В 1911 г. Брош оставил канцелярию и вернулся в регулярную армию, но эрцгерцог не прекращал с ним общения, спрашивал его совета и заверял в вечной дружбе. После того как он признался в том, что оставил пост, чтобы проводить больше времени со своей больной невестой, Франц Фердинанд написал ему:
«Мои самые теплые пожелания, и спасибо вам за ваше длинное и подробное письмо. Ваше поведение удивило меня до чрезвычайности, и я должен был бы отругать вас за то, что вы так долго не делились со мной заботами своего сердца. Это печалит меня. Как невообразимо долго вы носили в себе свое горе, пока служили мне самым преданнейшим образом! Та величайшая жертва, которую вы принесли мне, ничего не рассказывая о своих тревогах, наполняет мое сердце глубочайшим уважением к вам теперь, когда я знаю ваши благородные намерения и то, что пришлось вам пережить! Если бы я только знал о тех заботах, с которыми вы столкнулись в связи с тяжелой болезнью вашей невесты осенью, я бы, конечно, дал вам отпуск. И сейчас я искренне жалею, что не знал того, что вас так беспокоило. Вот почему, испытывая потребность в ваших услугах, я послал вам вызов! Дорогой Брош, я благословляю вас и вашу невесту от всего сердца и желаю вам всего наилучшего и удачи… И еще раз, я посылаю вам самые теплые искренние пожелания счастья от лица моей супруги и детей. Пожалуйста, дайте мне знать, когда состоится ваша свадьба, так как нам очень хотелось бы разделить с вами этот радостный день, в который вы найдете свое счастье и покой, и выразить вам лично наши самые теплые пожелания».
Полковник Карл Бардольф заменил Броша на должности начальника канцелярии и остался бороться с растущим возмущением, направленным против собственного секретариата императора. Военная канцелярия во многом играла роль своего рода теневого правительства, готовя чиновников, военных и политиков, имеющих свое собственное мнение, и пыталась формировать политику будущего. Как писал один историк, Франц Иосиф «рассматривал ее как альтернативный политический центр в Бельведере и как угрозу, способную изменить принципы его монархии. Он не собирался делить полномочия своего правительства». Так, в 1907 г. во время пересмотра австро-венгерского соглашения Франц Иосиф приказал своим чиновникам не предоставлять полную информацию Францу Фердинанду и отказать его канцелярии в доступе к государственным бумагам. Возможно, император просто хотел не допустить неприятных сцен или дипломатических инцидентов, но его действия подтвердили лишь худшие опасения эрцгерцога: его дядя намеренно держал его в неведении относительно таких важных вопросов, которые в один прекрасный день, возможно, станут его ответственностью. Соперничество между ведомствами дяди и племянником было таким острым, что секретариат Франца Фердинанда даже называли «Оппозиционным кабинетом». Бывший премьер-министр Эрнест фон Кёрбер заметил как-то со знанием дела: «У нас не только два парламента, но даже два императора!»
Антипатия императора не давала Францу Фердинанду возможности применить свою энергию и таланты на практике. Франц Иосиф, говорил Маргутти, считал «абсолютно невозможным» сотрудничать со своим племянником. Он не мог понять его взглядов, а идеи реформирования старой империи считал неприемлемыми. Ходили даже слухи, что Франц Иосиф пытался подкупить своего племянника, чтобы тот уступил свою очередь в наследовании престола, и избегнуть таким образом его катастрофического правления.
Дядя и племянник никогда не были близки, а морганатический брак эрцгерцога только усилил отрицательное отношение к нему императора. Императору казалось, что Франц Фердинанд слишком независим, либерален и непостоянен; он подозревал его в жажде власти и беспокоился, что он мог разрушить хрупкий баланс сил, объединяющий империю. Эрцгерцог, в свою очередь, жаловался на то, что император относился к нему как к «самому низшему служащему» его двора. Пропасть лежала между обоими мужчинами: один не мог видеть дальше традиций и архаичных устоев, а другой не знал, как умерить свой темперамент и сделать собственные взгляды убедительными для консервативного императора. Они не могли понять друг друга.
