара, который португальцы, имевшие к этому времени уже несколько своих поселений по побережью, почему-то обошли своим вниманием. Для большей безопасности французы решили для начала обосноваться на одном из островов этой необыкновенной пейзажной бухты, на берегах которой жили довольно мирные индейцы племени тупибамба. Кстати сказать, именно с тупибамба были сделаны обошедшие тогда всю Европу самые первые рисунки и портреты коренных жителей Нового Света. Между новыми поселенцами и их местными соседями сложились дружественные отношения. Некоторые из французов, ещё ранее приплывшие туда за деревом бразил, остались жить среди тупибамба, обзавелись семьями, женясь на местных девушках, и научились свободно говорить на их языке. При прибытии новых колонистов эти французы оказали большое содействие своим соотечественникам в налаживании жизни в незнакомой земле и хороших отношений с тупибамба.
Французская колония протестантов стала расти и набирать силу, привлекая новых единомышленников в свои ряды. Однако через несколько лет её основатель Вильганён неожиданно вернулся в католицизм и стал заставлять остальных протестантов последовать его примеру. В колонии начались бунты и протесты, которые вели к её распаду. Слухи об этих тревожных событиях во Франс-Антарктик вскоре дошли до Европы и заставили новых кандидатов в сё поселенцы отказаться от планов переселения. Некоторые из протестантов, не выдерживая силовых действий Вильганёна, спали покидать Рио-де-Жанейро и уезжать в Швейцарию и Францию. Тем самым был положен конец потенциально широкой миграции населения из этих стран в Бразилию.
К этому же времени католическая Португалия вдруг осознала ту немалую угрозу со стороны Франции и протестантизма, которая возникла непосредственно в одном из помещений её собственного дома. Чтобы положить конец таким посягательствам на её владения и религию, португальцы собрали крупные силы под командованием генерал-губернатора Бразилии Мем де Са и, блокировав доступ в гавань Рио, заставили французский гарнизон сложить оружие. Для предотвращения возможных нападений или проникновения в эти места со стороны других государств Мем де Са основал на побережье залива город, который он назвал Рио-де-Жанейро.
Другим серьёзным претендентом на владения Лиссабона в Бразилии были голландцы. В течение 60 лет (с 1580 по 1640 год) Португалия входила в состав испанской империи, то есть в этот период хозяином Бразилии была Испания, враги которой неоднократно предпринимали попытки обосноваться на этой громадной и в силу данного обстоятельства уязвимой территории бывшей колонии Португалии. Одним из них была Голландия, которая совсем недавно смогла освободиться от испанского гнёта и стала независимым государством. В 1624–1625 годах голландцам удалось захватить и некоторое время удерживать Баийю на северо-востоке Бразилии. В 1630 году голландская Вест-индийская компания снарядила целую флотилию, которая успешно захватила Пернамбуку — столицу богатого края сахарных плантаций к северу от Баийи. Под руководством назначенного компанией на пост губернатора талантливого организатора графа Мориса Нассау-Зигена её бразильская колония превратилась в процветающую землю экономических и религиозных свобод. Там велись крупные общественные работы на благо всего населения, туда приглашались известные художники и учёные из Европы для популяризации знаний о богатствах и красотах Бразилии, там осуществлялась кампания примирения между португальскими и голландскими поселенцами. Однако алчность руководителей Вест-Индийской компании побудила их не оказывать поддержку столь прогрессивным начинаниям первого губернатора, что привело к его отставке в 1644 году. При последующих губернаторах положение в Пернамбуку стало ухудшаться, португальские плантаторы окружающих земель, почувствовав слабость его новых правителей, стали поднимать против голландцев восстания, которые закончились их изгнанием в 1654 году. В 1661 году Голландия полностью отказалась от своих претензий на Бразилию.
Несмотря на то, что западная граница Бразилии как португальского владения была ограничена по договору Тордссильяс между Мадридом и Лиссабоном вертикальной линией на расстоянии 370 лиг к западу от островов Зелёного Мыса, огромное расширение её территории на запад далеко за пределы этого договорного меридиана явилось самым разительным событием становления этой новой страны в колониальный период. На северо-востоке такую экспансию начали проводить крупные местные скотоводы и плантаторы, искавшие новые пастбища и плантации для своего скота и сахарного тростника. На севере колонии территориальное наступление активно вели миссионеры, которые в стремлении как можно раньше обратить в христианство как можно большее число индейцев уже в XVII веке основали немало миссий в районе центрального течения Амазонки. Однако самыми энергичными и дерзновенными собирателями новых территорий и проводниками португальской экспансии на Запад стали жители города Сан-Паулу и прилежащих к нему земель, получивших общее название паулистов. Для захвата новых рабов среди индейцев, а также в поисках золота, алмазов и других драгоценных камней паулисты организовывали большие экспедиции в глубь страны, известные как «бандейрас». Именно эти группы авантюристов, нередко объединявшие большие семьи, составляли целые миграционные потоки в неосвоенные новые западные земли, которые длились годами. Некоторые из них доходили до плохо контролируемых испанских владений в Перу и в Колумбии, в том числе до богатых перуанских приисков серебра и самой Боготы. В XVII веке эти отважные пионеры обследовали огромную территорию Мату-Гроссу, примыкавшую к Андийскому хребту, вели успешные наступления на пограничные области сегодняшних Аргентины, Парагвая и Бразилии, встретив серьёзное сопротивление со стороны индейцев и их покровителей иезуитов лишь в районе Ла-Платы.
