После прогулок по музеям, посещения пирамид и совершения покупок на каирском базаре эрцгерцог взял в аренду лодку для совершения путешествия по Нилу. На первых порах это принесло приятную смену декораций: широкое и спокойное течение реки, нищие дети, собирающие прибрежный камыш, луна, поднимающаяся над древними монументами. На борту судна проходили даже выступления группы танцовщиц, хотя Франца Фердинанда это и не забавляло. Со временем его лодка стала для него похожей на тюрьму. «Если бы кто-нибудь знал, как я страдал от одиночества на борту этого орудия пытки XIX века! — писал он своей мачехе. — Нельзя описать словами, как я скучал по вам все это долгое время… А теперь я целую ваши руки и безумно жду вашего прибытия, которое спасет меня от этого бреда сумасшедшего!»
Его состояние постепенно улучшилось, хотя эрцгерцог порядком уже устал от своей болезни. Он совершил путешествие в Ривьеру, где завел дружбу с больным туберкулезом великим князем Георгием Александровичем, братом царя Николая II. Он был очень удивлен тем, что Георгий мог делать все, что ему вздумается, в то время как его жизнь находилась под контролем Айзенменгера. «Он ходит в казино, в театр и на балы, — жаловался он Айзенменгеру, — в то время как я живу фактически под замком. Я не буду больше подчиняться!» Но заботами Айзенменгера Франц Фердинанд был фактически спасен, в то время как великий князь в конце концов умер, однако эрцгерцог видел только негативные стороны своей изоляции. Газетная вырезка из будапештской газеты, попавшая к нему в руки, ничем не улучшила его настроения. В статье сообщалось, что эрцгерцог серьезно болен; если он умрет — венгерские борцы за свободу будут счастливы. «Для меня это является решительно непонятным, — писал он в гневе. — И такое возможно только в Венгрии, когда одной из самых читаемых газет страны, в которой еще правит монархия, разрешается на своих страницах печатать такой унизительный текст, позорящий Правящий Дом». Это событие лишь еще больше укрепило его предубеждение к своим будущим венгерским подданным.
В мае 1896 г. медицинская ссылка уступила место семейной необходимости. Карл Людвиг со своей семьей после посещения Франца Фердинанда в Египте предпринял путешествие в Палестину. Там, игнорируя предупреждения и находясь, по всей видимости, в религиозном экстазе, он пьет воду из реки Иордан; в Вену он возвращается уже больным тифом. Сообщение от мачехи заставило Франца Фердинанда срочно сесть на экспресс, идущий домой, но, прежде чем он добрался до Вены, пришло известие, что его отец скончался. Смерть отца в сочетании с болезнью и напряженной обстановкой в Вене чуть не сломили Франца Фердинанда. Опасаясь рецидива, императрица поспешила отослать эрцгерцога подальше от столицы, чтобы продолжить его лечение.
Череда событий, произошедших в Вене во время его отсутствия, окончательно укрепила нелюбовь Франца Фердинанда к императорскому двору в целом и в частности к принцу Альфреду де Монтенуово (Alfred de Montenuovo), императорскому обергофмейстеру и лорду верховному камергеру. Лежал ли в основе дальнейших событий непредсказуемый темперамент эрцгерцога? Или опасения людей, видевших в эрцгерцоге или опасного либерала, который стремился разрушить старый порядок, или фанатичного реакционера, представлявшего опасность стабильности трона? Или причиной стали болезни эрцгерцога, побудившие многих списать его со счетов? В случае последнего варианта эрцгерцог предполагал, что его «враги при дворе и в политике», пользуясь его заболеванием, хотели «изолировать его» и «сделать его импотентом». Монтенуово, думал Айзенменгер, с радостью воспримет «самые жесткие меры» и уже видит эрцгерцога «среди мертвых». Он объединился вместе с министром иностранных дел графом Агенором Голуховским (Agenor Goluchowski) в попытке устранения Франца Фердинанда и возведения на престол его младшего брата Отто.
