В дальнейшем немцы продолжали «минную войну» и до 10 июля, не встречая абсолютно никакого противодействия, только в Финском заливе поставили 1738 мин и 1659 минных защитников. Советские корабли на основании указания Главного Морского штаба «ставить мины круглосуточно, использовать все, что можно» занимались тем же самым, выстраивая в устье залива минно-артиллерийскую позицию по планам времен адмиралов Эссена и Колчака. Лишь совсем недавно признали, что «создание минно-артиллерийской позиции у входа в Финский залив не имело смысла. В очередной раз мы оказались в плену шаблона». При этом ни до войны, ни с ее началом никто не организовал разведывательное траление, ведь согласно все тому же «шаблону» это вражеские корабли с десантами на борту должны были рваться к нашим берегам и гибнуть на наших минах. На деле получилось наоборот. Уже в ночь на 23 июня вышедший из Таллина для постановки мин отряд кораблей оказался на немецком минном заграждении.
«Корабли ставили мины в Финском заливе у главной базы флота — Таллина, — анализирует операцию адмирал Н.М. Соболев. — Действовали они ночью. Противника в районе не было, минным постановкам никто не препятствовал. И в этих условиях командование КБФ направило крейсер «Максим Горький» и эсминцы для прикрытия минных заградителей. Требовалось ли такое прикрытие? Вряд ли. Тем не менее корабли прикрытия вышли в море, потому что это предусматривалось планом и классической схемой. А вот отдать приказ протралить район маневрирования отряда кораблей никто не догадался. Такого пункта в планах не было». В итоге тяжелые повреждения получил крейсер «Максим Горький», которому оторвало носовую часть, и эсминец «Гордый», погибли эсминец «Гневный» и тральщик Т-208 «Шкив».
А тральщиков не хватало катастрофически. В свете самой наступательной доктрины их почти не строили. Из примерно 200 потребных флоту кораблей этого класса в наличии имелось всего 33 единицы. Отмобилизованные на военную службу бывшие рыболовные суда проходили переоборудование и вступали в строй крайне медленно. Но и они чаще всего использовались не по назначению: несли дозорную службу, перевозили бомбы и авиационное топливо на остров Эзель, обеспечивая деятельность дальней авиации, наносившей удары по Берлину, и гибли. За два месяца войны Балтийский флот потерял третью часть своих «пахарей моря».
Противоминное вооружение оставалось на уровне Первой мировой войны и было представлено подсекающими тралами Шульца образца 1898 года, змейковыми тралами образца 1911 года и параванами-охранителями типа К-1. Что такое неконтактные магнитные и антенные мины противника вроде EMC, ТВМ или LMA и как с ними бороться, в РККФ не знали и знать не хотели, своих образцов не производили (истины ради отметим, что были у балтийцев индукционные мины МИРАБ отечественного производства, принятые на вооружение в 1939 году, целых 20 штук, поэтому, когда петух клюнул, пришлось покупать у англичан). Проводка конвоев выполнялась непосредственно за тралами без положенной по Наставлению предварительной минной разведки. Нестолько даже из-за нехватки противоминных кораблей, сколько с параноидальной целью «маскировки фарватеров» от взора супостата. Это нововведение было закреплено приказом командующего флотом от 10 августа, хотя Трибуц в мемуарах сам же и указывает на его идиотизм: «Навигационные особенности (банки, мели, острова) дают возможность плавать в Финском заливе строго по определенным направлениям, которые в силу знания географии были хорошо известны противнику. Поэтому для засорения минами наших коммуникаций он имел идеальные условия».
Другим «сюрпризом» стала эффективность и безнаказанность действий немецкой авиации и беспомощность «сталинских соколов». А наши корабли отличались мощным артиллерийским и торпедным, но крайне слабым зенитным вооружением.
