Всю войну Кузнецов был бессменным главкомом советского Военно-морского флота и членом Ставки ВГК. Около 20 раз он выезжал на флоты и в штабы фронтов, руководя операциями ВМФ и координируя их с действиями сухопутных войск. Наиболее напряженно ему приходилось работать при подготовке и проведении ряда десантных операций: Керченско-Феодосийской, Новороссийской, Керченско-Эльтингенской, Петсамо-Киркинесской и др. Постоянно изучал опыт боевого применения кораблей и оперативно доводил его до флотских командиров. Много сделал для взаимодействия сил флота и армии в осуществлении как оборонительных, так и наступательных операций.
Н. Г. Кузнецов вспоминал:
У меня, молодого тогда наркома ВМФ, были такие же молодые командующие, как и я сам, не имеющие боевого опыта, но все с полным напряжением сил готовили подчиненные им флоты к войне. «Борьба за первый залп» – так можно охарактеризовать предвоенные два года – 1939-й и 1940-й. В чем суть этого лозунга? Опасность внезапного нападения – к чему было достаточно оснований – на флоте сознавали все и поэтому проводили сотни учений по быстрому повышению готовности на случай неожиданной войны. Оглядываясь назад, вижу немало ошибок и недоделок со своей стороны, но задним числом всегда видится больше и лучше…
Атака морского немецкого конвоя русскими торпедными катерами. Балтийское море, август 1944 г. Художник А. К. Соколов.
В феврале 1944 г. Н. Г. Кузнецову первому в СССР было присвоено высшее воинское звание на флоте – адмирал флота, и он единственный носил погоны с четырьмя звездами, а 31 мая 1944 г. – звание Адмирал флота с маршальскими звездами на погонах, приравненное к званию маршала Советского Союза.
В ходе войны с Японией в 1945 г. Н. Г. Кузнецов руководил действиями Тихоокеанского флота и Амурской военной флотилии, находясь непосредственно в ставке Вооруженных сил Дальнего Востока, координировал действия флота с сухопутными войсками при проведении десантирования на Сахалин, Курильские острова и порты Северной Кореи. После разгрома Японии Кузнецов был удостоен звания Героя Советского Союза.
Кузнецов был одним из инициаторов создания нахимовских училищ и школ.
В 1945 г. участвовал в Крымской и Берлинской конференциях лидеров «большой тройки» – СССР, США и Великобритании. В Крыму ему пришлось решать вопросы, связанные с совместными действиями союзников в Европе, на Дальнем Востоке, военно-морскими поставками по ленд-лизу, выполнять ответственные поручения Ставки по организации и обеспечению приема и безопасности кораблей и самолетов союзных делегаций. Во время Потсдамской конференции Кузнецов участвовал в решении вопроса о разделе между союзниками германского флота. В итоге Советский Союз получил 150 боевых и более 420 вспомогательных кораблей.
После окончания войны Н. Г. Кузнецов на основе анализа и обобщения боевого опыта выдвинул план кораблестроения на 1946–1955 гг., в соответствии с которым основными классами боевых кораблей советского флота должны были стать авианосцы (большие и малые), крейсера с 9-дюймовой артиллерией, подводные лодки, эсминцы и т. д. Кроме того, в советском ВМФ в рамках подготовки новой программы судостроения началась большая научная работа по разработке методов защиты от ядерного оружия и исследованию возможностей применения ядерной энергии. Николай Герасимович считал первостепенной задачей создание сбалансированных по родам сил и классам кораблей флота. Однако руководство Наркомата судостроения решительно возражало против строительства авианосцев, поэтому проект плана неоднократно подвергался корректировке. Разногласия касались также продолжения строительства тяжелых крейсеров, против чего категорически возражал Н. Г. Кузнецов. Его мнение, однако, было проигнорировано на самом высоком уровне.
Следует иметь в виду, что в 1946 г. Наркомат ВМФ был упразднен, и Кузнецов стал заместителем министра Вооруженных сил СССР – Главнокомандующим ВМС. «Когда закончилась война, – вспоминал Николай Герасимович, – и встал вопрос о новом плане судостроения, разгорелись споры с представителями Наркомата судостроения, а после моего ухода (с поста наркома ВМФ) они провели у Сталина все свои положения во вред делу. Так, они согласились на постройку тяжелых крейсеров, которые явно после войны были не нужны современному флоту. Так, ввиду трудности постройки были «зарезаны» авианосцы, на которых я настаивал, так, мы долго задержались на старых подлодках. Много, много подобных вопросов было решено после войны явно неправильно и во вред делу только потому, что Сталин, не понимая их, уже никого не слушал и не терпел возражений. Судостроители же (Малышев и Носенко) исходили из интересов своего ведомства, а моряки не были в состоянии доказать свою правоту. В это время особенно отрицательно сказалась неустойчивая позиция Жданова и Булганина, которые не хотели возражать Сталину».
Адмирал флота Н. Г. Кузнецов с 69-летним ветераном русского флота матросом А. Д. Войцеховским. Июль 1946 г.
С именем Н. А. Булганина Николай Герасимович связывал причины обоих пережитых «крутых поворотов» – послевоенных опал, первая из которых произошла при Сталине, вторая – при Хрущеве. «В деле «крутых поворотов» моим злым гением, как в первом случае (отдача под суд), так и во втором (уход в отставку), был Н. А. Булганин…» – писал он. – Некий В. Алферов, чуя обстановку (конъюнктуру), написал доклад, что вот-де у Кузнецова было преклонение перед иностранцами, и привел случай с парашютной торпедой. Подняли все архивы в поисках еще чего-либо более «криминального». Я только удивлялся, как за всю бытность мою во главе Наркомата и в течение всей войны при очень больших связях, которые я вынужден был поддерживать с англичанами, американцами и другими союзниками, и всякого рода взаимных передачах во исполнение определенных директив и личных указаний нашлось так мало или почти ничего сколько-нибудь существенного, что нарушало бы самые строгие нормы поведения. Булганин подхватил это и, воодушевившись, сделал все возможное, чтобы «раздуть кадило». В тех условиях это было нетрудно сделать. Действовали и решали дело не логика, факты или правосудие, а личные мнения. Булганин к тому же мало разбирался в военном деле, хотя и хорошо усвоил полезность слушаться. Он и выполнял все указания, не имея своей государственной позиции. Он был плохой политик, но хороший политикан».
По мнению Николая Герасимовича, успеху затеянных против него интриг послужила личная размолвка со Сталиным, произошедшая в 1946 г. по поводу вопроса о разделении Балтийского флота.