Эрцгерцог, как вспоминал Маргутти, неоднократно предлагал дяде «многие полезные предложения. Со временем они становились все более ценными, но его дядя слишком легко хоронил себя в деталях и мелочах и уже не мог разглядеть за деревьями леса. Сотрудничество с Францем Фердинандом могло бы стать для старого императора очень полезным, и он мог бы извлечь из него неожиданные преимущества». Но этого не происходило. Франц Иосиф был слишком старым и уже не мог отказаться от своих консервативных взглядов в пользу новых альтернатив. Будучи убежденным, что он все знает лучше своего племянника, оставался глух к его новым идеям.
Франц Фердинанд не раз предлагал радикально модернизировать архаичный Императорский департамент уделов, в чьем ведении находились финансы династии. При изучении дел различных сословий, доходов и инвестиций Франц Фердинанд обнаружил, что в департаменте в полный рост процветали коррупция, растраты и некомпетентность. Когда император отказал ему в аудиенции по рассмотрению этого вопроса, Франц Фердинанд изложил факты своего расследования в десятистраничном докладе. На его страницах он также предлагал меры по борьбе с растратами, направленные на увеличение доходов. Франц Иосиф встретил эту идею с холодом. «Я узнал от князя Монтенуово, — писал император, — что вы имеете свои соображения относительно фонда семьи. Теперь мне есть что вам ответить… Я рассмотрел вопрос со всех сторон и должен вам ответить, что как опекун, несущий ответственность за общий фонд семьи, я не могу позволить ваши эксперименты. Система управления фондом служила нам на протяжении многих лет и не может быть так просто отменена».
«Франц Иосиф, — рассказывала правнучка эрцгерцога принцесса София, — поступал с ним так же, как и с Рудольфом: просто не сообщал ему многих вещей. Между ними было очень мало общения, так что часто он не мог понять, что происходит, и сообщить об этом императору». Франц Фердинанд жаловался, что ему приходилось «узнавать все из газет», что император «никогда не слушает его» и что он «рассказывает ему меньше, чем самому низшему лакею». Он был безмерно расстроен. «Его страстные желания встречались с холодной сдержанностью, а его ясное видение было приговорено к бессильности наблюдателя, — рассказывал один чиновник. — Подавление его энергии разрушало ему нервы, и он мучился страхом, что когда придет на трон, будет бессилен что-либо сделать, и все может стать уже безнадежно неправильным».
И все же Франц Фердинанд был полностью исполнен лояльности, уважения, преданности и даже набожности по отношению к своему дяде. «Вы знаете, — писал он однажды графине Фуггер, — с каким почтением и уважением я отношусь к моему императору. Именно эта большая любовь вызывает мои внезапные порывы, в которых я высказываю собственные взгляды на политику, на домашние и иностранные дела, ибо я надеюсь таким образом послужить моему императору и моей стране». Он искренне верил, что Бог выбрал Франца Иосифа, чтобы править (как, видимо, и в то, что Бог в один прекрасный день выберет и его на эту роль), и старался осторожно выступать со своими идеями. Эрцгерцог ненавидел тот факт, что его дядя часто уступал в спорах с политиками только для того, чтобы избежать неприятных столкновений. Но он никогда не критиковал Франца Иосифа: он признавал и поддерживал все решения императора, продолжая испытывать к своему дяде чрезвычайное уважение. Айзенменгер рассказывал о Франце Фердинанде, что его «династические, религиозные, монархические и военные взгляды исключали какое-либо враждебное отношение к императору». «Он не был человеком, легко расстающимся со своим мнением, и все же я никогда не слышал, чтобы он позволил себе хотя бы один намек в эту сторону. Напротив, он был счастлив, если его слова удостаивались похвалы или благодарного слова императора». Внук эрцгерцога Георг, герцог Гогенберг, добавлял: «Предпринять какие-то шаги против императора, по политическим или каким-то другим мотивам, никогда не могло даже прийти ему в голову… Выступать против императора или его команды, или даже просто ссориться с ним, — это было для него невозможным и немыслимым».