Не удивительно, что эрцгерцог, находясь в семье консервативных, католических Габсбургов, получил такое же традиционное, консервативное образование. Высказывались реакционные взгляды, а противоположные точки зрения подавлялись. Профессор Отто Клоп (Otto Klopp), который преподавал своему ученику уроки истории, отличался близорукостью и нетерпимостью. Либеральная политика, опасности современной мысли и мрачные предупреждения о росте прусской угрозы, представляющей опасность для божественной миссии Габсбургской монархии, являлись отличительными чертами этих уроков. Клопа так волновало, что противоречивые идеи могли повлиять на его ученика, что он даже лично переписал для юного эрцгерцога учебники по истории, чтобы удалить нежелательные и пагубные политические понятия.
Религиозное обучение только усиливало этот подход. Готфрид Маршалл (Gottfried Marschall), священник семьи Карла Людвига, вел уроки по истории католической церкви и доктрине. Хотя он часто и описывается как человек либеральных наклонностей, но в действительности Маршалл был глубоко консервативным. В его лекциях подчеркивались религиозные обязанности молодого эрцгерцога, которые ему придется на себя принять в качестве члена католической семьи Габсбургов. Сам Франц Фердинанд только упрощал его задачу: даже в юности он был необычайно благочестивым, увлекался церковными ритуалами и мог часами стоять в тени дворцовой церкви, впитывая атмосферу чарующей мистики. Личная предрасположенность и лекции Маршалла оставили свой след. Душевные поиски Франца Фердинанда привели его к религии: его твердая католическая вера давала ему ответы на все важные философские вопросы, и он не видел причин сомневаться в учении и мудрости церкви. Однако он был во многом свободен от религиозной нетерпимости. Слишком многие люди, как думал Франц Фердинанд, были неискренни в своей вере. Те, кто исповедовал свою религию с искренностью и благочестием, всегда вызывали его восхищение. «В конце концов, именно это является важным, — озвучил он однажды это свое отношение, — а являются ли эти люди христианами или мусульманами — имеет гораздо меньшее значение».
Немецкий был основным языком для любого эрцгерцога Габсбурга, но были и уроки французского, английского, чешского и венгерского языков. Но большая часть усилий Франца Фердинанда в их изучении пропала даром. «Ему было свойственно отсутствие каких-либо талантов к языкам», — писал один министр правительства. Он владел французским достаточно хорошо, но его английский оставался расплывчатым и невнятным. Временами он начинал неплохо на нем говорить, но тут же спотыкался и неловко подбирал слова. Крайне сложный венгерский язык давался ему тяжелее всего. Франц Фердинанд брал уроки венгерского языка всю свою жизнь, но так и не смог на нем нормально говорить.
Гимнастика, верховая езда, плавание, фехтование, танцы занимали вторую половину дня; вечером Карл Людвиг давал ему уроки истории искусств и приглашал изобретателей, писателей, поэтов, музыкантов и ученых с познавательными лекциями. Позднее были уроки военной истории, военно-морские маневры, архитектура и инженерное дело; будущий австрийский премьер-министр Макс Владимир Бек преподавал гражданское и конституционное право. В обучении не пренебрегали ничем, но результат получался неоднозначным. Образование сделало Франца Фердинанда всесторонне развитым молодым человеком, со знаниями во многих областях, но с истинным пониманием лишь нескольких. Он презирал арифметику и литературу, наслаждался историей и больше всего обожал свое непродолжительное изучение архитектуры. Репетиторы регулярно жаловались на то, что им приходится постоянно возвращаться назад, что у эрцгерцога не хватает концентрации, он постоянно пребывает в своих мыслях, вместо того чтобы сосредотачиваться на занятиях. Возможно, часть вины в этом лежит на самой достаточно бездарной системе обучения. Впрочем, никто никогда не сулил Францу Фердинанду будущее ученого. Его дни были настолько заполнены разнообразными лекциями, что «все превращалось в одну мешанину». В результате он «научился всему и ничего не знал».
