Во время своего пребывания в Вилкабамба Манко научился у испанцев игре в шары, похожей на кегли, и увлекался ею настолько, что входил в азарт. Во время одной их таких игр между ним и его испанскими партнерами возник жаркий спор, переросший в потасовку, в результате которой Манко получил сильный удар шаром по голове. После этого испанцы попытались сразу же скрыться и уйти в Куско, но были схвачены и казнены. Через три дня Манко умер, назначив перед смертью своим наследником старшего сына Сайри Тупака, который был еще несовершеннолетним. Все вылазки против испанцев теперь прекратились, а когда Сайри вырос, то совершенно не проявлял интереса к ведению военных действий. Благодаря этому в течение многих лет данная часть Перу оставалась относительно спокойной.
В 1555 году вице-король Перу направил к Сайри Тупаку своих послов с дружеским визитом. В ходе этой встречи, которая состоялась на большом подвесном мосту на подступах к Вилкабамба, приехавшие разожгли воображение молодого правителя, который совершенно никуда на выезжал за пределы своей вотчины, красочными рассказами о внешнем мире и предложили ему посетить Лиму, Куско и другие места страны его предков. Несмотря на возражения и протесты своего окружения, Сайри Тупак согласился на это предложение и был доставлен в Лиму на носилках со всей имперской помпой как подлинный правитель империи. Затем он провел некоторое время в одном из императорских дворцов Куско, женился и поселился в памятной долине реки Юкай. Несколько лет спустя он был отравлен своими же людьми, наследником стал младший брат Титу Суси, который в детстве был свидетелем убийства своего отца испанцами.
В отличие от своего брата Титу Суси возобновил военные вылазки против испанцев из своей неприступной горной вотчины и в течение нескольких лет продолжал безнаказанно досаждать им своими нападениями. Наконец вице-король Перу Франсиско де Толедо решил применить метод, который срабатывал с индейцами в других случаях: направить к правителю инков одного человека, который мог бы попытаться уговорить его выйти из своей недоступной вотчины. С этой целью в 1565 году в Вилькабамбу был направлен монах отец Диего Родригес После длительных приготовлений путем обмена письмами монаху удалось получить согласие Титу Суси принять его в своем лагере, где он провел много дней, пытаясь соблазнить предводителя инков поселиться в Куско со всеми его вельможами и почестями при очень высоком ежегодном денежном содержании. Титу Суси выдвигал немало своих условий, в том числе относительно предоставления ему и его людям больших земельных угодий и сохранения определенной части войска, что вызывало между собеседниками ожесточенные споры. Условия предводителя были переданы в Куско для рассмотрения, а затем и глава администрации города встретился с ним для уточнения положений соглашения на одном из висячих мостов в горах. Но сделка не состоялась, и отец Диего вернулся в Куско.
На следующий год испанцы направили в Вилкабамбу другого монаха — отца Диего Ортиса — с той же целью, но ему туда попасть не удалось, так как Титу Сису умер во время религиозного празднества, по версии испанцев, от сильного алкогольного отравления. Посольство испанцев с отцом Диего, ничего не знавшеее о смерти Титу, попало в засаду индейцев и было перебито. Место умершего теперь занял третий сын Манко по имени Тупак Амару, который, узнав о приготовлениях в Куско к походу прошв него за убийство отца Диего и его сопровождения, стал готовиться к предстоявшей схватке. На этот раз благодаря информации, собранной отцом Диего Родригесом во время его пребывания в лагере инков, испанцы знали неведомые им ранее подступы к нему и выходы из него. Разделив свое войско на три крупных отряда, они незаметно прошли по известным им проходам, отрезав пути отступления для оборонявшихся, и обнаружили Тупака Амару на висячем мосту, после того как он только вышел из храма. После короткой, но острой стычки Тупаку Амару удалось исчезнуть в джунглях, но через некоторое время шедшим по его следам испанцам удалось его обнаружить с группой своих воинов на плотах, спускавшихся вниз по местной реке. Он был арестован и доставлен для встречи с вице-королем Перу. Это произошло в 1572 году. Последний правитель империи инков был казнен с группой своих сторонников в ее старой столице Куско. На этом завоевание его империи было завершено.
Фернандо Писарро, который после казни главного соперника приобретал исключительные полномочия, решил отправиться в Испанию с большим запасом награбленного золота, предназначавшегося королю. Этот привоз золота, по мнению Писарро, должен был подправить несколько пошатнувшееся положение при дворе, вызванное его действиями в Перу и в первую очередь расправой с вождем «чилийцев».
Фернандо Писарро отбыл в Кастилию в начале 1539 года, но по пути в Панаму ему стало известно, что король было настолько возмущен его поведением по узурпации полномочий короны, что отдал приказ о его аресте. Чтобы избежать ареста, Фернандо проплыл в небольшой порт в Мексике, откуда вместе с золотом переправился в Веракрус, ставший бойким торговым портом на карибском побережье, Хотя он прибыл в Испанию в июле 1539 года, аудиенцию у короля он смог вымолить лишь в 1541 году, и она стала для него последней. Хотя формального суда в связи со смертью Альмагро над ним не проводили, после короткого рассмотрения дела он был посажен в тюрьму, где провел 21 год и 3 дня, 19 из которых прожил там со своей женой, которая была дочерью его брата-губернатора, внучкой последнего императора объединеной страны и дочерью Атауальпы. У них родилось пять детей. При выходе из заключения Фернандо вернули все его колоссальное богатство, (на которое сначала был наложен арест), и благодаря этому он просто купил себе титул маркиза де ла Конкиста, то есть маркиза Покорения, и затем передал его своим трем сыновьям. Он умер в роскоши и почете в возрасте 80 лет.
Смерть Альмагро была отомщена. Перед отплытием в Испанию Фернандо предупредил брата быть начеку в отношении «чилийцев». После гибели их вождя оставшиеся в живых участники его походов в наказание за принадлежность к его лагерю и его действия потеряли в Перу все и остались озлобленными и униженными нищенствовать на улицах городов, в первую очередь Лимы, не имея возможности даже выехать из страны. Там же оставался жить в своем доме сын Альмагро и его панамской спутницы-индианки, носивший отцовское имя Диего, которого верные памяти их вождя «чилийцы» называли «Мальчик Альмагро». 26 июня 1541 года около 20 «чилийцев» собрались в доме сына Альмагро и приняли решение убить Писарро прямо в его губернаторской резиденции, где маркиз дон Франсиско ожидал прибытия посланника короля, который должен был подтвердить все предоставленные ему титулы и полномочия. В тот воскресный день охрана дворца маркиза был по обыкновению уменьшена, и ворвавшиеся в него головорезы довольно легко расправились с первыми охранниками и проникли в комнату Писарро. Все произошло настолько быстро, что у губернатора не было времени даже накинуть на себя защитную кольчугу. Хотя ему было уже 69 лет, он ловко отбивался мечом от шести насевших на него «чилийцев», когда руководитель группы нападавших решил пожертвовать одним из своих сообщников, толкнув его прямо на поднятое оружие губернатора Пока Писарро вынимал меч из пронзенного тела «чилийца», остальные бросились на него все вместе и вонзили ему кинжалы в горло. Маркиз дон Франсиско Писарро, главный организатор и исполнитель невероятно успешного завоевания самой большой и богатой империи Нового Света, замертво рухнул.
