Разобравшись с неприятным делом клеветнического предательства двух монахов и их сообщников, Кабеса де Вака теперь сам отправляется на открытие и завоевание новых земель в те края, около которых побывали в порядке разведки его передовые отряды. На этот раз он возглавляет целую флотилию в составе десяти бригантин и двадцати лодок в сопровождении 1200 дружественных индейцев. Другую часть экспедиции дон Альваро посылает по суше в том же направлении. Вместо себя он оставляет дело управления провинцией в руках своего заместителя капитана Саласара. Ему же он поручает завершение строительства каравеллы, которую собирается отправить со своими отчетами для короля в Испанию.
Дойдя до пункта Капуа, губернатор решает оставить в нем некоторую часть провианта, которая значительно обременяла мобильность экспедиции. Отсюда под развернутыми парусами облегченные бригантины продолжают путь вдоль берегов Парагвая, останавливаясь по необходимости в разных местах. В них аделантадо встречается с вождями местных племен, устанавливает с ними дружественные отношения, расспрашивает об окружающих их землях и народах. В одном из них, где заканчивалась территория гуарани и начинались владения племен пайягваес, он узнает о проходившем недавно сухопутном отряде его экспедиции и, быстро снявшись с якоря, спешит за ним вдогонку. Буквально на следующий день оба отряда соединяются вместе. Губернатор с удовлетворением узнает, что люди, продвигавшиеся по суше, успешно проделали свой путь и повсеместно были хорошо приняты индейцами, установив с ними хорошие отношения. В том же пункте объединенный отряд губернатора размещается вместе с конницей на бригантинах и продолжает свое проникновение в глубину страны пайягваес Время приближалось к середине октября.
В одном из перевалочных лагерей, который они назвали Канделария, губернатор узнает, что именно в этом месте произошла трагедия с Хуаном де Айоласом и его отрядом по вине не дождавшегося его Доминго Иралы, который, по существу, спровоцировал нападение индейцев пайягваес на оставшегося без защиты преемника Педро Мендосы. Аде- лантадо поставили также в известность о тех злодеяниях и бесчинствах, с которыми проходил в этих землях Ирала, терроризируя местное население в течение нескольких лет, что восстановило индейцев против испанцев. Помимо уничтожения 80 человек вместе с Айолас пайягваес захватили тогда большой груз золота и серебра, который был увезен ими в глубь своей страны и передан их главному вождю. Прослышав о том, что эти сокровища еще находятся на том же месте, дон Альваро посылает нескольких оказавшихся у него в плену пайягваес, подтвердивших слухи о похищенных драгоценностях, к их вождю с предложением забыть старую вражду, установить мир с испанцами и вернуть захваченный ценный груз. Однако ни освобожденные индейцы, ни ушедший с ними переводчик-гуарани не вернулись с новостями в условленные сроки. Тогда губернатор решает продолжить экспедицию дальше.
Во время дальнейшего плавания испанцы открывают новые индейские земли и племена, основывают по велению аделантадо речной порт Пуэрто-де-лос-Рейес, обследуют местность и направляют отряды в разные стороны от берегов реки для выяснения ее особенностей. При этом своими действиями и поведением они стремятся расположить к себе те индейские племена, с которыми вступают в контакт. В середине ноября губернатор сам возглавил одну из передовых партий по изучению новых территорий, которая в течение пяти дней пробиралась по лесам и болотам, не встретив ни одного поселения. Голод и жажда вместе с начавшимся проявлением недовольства его спутников, требовавших возвращения к бригантинам, заставили аделантадо повернуть обратно. Во время одной из ночевок в лагере губернатора укусила в колено ночная птица-вампир, после чего он стал хромать.
В Пуэрто-де-лос-Рейес было слишком мало продовольствия для всего отряда и, оставив в нем небольшую группу добровольцев во главе с капитаном Ромеро, дон Альваро отправился в обратный путь в сторону Асунсьона. Вскоре после его ухода ему в дороге передали сообщение о планах всех местных племен объединиться и разгромить испанцев, оставшихся в лагере. Узнав об этом, отряд возвращается на помощь группе капитана Ромеро. Запасов продовольствия в лагере становилось все меньше и меньше для многочисленных участников экспедиции, подавляющую часть которых составляли индейцы. Теперь пришлось рассылать людей в разные стороны покупать у индейцев продовольствие, которого у них самих в это время года было очень мало. Но эти меры все-таки улучшили положение экспедиции. Отсюда же Кабеса де Вака продолжал посылать отдельные отряды для изучения и обследования окружающих земель.
Экспедиция дона Альваро находилась в Пуэрто-де-лос- Рейес уже три месяца. В это время началось половодье на всех реках и водоемах, что сопровождалось появлением невероятных туч комаров. Взятые вместе подобные обстоятельства делали пребывание в самом порту невозможным. Люди заболевали от перегрева и лихорадки. Всякая деятельность по обследованию земель продолжаться больше не могла. Аделантадо принимает решение свернуть экспедицию и возвращаться в Асунсьон, где больные могли подлечиться, а остальные получить передышку после многих месяцев тяжелых переходов и работ. Два месяца отряд губернатора поднимался против течения вверх по реке, но по ускоренному полноводному течению возвращение в столицу провинции заняло всего 12 дней. Асунсьон встретил экспедицию 8 апреля 1543 года. Среди почти поголовно больных и невероятно ослабленных ее участников было немало недовольных тем, что, как они считали, аделантадо обрек многих из них на лишения и страдания, запретив им от имени короля силой отбирать продовольствие у индейцев, которые не хотели расставаться с последними его запасами, столь необходимыми им самим для собственного выживания.
В Асунсьоне губернатора ожидали большие неприятности. После его ухода в экспедицию группа племен агасес поднялась на войну против испанцев, нападая на них в городах и поселениях, на дорогах и повсюду, где они им попадались на глаза. Убийства, грабежи, захваты женщин и детей, поджоги и угрозы с их стороны стали случаться так часто, что заместитель губернатора Саласар был вынужден собрать всех испанцев и около 20 ООО дружественных индейцев для ведения борьбы против восставших. Население провинции жило в постоянном страхе и недовольстве сложившимся положением.
Кроме того, особое недовольство испытывала и целая группа должностных лиц, прибывших из Испании вместе с губернатором, назначение многих из которых на высокие должности в провинции он сам рекомендовал королю. Их не устраивала та гуманная политика, которую аделантадо проводил в отношении индейцев, а также его противодействие их стремлениям нажиться незаконными мерами за счет бесправного населения. Они считали также, что губернатор совершенно не может осуществить захват и колонизацию новых территорий, чего ожидал от него король. 15 дней спустя после возвращения дона Альваро из почти трехмесячного похода они организовали заговор с целью его ареста. Для оправдания своих действий заговорщики решили распространить ложные слухи о планах губернатора отобрать у 100 самых состоятельных испанцев их дома, поместья и индейцев, чтобы раздать их главным участникам экспедиции в верховьях Парагвая. Чтобы якобы предотвратить осуществление такого плана, они подговорили также этих псевдожертв аделантадо с оружием в руках захватить две его резиденции и арестовать его. Авторы намеченного переворота одновременно распространяли утверждения, что смещение губернатора будет приветствоваться королем, который наградит восставших за проявленную ими бдительность и верность короне.