Идея была абсурдной. К 1896 г. Отто признавался всеми как самый бесчестный из эрцгерцогов Дома Габсбургов, «один из самых страшных живущих людей», — утверждал один аристократ. После его брака без любви на принцессе Марии Йозефе (Maria Josepha), дочери короля Саксонии Георга, Отто был крайне неверным супругом и даже не пытался скрывать факты посещения борделей и соблазнения женщин по всей столице. Франц Иосиф отказался вмешиваться. Он всегда отдавал предпочтение Отто перед холодным Францем Фердинандом и прощал поведение своего племянника, говоря, что это не более чем «юношеские глупости».
В Хоффбурге Франц Фердинанд имел лишь несколько небольших комнат; Голуховский уговаривал императора, чтобы отдать Отто огромный дворец Аугартен, чья внушительная резиденция хорошо подходила для возможного наследника престола. Франц Фердинанд игнорировался, а Отто получил дом и личных слуг. Франц Фердинанд оставался в тени, а Отто выполнял общественные обязанности от имени императора и даже принимал официальные отчеты министров правительства. В 1896 г., когда царь Николай II и его жена приехали с официальным государственным визитом в Вену, Франц Фердинанд был демонстративно исключен из списка лиц, допущенных на императорские приемы и ужин; в следующем году для ответного визита в Санкт-Петербург Франц Иосиф взял с собой вместо Франца Фердинанда Отто.
Такие публичные оскорбления не остались в Вене незамеченными. Слухи утверждали, что Франц Фердинанд будет скоро исключен из престолонаследования, а популярные газеты говорили, что он едва цеплялся за жизнь. Все это, настаивал он, делалось для того, чтобы «похоронить его заживо». Франц Фердинанд жаловался графине Норе Фуггер: «Вы должны понять, что в этой жалкой и унизительной ситуации, в которой я оказался как наследник престола, находящийся, так сказать, на оплачиваемом отпуске, я не хочу показываться в Вене и чего-то там добиваться. Кажется невероятным, что Голуховский и его последователи, считающие, что действуют ради какого-то высшего блага, оскорбляют меня, отдаляют меня и просто убивают меня морально». Он не обвинял слабохарактерного Отто, но вымещал свой гнев на стоящих за ним чиновниках. «Я больше не берусь в расчет и просто игнорируюсь. Если бы они хотя бы спросили меня, как я отнесусь к тому, что обязанности, которые я не могу выполнять из-за своей болезни, будут возложены на моего брата Отто, — я бы так не расстраивался. Но все решается за моей спиной и так, словно бы я уже умер».
Вопреки ожиданиям и даже надеждам, Франц Фердинанд поправлялся. Болезнь все больше отступала, худоба проходила, грудь стала широкой и мускулистой, лицо перестало быть бледным и вытянутым. Когда эрцгерцог посетил Лондон в 1897 г., на шестидесятилетний юбилей королевы Виктории, герцогиня Эдинбургская отмечала, что «он превратился в упитанного, здорового человека». В марте 1898 г. венские газеты сообщили, что Франц Фердинанд по просьбе императора приступил к исполнению ряда государственных обязанностей и что ему было разрешено использовать великолепный дворец Бельведер в Вене, а его личный штат также переселился в новую резиденцию.
Несмотря на произошедшие изменения, Франц Фердинанд так и не получил титул наследного принца. Всем было понятно, что он будет наследовать престол, но казалось, что Франц Иосиф просто не хотел предоставить племяннику титул, который когда-то принадлежал Рудольфу. Когда Франц Фердинанд заводил речь о будущем, Франц Иосиф всегда останавливал его. Император ненавидел неприятные ситуации и относился без особой симпатии к своему племяннику, чувствуя себя достаточно неловко, когда заходила речь о необходимости обсудить его будущую роль. «Я также, как и вы, — признавался он Францу Фердинанду, — уже давно чувствую необходимость обсудить с вами все вопросы, которые вы поднимаете в своем письме, и многое другое. Я воздерживался от этого, так как вы нездоровы, и это может повредить вашему здоровью, так как наш разговор будет серьезным и не во всем слишком приятным; надеюсь, однако, что это поможет убедить вас, что я хочу только того, что будет лучшим для вас самого, хотя я всегда должен иметь в виду мой долг перед монархией и ответственность за благосостояние нашей семьи».
