Траурный поезд мчался сквозь ночь, мимо станций, на которых почетные караулы стояли по стойке «смирно» и отдавали прощальный салют, а полковые оркестры исполняли траурные мелодии. Во вторник вечером 30 июня гробы подняли на борт Viribus Unitis, готовящегося отправиться в Триест. Под звуки салюта пушек и звон городских колоколов морские офицеры разместили гробы на корме корабля под навесом и замерли в почетном карауле. Личный флаг корабля покрывал гроб эрцгерцога, а флаг военно-морских сил — гроб Софии; был приспущен личный штандарт Франца Фердинанда. Взбивая серебристую пену волн, в сопровождении военно-морского конвоя дредноут быстро удалялся от земли, а его черный вымпел развевался в багровых лучах заката. Кораблю потребовалось двадцать четыре часа, чтобы добраться до Триеста; Монтенуово настоял на том, что гробы с телами должны оказаться в Вене не раньше наступления темноты следующего дня. Исполняя указания, полученные из Вены, корабль дожидался наступления темноты, так Франц Фердинанд и София встретили четырнадцатую годовщину со дня их свадьбы. Незадолго до восьми утра 2 июля береговой корабль доставил их тела с дредноута на берег, раздался залп из пушек и зазвонили колокола.
Несмотря на сложные чувства, которые люди испытывали к Францу Фердинанду при его жизни, его убийство и особенно убийство его жены изменили общественное мнение. Если раньше эрцгерцога презирали и боялись, то смерть придала ему ореол мученика и, казалось, смыла большую часть антипатии. Широкой волной разлилось возмущение по поводу произошедшего и появилось сочувствие к погибшим; все большее количество людей собиралось, чтобы отдать свой последний долг. Так происходило, когда они покидали Сараево, и продолжалось на всем пути следования до Триеста. Теперь, когда похоронная процессия двинулась через город до Южного вокзала, огромные толпы людей собрались под палящим солнцем. В Триест был отправлен личный железнодорожный вагон эрцгерцога, тот самый, у которого сгорела ось, когда супруги только покидали Хлумец. Генрих Стаклер, персональный кондуктор Франца Фердинанда, расстроенный тем, что подвел своего хозяина, сейчас смотрел, как гробы грузили в другой вагон. И наконец они начали свое путешествие в Вену. Так началось то, что один историк назвал «стратегией административной мелочности» Монтенуово, направленной против погибших. Как рассказывал барон Альберт фон Маргутти, похороны «вызвали серьезные затруднения. Было непросто найти прецедент для погребения покойного эрцгерцога и его морганатической супруги в соответствии с правилами придворного церемониала». Хотя «они пытались сделать все как можно лучше, — вспоминала принцесса София, — лучше бы они это не делали». Общественное мнение не было столь же лояльным: один австрийский генерал охарактеризовал траурную церемонию как «фанатичную попытку устранить погибшего эрцгерцога из сферы его прежней деятельности как можно скорее, и если получится, из памяти современников».
Все планы Монтенуово касались только Франца Фердинанда. Эрцгерцогу были предоставлены государственные похороны в Вене. В соответствии с его положением наследника престола и рангом генерал-инспектора императорской армии ему полагались все военные церемонии, до того как он присоединится к остальным Габсбургам в склепе Капуцинов. Что же касалось тела Софии, то Монтенуово считал, что оно всецело принадлежит ее семье и они могут делать с ним что хотят.
Этот план, основанный на холодном расчете, изменился после того, как Монтенуово открыл завещание эрцгерцога и узнал, что тот хотел быть похороненным в замке Артштеттен. Учитывая эти открывшиеся обстоятельства, настаивал Монтенуово, нет необходимости проводить траурную церемонию в Вене. В имперской столице могли провести некоторые траурные службы по отношению к эрцгерцогу, но тело Софии должно было быть сразу доставлено в Артштеттен. Ни при каких обстоятельствах морганатическая жена эрцгерцога не могла лежать рядом со своим мужем в императорской часовне во дворце Хофбург. Когда об этом плане узнали мачеха Франца Фердинанда Мария Тереза и новый наследник эрцгерцог Карл, они пошли к Францу Иосифу и высказали свои возражения. С неохотой, но император все же согласился с тем, что траурная церемония захоронения Франца Фердинанда и Софии будет проведена в Вене.
