София, Макс и Эрнст прибыли в Вену вместе с братьями и сестрами их матери и остановились в Бельведере у их бабушки, Марии Терезии. Им не было разрешено присутствовать в часовне на похоронной службе; морганатические потомки морганатического брака, они были признаны недостойными находиться вместе с Францем Иосифом и другими членами Императорского дома. Им было даже запрещено проводить своих родителей в последний путь из часовни по улицам города.
Горьким напоминанием об отсутствующих на службе детях стал большой венок из белых роз около гробов их родителей. На его траурных лентах было просто написано: «София, Макс, Эрнст». Последние знаки внимания, оказанные погибшим, наполняли часовню: венок из белых роз от короля Георга и королевы Марии с подписью: «В память о дружбе и симпатии, от британской королевской семьи»; цветы от королевских семей Европы и глав иностранных государств, в том числе от американского народа и президента Вудро Вильсона; был даже венок от гильдии обувных дел мастеров Нижней Австрии. Но от Габсбургов был только венок наследной принцессы Стефании. От других членов императорской семьи не было ничего.
Похороны состоялись в четыре часа пополудни. Британский посол Морис де Бунзен отмечал, что «многих комментариев заслужило решение провести отпевание в небольшой церкви Хофбурга, вместо того чтобы выбрать место, способное вместить большее количество людей». Император, в белом кителе армейского генерала, вместе с эрцгерцогами и эрцгерцогинями императорского дома, находился на галерее часовни. Придворные, министры, представители провинций, мэры Вены и Будапешта, президент парламента Австрии, члены дипломатического корпуса, представлявшие правительства своих стран, а также другие высокопоставленные гражданские чиновники заполнили церковь. Европейцы заняли первые ряды; американский представитель оказался на второй галерее, в верхней части часовни.
Зазвонили колокола, и принц-кардинал Вены, архиепископ Пиффль окропил гробы святой водой и окурил ладаном. Церковный хор исполнил Libera, хотя и без сопровождения оркестра или хотя бы церковного органа, как это обычно было принято. Реквием длился всего пятнадцать минут, потом последовали обычные молитвы, традиционные гимны и другие религиозные и обрядовые действия, принятые при императорских службах. Никич-Буле, секретарь Франца Фердинанда, сидел сбоку от алтаря и смотрел на императора во время этой необъяснимо короткой панихиды. Он не увидел «ни следа скорби или каких-либо эмоций» на его лице; Франц Иосиф смотрел вокруг «с полным безразличием и тем же бесстрастным выражением лица, которое он демонстрировал своим подданным и во время других мероприятий. Но возникало невольное ощущение, что будто бы ему стало легче дышать, и несомненно, что большинство его придворных испытывали то же чувство». Когда все было закончено, император первым поднялся и быстро покинул церковь, «даже не бросив прощального взгляда вниз». Как только краткая служба закончилась, двери часовни закрылись и были заперты на замок. Впервые в истории наследнику австрийского престола было отказано в государственных похоронах.
До наступления ночи гробы шесть часов простояли в пустой часовне, с перерывом для посещения только Софии, Макса и Эрнста, которым наконец-то разрешили проститься с родителями после того, как панихида закончилась и все официальные лица ушли. В десять часов вечера унтер-офицеры вынесли гробы к Schweizerhof, где их ожидали траурные катафалки, а священники вознесли последние благословения. Слуги, держащие фонари, придворные, офицеры из кавалерийской дивизии и лейб-гвардейцы снова сопровождали траурную процессию по улицам города. И опять же никто из высших офицеров армии и военно-морского флота не провожал в последний путь их генерал-инспектора. И снова ломая сложившуюся традицию, Монтенуово распорядился, чтобы по маршруту траурного кортежа не звонили колокола и не было остановок в церквах, мимо которых следовала траурная процессия. Монтенуово также запретил во время этого шествия отдавать положенные военные почести, так как София была не вправе их удостоиться. Узнав об этом, эрцгерцог Карл снова пошел ходатайствовать перед императором. Франц Иосиф разрешил простым солдатам Венского гарнизона выстроиться на улицах по маршруту движения процессии, но только с разрешения командования.
Чтобы это шествие не выглядело излишне торжественным, Монтенуово попросил камергеров двора, тайных советников, высокопоставленных придворных и рыцарей ордена Золотого руна не присоединяться к траурному кортежу, пока он не прибудет на вокзал. Это низкое распоряжение вызвало открытое неповиновение, «беспрецедентное нарушение» «недалекого» протокола, предложенного лордом-камергером. Когда катафалки покинули Хофбург, к кортежу присоединились сотни аристократов — Фуггеры и Гогенлоэ, Кински и Фюрстенберги, Лобковичи и Лихтенштейны, оказывая последнюю почесть погибшим и являя собой молчаливый упрек Монтенуово. Британский посол де Бунзен с глубоким удовлетворением отнесся к происходящему, отмечая, что «сложно было сделать что-то лучшее, чтобы подчеркнуть важность происходящего, чем то, что произошло прошлой ночью». Пока они шли в траурной процессии, вспоминал Маргутти, «многие из них отпускали нелестные замечания не только о князе Монтенуово, но также, хотя и в завуалированной форме, о старом императоре».
Возмущение сокращением траурных церемоний, утверждал один автор, было лишь среди небольшого числа слуг покойного эрцгерцога и его «чрезмерно впечатлительных друзей». Но газеты и общественное мнение нельзя было отнести к числу «чрезмерно впечатлительных друзей» Франца Фердинанда. Слишком много людей самых разных политических убеждений высказывали подобные мнения. Как писал один дипломат, люди перешептывались, что «в императорской семье не оказывают уважения даже мертвым. Ее ненависть преследует своих жертв даже за пределами могилы». «Я был возмущен, — писал принц Людвиг Виндишгрец, — что каждое ничтожество может теперь пнуть мертвого льва ногой». «Было общее чувство негодования, — писал Айзенменгер, — вызванное тем отношением, которое проявлял лорд-камергер к умершему». Евгений Кеттерл, личный камердинер императора, отмечал, что траурные церемонии в Вене справедливо «вызвали гнев и возмущение». Маргутти считал, что император «допустил серьезную ошибку», урезав «пышность погребальных обрядов до минимума». Даже британский посол сообщал, что было трудно понять такое сокращение погребальных церемоний и о «повсеместно распространенном недовольстве» этой ситуацией. «Сложно поверить в то, — писал он, — что такой порядок был обусловлен недостаточно высоким статусом погибших». Возможно, уменьшение времени траурного ритуала было произведено необходимостью сохранения здоровья императора, продолжал посол, чтобы избежать его переутомления после того, как он только вернулся с отдыха в Ишле. «Что же касается церемониала, — как заверили посла, — все старые традиции были соблюдены».
Де Бунзен находился в Вене всего шесть месяцев, и его незнание ритуалов нельзя ставить ему в вину, как можно понять и оскорбленные чувства тех, кто разбирался в традициях Габсбургов. Возмущение общественности было так велико, что Франц Иосиф решился на беспрецедентный шаг, публично защитив Монтенуово со страниц Wiener Zeitung. Принц, утверждал император, «полностью оправдал» его доверие. Организация похорон эрцгерцога, осуществленная согласно указаниям императора, продемонстрировала со стороны Монтенуово «великую и бескорыстную преданность Мне и Моему Дому» и стала очередным примером его «блестящей и верной службы». Но ни слова не было сказано о том болезненном впечатлении, которое осталось у людей после венской похоронной церемонии.