Советские флотоводцы не видели на море не только равноценного, но вообще никакого противника, а между тем теряли корабли чуть ли не ежедневно. 23 июня на переходе из Либавы в Усть-Двинск торпедой с немецкой субмарины была уничтожена подлодка М-78. 24–26 июня при оставлении Либавы пришлось взорвать эсминец «Ленин», подводные лодки С-1, М-71, М-80, М-83, «Ронис» и «Спидола». Командира эсминца капитан-лейтенанта Ю.М. Афанасьева, руководившего уничтожением стоявших в ремонте кораблей, за несанкционированную, а значит, наказуемую инициативу по приказу Трибуца расстреляли. Затем командование и политотдел базы с чистой совестью, «выполняя приказ Ставки», эвакуировались на катерах, оставив гарнизон «отражать бешеные атаки фашистов» и прорываться на Виндаву. Из окружения мало кому удалось вырваться. «Мы никогда не готовились к эвакуации наших баз, — сообщает бывший начальник штаба КБФ адмирал H.A. Пантелеев, — и потому отступление из Либавы было трагическим. Осуждать за это кого-либо я не берусь. Мы пожинали плоды того, что посеяли: ведь мы собирались воевать «только на чужой территории». Флот потерял важнейшую военно-морскую базу, армия — 67-ю стрелковую дивизию и ее командира генерал-майора H.A. Дедаева, погибшего при обороне города. По поводу дальнейшей судьбы защитников адмирал Пантелеев откровенно фантазирует: «Большинство моряков и пехотинцев остались во вражеском тылу, примкнули к партизанам и самоотверженно боролись с захватчиками до освобождения Прибалтики нашими войсками (!)».
Ушедшая из Либавы на прорыв, неспособная погружаться, подлодка С-3 под командованием капитан-лейтенанта H.A. Костромичева была перехвачена двумя «шнелльбо-тами» из состава 3-й флотилии и потоплена после получасового артиллерийского боя, на месте ее гибели немцы подобрали 20 человек. 27 июня в Рижском заливе катерами 2-й флотилии был атакован эскадренный миноносец «Сторожевой». Взрывом торпеды кораблю оторвало носовую часть вместе с надстройкой и мачтой, погиб командир капитан 3 ранга И.Ф. Ломакин и 84 члена экипажа, вторая половина эсминца осталась на плаву и была отбуксирована в Таллин, затем в Кронштадт. В тот же день германские катера тяжело повредили и захватили торпедный катер ТКА-47, а самолеты потопили ТКА-27. 28 июня в районе острова Даго подлодка U-149 торпедировала советскую М-99; в Данцигской бухте канула без вести С-10. В оставленной Виндаве немцам достались пять транспортов общим водоизмещением около 10 тысяч тонн.
1 июля у острова Вормси от взрыва донной мины затонула М-81, спаслось два человека, у острова Саарема — «приватизированный» в 1940 году вместе с Латвией тральщик Т-299 «Иманта». 6 июля подорвался на мине и мгновенно затонул Т-216, 7 июля — ТЩ-101 «Петрозаводск», 9-го — Т-890 «Налим». 16 июля подорвался эсминец «Страшный», взрывом была полностью разрушена носовая часть, корабль с трудом удалось отбуксировать в Кронштадт, до конца войны в море он не выходил. 18 июля на собственной мине подорвался СКР «Туча», корабль лишился руля и винтов, погибло 8 человек. При атаке на конвой противника артиллерийским огнем был уничтожен ТКА-123. Сутки спустя в Моонзундском проливе, получив прямое попадание авиабомбы в котельное отделение, взорвался и затонул эсминец «Сердитый», погибло 35 членов экипажа, ранения получили более 100 человек. 10 июля подорвался на мине и выбросился на берег транспорт «Расма» водоизмещением 3200 тонн. 21 июля немецкой подлодкой была торпедирована М-94 старшего лейтенанта Н.В. Дьякова, чудом спаслось одиннадцать моряков. В тот же день на минах погиб танкер «Железнодорожник». 22 июля в Рижском заливе в бою с немецкими катерами погиб ледокол «Лачплесис» и сопровождавший его ТКА-71, экипаж которого проявил исключительный героизм. На следующий день подорвался, но остался на плаву заградитель «Ристна». 26 июля финская канонерская лодка артиллерийским огнем потопила МЩ-238. 27 июля в Ирбенском проливе, прикрывая корабли, ставившие минные заграждения, подорвался и был добит торпедами эскадренный миноносец «Смелый». 29 июля подорвался на мине и затонул со всем экипажем ТЩ-51 «Змей», 30 июля — Т-201 «Заряд». 31 июля финской артиллерией был тяжело поврежден Т-203 «Патрон».