Похороны были не похожи на все, что когда-либо приходилось видеть Вене. Роль императора в планировании траурной церемонии давно уже стала предметом ненужных дискуссий. Как Монтенуово был одержим вопросами этикета, которые доставляли столько унижений Софии при жизни, так и Франц Иосиф был бессильным заложником традиции. На протяжении всего своего правления он всегда старался лично принимать участие в торжествах по важным поводам и рассматривал мельчайшие детали, будь это крестины, свадьбы или похороны. Так произошло и в случае траурной церемонии погребения Франца Фердинанда и Софии. Монтенуово уже не раз подвергался осуждению со стороны как современников, так и исторической критики. Но вечером 29 июня план церемонии был утвержден лично императором, а позднее он публично подтвердил, что она была проведена «в соответствии с моими намерениями». Таким образом, траурная церемония была таким же выражением желаний старого императора, как и презрения и ненависти Монтенуово к этой паре.
Королевские дворы Европы погрузились в траур: Великобритания на неделю, Россия на две, Германия и Румыния на месяц. Думая, что смерть наследника престола Австро-Венгрии будет означать государственные похороны, члены королевских семей Европы начали планировать свое участие в траурной церемонии. Король Румынии Кароль сообщил, что он приедет; король Георг V попросил своего дядю Артура, герцога Коннаутского, присутствовать на похоронах; великий князь Николай Николаевич должен был представлять царя Николая II, а король Италии Виктор Эммануил сообщил, что хотел бы лично принести последнюю дань уважения. Кайзер Вильгельм вообще заявил, что он и его брат принц Генрих будут присутствовать на церемонии в Вене.
И вдруг было объявлено, что никакие иностранные представители приглашены не будут. Официальной причиной было заявлено состояние здоровья императора. Монтенуово обратился в консульства других стран с этим объяснением, говоря, что оно продиктовано стремлением «не напрягать подорванное здоровье Его Величества необходимостью соблюдения требований протокола»; страны и королевские дома должны послать в Вену только своих послов или министров. Франц Иосиф действительно опасно болел бронхитом несколькими месяцами ранее, но его здоровье восстановилось к 23 мая, о чем заверили общественность его врачи и в чем убедил Франца Фердинанда Монтенуово, когда эрцгерцог пытался использовать предлог плохого здоровья императора, чтобы отменить свою поездку в Сараево. С момента этого объявления и похоронами прошло шесть недель: британский посол Морис де Бунзен даже сообщил в Лондон, что «к счастью, Его Величество уже так же здоров и полон сил, как и прежде».
Бунзен отмечал, что при императорском дворе было широко распространено недовольство тем, что «присутствие иностранных принцев будет доказательством всеобщей симпатии, которой пользовался эрцгерцог за пределами своей страны». Все стало складываться крайне неудачно. Король Румынии, уже отправившийся в дорогу, повернул обратно у австрийской границы, узнав о желании Вены. Несмотря на эти пожелания, кайзер заявил, что хотел бы приехать как друг покойного и ему не требуется официального приглашения. Это было совсем не то, что хотели услышать в Вене, и вскоре Вильгельм был предупрежден о готовящемся против него в Вене «заговоре». При таких обстоятельствах его визит был бы крайне неосмотрительным. Никакого заговора в действительности, конечно, не существовало, кайзер все же продолжал настаивать на своем посещении Вены. Но сопротивление австрийских властей оказалось настолько сильным, что ему пришлось отказаться от этой идеи. Чтобы скрыть свою растерянность и смущение, кайзеру даже пришлось заявить о том, что у него случился приступ люмбаго и он не сможет поехать.
