По воспоминаниям генерал-полковника Тюленева, армиям Южного фронта ставились оборонительные задачи: прикрывать государственную границу в своих полосах и «не допустить вторжения немецко-фашистских войск на нашу территорию». Оборона советских войск, в полном соответствии с требованиями советских уставов, носила активный характер. Советские разведгруппы и отряды неоднократно форсировали Прут и совершали налеты на румынскую территорию.
25 июня боевые корабли Дунайской флотилии под прикрытием огня береговых батарей, мониторов и артиллерии 14-го стрелкового корпуса высадили разведывательно-диверсионную группу НКВД на румынский берег. Вслед за ней в ночь на 26 июня была проведена высадка стрелкового полка 25-й Чапаевской дивизии. Утром над центральным собором румынского города Килия был поднят красный флаг. В тот же день советские части заняли Пардину, создав таким образом на румынской территории мощный плацдарм. Оба берега килийского гирла Дуная на протяжении 70 км находились в руках советских войск, что обеспечивало свободу маневра Измаильской группе кораблей. Дунайская флотилия, которой командовал контр-адмирал Н.О. Абрамов, продолжала готовиться к наступательным действиям вверх по течению реки, однако удар противника в другом месте заставил отложить эти планы на три года.
В этот период решился вопрос о вступлении в войну Венгрии, которая, по мнению Гитлера, не имела никаких причин «для выступления против России». Причины нашлись: «Венгрия. Русская авиация совершила налеты на ряд объектов в пограничной полосе», – записал 26 июня генерал Гальдер. На следующий день венгерское военно-политическое руководство объявило войну СССР и сообщило своим немецким союзникам о готовности со 2 июля выставить на фронт «Карпатский корпус» в составе трех бригад.
Кремль не замедлил разъяснить ситуацию советскому народу и мировой общественности: «В Будапеште объявлено, что Венгрия считает себя в состоянии войны с Советским Союзом. Это решение вызвано тем, что советская авиация якобы совершала налеты на города Венгрии. Это утверждение является ложным: советская авиация никаких налетов на города Венгрии не производила. Правительство Венгрии боится сказать честно и открыто, что оно объявило состояние войны по приказанию Гитлера и еще потому, что венгерские правители не прочь при случае пограбить чужое добро».
К концу июня германское командование решило, что пора начать активные боевые действия на юге. Соединения 11-й немецкой и 4-й румынской армий должны были прорвать оборону войск Южного фронта и создать угрозу левому крылу Юго-Западного фронта. Цель этого наступления состояла в том, чтобы отвлечь часть советских сил с житомирско-киевского направления, на котором вели наступление главные силы группы армий «Юг», и во взаимодействии с ними окружить части 6, 26 и 12-й армий.
1 июля немецкие и румынские соединения нанесли удары на подольском и бельцевском направлениях. Форсировав Прут, немецкие войска захватили плацдармы севернее и южнее Ясс, а на следующий день румыны переправились в районе Стефанешти. 5 июля румынские войска форсировали Прут северо-восточнее Хуши и развивали удар на Кишинев. В этой обстановке генерал Тюленев решил отвести 3 июля правофланговые части 18-й армии на рубеж Хотин – Липканы. Командующему 9-й армией было приказано уничтожить прорвавшегося на восточный берег противника, восстановить положение и прочно оборонять свои рубежи. Вместе с тем войскам обеих армий предписывалось привести в своих полосах в полную боевую готовность укрепленные районы. Это на десятый день войны? Так к какой обороне готовились солдаты Южного фронта? Примечательно, что даже и в августе армии Тюленева не имели инженерных средств, взрывчатки и колючей проволоки.
