Члены революционных партий, ратовавших за смену государственного устройства, попав в Государственную думу продолжали заниматься антигосударственной деятельностью, о чем вскоре стало известно полиции, руководителем которой являлся Столыпин. 7 мая 1907 года он обнародовал в Думе «Правительственное сообщение о заговоре», обнаруженном в столице и ставившем своей целью совершение террористических актов против императора, великого князя Николая Николаевича и против него самого.
Правительство предъявило Думе ультиматум, требуя снять депутатскую неприкосновенность с предполагаемых участников заговора, предоставив Думе кратчайший срок для ответа. После того, как Дума не согласилась на условия правительства немедленно и перешла к процедуре обсуждения требований, царь, не дожидаясь окончательного ответа, 3 июня распустил Думу. Акт 3 июня формально нарушал «Манифеста 17 октября» и Основные законы 1906 года, в связи с чем противниками правительства был назван «Третьеиюньским государственным переворотом».
Следующим шагом, который предпринял Столыпин для нормализации политической жизни в стране, стало изменение избирательной системы. Взаимоотношения Столыпина с III Думой представляли собой сложный взаимный компромисс, который позволил правительству под руководством П. А. Столыпина укротить революцию и заняться проведению реформ.
Во время революционных событий 1905–1907 годов были осуществлены десятки тысяч террористических актов, в результате которых погибло более 9 тысяч человек. Столыпин лично столкнулся с актами революционного террора. В него стреляли, бросали бомбу, направляли в грудь револьвер, революционеры приговорили к смерти путем отравления единственного сына Столыпина, которому было всего 2 года.
Среди погибших и пострадавших от революционного террора были родные, друзья и ближайшие знакомые Столыпина. И во многих случаях убийцам удалось избежать смертной казни вследствие судебных проволочек, адвокатских уловок и гуманности общества.
19 августа 1906 года был принят «Закон о военно-полевых судах». Он предусматривал отдавать преступников под суд в течение суток после акта убийства или вооруженного ограбления. Рассмотрение дела в суде — не более двух суток, приговоры утверждаются командующими военными округами и выполняются в течение 24 часов.
Закон о военно-полевых судах не был внесен правительством на утверждение в III Думу и автоматически потерял силу 20 апреля 1907 года. В итоге, вследствие принятых мер, революционный террор был подавлен, перестал носить массовый характер, проявляясь лишь единичными спорадическими актами насилия. Государственный порядок в стране был восстановлен.
Разгром революционного движения позволили П. А. Столыпину приступить к реализации своей основной реформы — аграрной. Началом реформы явился указ от 9 ноября 1906 года «О дополнении некоторых постановлений действующего закона, касающихся крестьянского землевладения и землепользования». Указом был провозглашен широкий комплекс мер по разрушению коллективного землевладения сельского общества и созданию класса крестьян — полноправных собственников земли.
П. А. Столыпин со своим семейством на террасе Елагинского Дворца (1907 г.)
Особое значение Столыпин уделял восточной части Российской империи. Политика Столыпина относительно Сибири состояла в поощрении переселения на ее незаселенные просторы крестьян из европейской части России. Это переселение было частью аграрной реформы.
Со второй половины 1909 года наступило время думского затишья. Наладившаяся в ней работа не вызывала более необходимости выступлений Председателя Совета Министров. Общее успокоение страны требовало тоже меньшей затраты его сил. Свою кипучую энергию Столыпин мог поэтому еще с большей силой направить на созидательную деятельность. Наибольшее его внимание было, как и раньше, обращено на реализацию закона о землеустройстве. К этому времени относятся его поездки по разным местностям России для ознакомления с землеустроительными работами и осмотра новых отрубных и хуторных хозяйств; поездка в Сибирь на Амурскую дорогу и поездки в Полтаву и Киев. За это же время он принимал участие во многих мелких делах. Так, он принял участие в борьбе с холерой, в работах по водоснабжению г. Петербурга и т. п.
П. А. Столыпин осматривает хуторские огороды близ Москвы (апрель 1910 года)
Столыпин почти не имел личной жизни и личных интересов; всю свою энергию, всю удивительную свою трудоспособность он вкладывал в каждое дело, которое считал долгом исполнить и довести до конца. Отдыха он не знал, только летом на самое короткое время уезжал в деревню в свое имение, но и там он продолжал работать, не выпуская нитей государственного строительства и управления из своих рук. Только раз за 1906–1911 гг., заболев крупозным воспалением легких, позволил себе двухмесячную поездку в Крым. Обычно он работал с раннего утра до поздней ночи, не признавая утомления. Вставал очень рано, в начале восьмого был уже на прогулке; вернувшись в кабинет, принимался за просмотр текущих дел, делал пометки, подготовлял поручения подчиненным и пробегал газеты, делая внимательно отметки. С половины десятого начинались доклады и приемы высших чинов, лиц явившихся по посторонним делам, членов Думы и Государственного Совета. Промежутки между приемами заполнялись чтением книг, посвященных вопросам государственного права. Значительную часть времени он должен был заседать в Совете Министров и на совещаниях по важнейшим текущим делам и делам законодательства. Заседания эти нередко затягивались до утра. При таком обилии общегосударственных забот Столыпин умудрялся находить время и для менее важных вопросов; так, известны случаи, когда он ночью лично посещал ночлежки, приюты и знакомился с жизнью наиболее бедствующей части населения столицы.
Столыпин выходит из склада сельскохозяйственных хуторских машин близ Москвы (август 1910 года)
Столыпин поставил себе за правило не вмешиваться в иностранную политику. Однако во время Боснийского кризиса 1909 года понадобилось прямое вмешательство премьер-министра. Кризис угрожал перерасти в войну с участием балканских государств, Австро-Венгерской, Германской и Российской империй. Позиция премьер-министра заключалась в том, что страна к войне не готова, и военного конфликта следует избежать любыми способами. В конечном итоге, кризис завершился моральным поражением России. После описываемых событий Столыпин настоял на увольнении министра иностранных дел Извольского.
В 1909 году начали портиться отношения между Николаем II и П. А. Столыпиным.
