А тем временем на самой площади нападавшие продолжали начатый прорыв к месту нахождения императора, который находился в окружении большого числа сановников, придворных, родственников и слуг. Все эти люди, осознав вероломное нападение своих гостей и их желание захватить Атауальпу, стали бросаться на испанцев и их коней с голыми руками в попытке помешать им добраться до императора, но они были не в силах сдержать натиск вооруженных испанцев. Ряды сопротивлявшихся верных ему людей падали вокруг золотых носилок императора, которого наконец удалось захватить самому Франсиско Писарро при помощи нескольких людей и увести в здание под охраной. После захвата Атауальпы всякое сопротивление со стороны индейцев полностью прекратилось. Кровавая баня, устроенная по приказу губернатора, стоила по оценкам испанцев, более 2000, а по сведениям инков, не менее 10 ООО жизней индейцев.
Извести о печальной судьбе императора быстро распространилось по всем уголкам обширной империи. Каждый житель страны думал только о том, как ему уцелеть. Постепенно стали поднимать голову местные вожди и военачальники, мечтавшие об установлении собственной власти. Одним из них был командующий арьергардом торжественной процессии императора в Кахамарку Руминьяуи, оставшийся со своим отрядом за площадью, где состоялось кровавое побоище. Этот военачальник с самого начала относился с большим подозрением к обещаниям и заверениям испанцев, и после захвата Атауальпы он ушел со своим войском в северную столицу империи Кито, где собирался собрать большую армию, но не для спасения своего плененного правителя, а для того, чтобы самому занять его место. По прибытии в Кито Руминьяуи захватил находившихся там сыновей императора, его брата, а также целую группу военачальников, высших сановников и вождей, которые, оказавшись в его руках, были тут же убиты.
Правитель могущественной империи теперь оказался в испанском плену. Испанцы не хотели его пока убивать, желая использовать, как заложника. Атауальпа довольно быстро осознал эти намерения испанцев. Он предложил им за свою свободу наполнить свою довольно большую тюремную комнату золотом и серебром на высоту вытянутой руки. Ошеломленные этим фантастическим предложением испанцы дали согласие, и представители императора отправились по стране выполнять высочайшее поручение к установленной дате. Параллельно с этим для устранения возможного соперника Атауальпа дал секретное указание своим верным людям убить находившегося в тюрьме и свергнутого им ранее законного правителя Уаскара, что и было проделано. Одновременно он отдал приказания своим верным военачальникам и куракам в провинциях быть начеку и выполнять возможные новые поручения.
Золото и серебро начало стекаться в Кахамарку целыми караванами тяжело нагруженных лам и носильщиков, но его колоссальное количество было столь велико, что, казалось, никаких ресурсов этой огромной страны не будет достаточно, чтобы полностью выполнить данное императором обещание. В назначенный день тюремная комната еще не была наполнена Губернатор выразил Атауальпе свое недовольство такой задержкой. Тот обоснованно объяснил, что тысячные мили расстояний от главных источников золота и серебра в районах Кито и Куско, а также за горными перевалами в Пачакамаке, просто делали невозможным их быструю доставку в Кахамарку. Он даже предложил Писарро отправить в эти места испанских инспекторов, чтобы убедиться в честности его заявлений и получать драгоценности непосредственно в собственные руки.
Губернатор решил принять предложение Атауальпы и использовать своих людей одновременно для выяснения возможной подготовки его армий к походу для его освобождения. В этих целях было организовано шесть отрядов, наиболее важными из которых были те, что отправлялись по самым дальним и рискованным маршрутам
Самым коротким, но чрезвычайно опасным из-за переходов через заснеженные перевалы был поход в украшенный целыми листами чистого золота храм Пачакамак, где находилось также множество драгоценных культовых изделий и украшений. Эту миссию с большим успехом выполнил Фернандо Писарро, хотя служителям храма удалось заранее вывезти из него некоторую часть его сокровищ. В дополнение к этому брату губернатора удалось обнаружить в пути большое войско верного императору талантливого военачальника Кучикучимы, уговорить его распустить армию и проследовать вместе с ним в Кахамарку для встречи с Атауальпой. Однако после этой встречи Кучикучима был тоже арестован и посажен в тюрьму. Когда в конце мая 1533 года после труднейших переходов через Анды Фернандо прибыл в Кахамарку, там уже находился со своими людьми неутомимый Альмагро, благодаря чему число испанцев в городе увеличилось вдвое и составило 300 человек.
Второй из этих отрядов отправился в Куско во главе с Эрнандо де Сото и Педро дель Марко, которым предстояло проделать путь свыше 200 лиг, или более 1200 км, по андийским хребтам и долинам. По дороге на юг руководители отряда решили остановиться в живописном городе Сауса, где в тюрьме еще находился законный, но свергнутый Атауальпой правитель империи Уаскар. Хотя бывший император содержался под строгой охраной, испанцам удалось с ним встретиться, но в отсутствие переводчика их общение было ограничено жестами, но даже из этих объяснений де Сото и его спутник поняли, что Уаскар очень опасается быть убитым по приказу своего брата-узурпатура и умоляет испанцев спасти его и вернуть ему его законный трон. Посетители не могли удовлетворить просьбу обреченного правителя и продолжили путь в Куско. Об этой встрече очень скоро стало известно Атауальпе, и Уаскар был убит по его приказу.
В имперской столице, которая буквально потрясла их великолепием дворцов, обилием богатейших храмов и роскошью многочисленных зданий, испанцам был оказан самый настоящий королевский прием: встречавшее население празднично украшенного в их честь города сопровождало их появление на улицах низкими поклонами, приветственными молитвами и восторженными криками; их поместили в одном из многих величественных императорских дворцов; их носили, показывая им город, на императорских носилках; их обслуживали, предвосхищая все возможные пожелания. Город и оказанный им прием настолько ошеломил де Сото и дель Марко, что они сразу же написали Писарро- губернатору свой полный восхищения доклад, подтверждая невероятные рассказы Атауальпы о богатстве столицы его империи. Успешно выполнив свою миссию, они направились обратно в далекую Кахамарку в сопровождении каравана баснословных ценностей. Остальные посланцы губернатора тоже обеспечили притоки золота и серебра в тюремную комнату Атауальпы, которая к концу мая была наполнена ими настолько, что было решено начать переплавку всех прибывших невероятно ценных художественных изделий и церковных украшений, а затем и взвешивание металлов для распределения между участниками экспедиции. Распределенные ценности были настолько сказочно огромны, что даже каждый рядовой пехотинец получил только в этот раз гораздо больше, чем известным военачальникам в Мексике и на Панамском перешейке удавалось собрать за годы войн и поисков в тех краях. Люди Писарро, если им удавалось остаться в живых, становились богатыми.
Исполнение обещания императора не привело, как он наивно полагал, к его освобождению из тюрьмы, поскольку Писарро хотел получить от него не только все возможное золото страны, но и всю его империю. Распределение несметных богатств Атауальпы совершенно неожиданно спровоцировало возникновение скорой угрозы для его жизни. Сам Альмагро и его отряд не могли поверить своим глазам, когда они увидели всю ту баснословную массу золота, серебра и драгоценностей, которые поступили в Кахамарку. Однако ни он, ни прибывшие с ним люди ничего не получили при их распределении, поскольку, как им было сообщено сказочно обогатившимися счастливчиками, они не участвовали в захвате Атауальпы.