Напряженные бои развернулись северо-западнее Кишинева. Во исполнение приказа командования генерал Черевиченко решил разгромить вклинившиеся на бельцевском направлении войска противника силами 48-го стрелкового и 2-го механизированного корпусов. Несколько позже получил задачу на нанесение контрудара северо-западнее Кишинева 2-й кавалерийский корпус генерал-майора П.А. Белова. Три советских корпуса нанесли удары во фланг соединениям противника, наступавшим на Бельцы и Оргеев, и слегка потеснили их назад. Тем не менее три советских корпуса при 500 танках не смогли разгромить семь германских пехотных дивизий генерала фон Шоберта! Генерал Тюленев после войны объяснял столь странный казус тем, что противник обладал «двойным, тройным превосходством в силах и средствах на направлениях главных ударов».
Упорные бои происходили на черновицком и могилев-подольском направлениях, где советские части также отступали под нажимом «превосходящего противника». Овладев к 5 июля Черновцами, румынские войска устремились к Хотину. Туда же, преодолев Карпаты, с востока двигался венгерский корпус. В ночь на 6 июля 18-я армия Смирнова начала отход на восточный берег Днестра в укрепленные районы. Генерал Свиридов написал об этих днях: «… вся моя военная служба проходила в основном под девизом: только наступать! Отход считался позором, и этому нас не учили. Теперь, когда довелось отступать, опыта-то никакого не было». Не успели войска армии занять Каменец-Подольский УР, как над ними вновь нависла угроза окружения. На правом фланге немецкие войска, тесня 12-ю армию Понеделина, перерезали железную дорогу на Проскуров. В тот же день венгерский корпус нащупал слабый стык между 12-й и 18-й армиями и ворвался в райцентр Оринин в 20 км севернее Каменец-Подольского.
В связи с ухудшением обстановки на Юго-Западном фронте и отходом его войск, генерал Тюленев 7 июля с разрешения Ставки приказал войскам правого крыла фронта отойти на рубеж Могилев-Подольский – Бельцы – река Прут и организовать на нем оборону. Но уже в этот день части 11-й германской армии форсировали Днестр в районе Могилев-Подольский и завладели городом.
В районе Кишинева в этот день германская 22-я пехотная дивизия вела наступление (!) против войск 2-го механизированного корпуса.
Тогда Тюленев решил создать ударную группу войск 9-й армии из тех же трех корпусов, которой поставил задачу уничтожить бельцевскую группировку противника. Одновременно он сформировал Приморскую группу из дивизий 14-го стрелкового корпуса и частей, расположенных на побережье Черного моря. Этой группе предписывалось прочно прикрывать восточный берег реки Прут, северный берег Дуная и морское побережье, не допуская высадки десантов противника.
В соответствии с приказом комфронтом советские 48-й стрелковый, 2-й механизированный и 2-й кавкорпус в течение нескольких дней контратаковали немецкие войска. 10 июля они сильно потрепали части 198-й пехотной дивизии. Ударная группировка армии Шоберта в это время охватывала советские корпуса, стремясь отрезать им пути отхода на Рыбницу. Этот маневр привел к отступлению соединений Малиновского и Новосельского на рубеж реки Реут.
Учитывая тяжелое положение на житомирско-киевском направлении, Ставка передала генералу Кирпоносу из состава Южного фронта 16-й мехкорпус и три стрелковые дивизии. В середине июля войска фронта с боями отходили за Днестр. Большую роль в этом сыграл выход 1-й танковой группы Клейста к Бердичеву и поворот ее на юг с выходом в глубокий тыл советских войск, а также низкая эффективность работы советской разведки, которая скорее искажала реальную обстановку, чем проясняла ее. Так, на 2 июля численность группировки противника в районе Стефанешти была ею определена в 9–10 дивизий, в том числе 5–6 танковых и моторизованных, хотя в действительности там находилось всего 5 пехотных дивизий и 5 бригад. Разведка предполагала наличие в этом районе 900–960 танков, тогда как в действительности их было 60. Эти сведения повлекли неправильные предположения о направлении возможного удара противника, а неправильная оценка его сил перед Южным фронтом в 40 пехотных и 13 танковых и моторизованных дивизий породила решение на отвод советских войск к Днестру. Могилев-Подольский УР удерживался с 8 по 19 июля. Затем и Днестровский оборонительный рубеж был оставлен.