Казалось, что судьба Франца Фердинанда предопределена с самого рождения: образование, карьера в армии и, возможно, некоторые церемониальные обязанности от лица императора. Шанс, что он когда-либо вступит на престол, был очень небольшим. В конце концов его дядя Франц Иосиф был еще жив; его двоюродный брат наследный принц Рудольф еще не женился и при нахождении подходящей супруги у него будет наследник; и собственный отец Франца Фердинанда, Карл Людвиг, тоже стоял перед ним в очереди на престол империи. Образование Франца Фердинанда даже и не предполагало такой возможности. Его жизнь обещала быть приятной и комфортной, посвященной повышению престижа династии Габсбургов, с небольшим числом возможностей для личных интересов и выбора собственного пути, который был бы далек от предписанного традицией.
Но неожиданная возможность изменения такого порядка вещей пришла, когда Францу Фердинанду исполнилось двенадцать. Находящийся в изгнании герцог Франц V Моденский (Franz V of Modena), эрцгерцог Австрии-Эсте, умер, не оставив наследников. По своему 500-страничному завещанию герцог оставлял большое состояние и многочисленные имения тому наследнику из рода Габсбургов, кто присоединит титул Эсте к своим и продолжит эту линию. Карл Людвиг посчитал, что поскольку его сын стоит далеко внизу по линии наследования престола, то изменение его имени не будет иметь решающего значения, и предложил Франца Фердинанда на роль наследника. Молодой эрцгерцог не был в восторге от добавления титула «Эсте» к своему имени, хотя это и представлялось лишь небольшим неудобством. В конце концов это был итальянский титул, и он поделился со своей мачехой своим предубеждением против страны, которая еще не так давно объединила свои территории за счет земель Габсбургов. Позднее он открыто выступал против титула эрцгерцога Австрии-Эсте, чувствуя, что итальянское название будет его выделять как иностранца в среде Габсбургов. Еще больше его беспокоило другое условие: чтобы получить наследство, ему нужно было овладеть практическими знаниями итальянского языка в течение года. Будучи не особо талантливым лингвистом, он отчаянно сражался с итальянским, пока не приобрел достаточный уровень его знания, чтобы удовлетворить будущих экзаменаторов.
Юный Франц Фердинанд стал теперь, по крайней мере теоретически, одним из богатейших эрцгерцогов. Его наследство в Эсте включало в себя знаменитую виллу д’Эсте эпохи Ренессанса недалеко от Рима, замок XVI в. Кастильо де Катайо (Castillo de Catajo) в окрестностях Падуи, дворец Моденских (Modena Palais) в Вене, поместье Хлумец (Chlumetz) в Богемии и другое имущество, наряду с обширной коллекцией оружия, доспехов и художественных ценностей. Все это представлялось очень многообещающим, но, как выяснилось позднее, другие условия этого 500-страничного завещания связывали Францу Фердинанду руки. Неоспоримые активы перевешивались финансовыми обязательствами. Ничто из завещанного имущества не могло быть продано, и годовые расходы на содержание родственников в Эсте, пенсии для слуг и содержание работников превышали любой возможный доход, который он мог бы получать.
По крайней мере после окончания формального обучения Франца Фердинанда хотя бы военные науки принесли ему награду. В 1878 г., когда император сделал своего племянника почетным лейтенантом пехотного полка, Франц Фердинанд был вне себя от счастья. Присвоение почетного армейского звания дало свои результаты в 1883 г., когда он получил звание лейтенанта 4-го кавалерийского драгунского полка императора Фердинанда, расквартированного в Энсе. «Я офицер телом и душой, — с гордостью говорил он. — На мой взгляд, во всем мире эта профессия самая благородная и возвышенная». И эрцгерцог начал отсекать все лишнее, считая карьеру военного единственно приемлемой для себя.