По решению Реввоенсовета Республики от 17 ноября при реввоенсоветах фронтов и армий и при штабах дивизий создавались полевые комиссии по борьбе с дезертирством, в состав которых входили комиссар штаба, представители соответствующего политотдела и особого отдела. На эти комиссии возлагалась «вся борьба с дезертирством во фронтовой и прилегающей к фронту полосе с уведомлением о том Центрокомдезертир».
Несмотря на имевшие место факты дезертирства и неподчинения боевым приказам, боеспособность войск Красной Армии к концу 1919 г. была в целом высокой. Этому способствовали меры по улучшению снабжения частей всеми видами довольствия, боеприпасами и оружием, активизации партийно-политической работы, укреплению командного состава и др. В результате Красная Армия в январе 1920 г. разгромила армию адмирала A.B. Колчака, а к концу марта завершила разгром Вооруженных Сил Юга России. В ходе боевых действий применялись заградительные отряды, сформированные не только из частей регулярной армии, но и из войск вспомогательного назначения, — в первую очередь Войск охраны Республики (ВОХР). В соответствии с приказом № 7/с начальника войск ВОХР от 12 января 1920 г. они вели борьбу со всеми дезертирами, проезжавшими по железным дорогам и находящимися в районе расположения заградительных отрядов. Заградительные отряды, созданные в действующей армии, по-прежнему использовались в ближайшем тылу. Так, командир заградительного отряда 50-й Таманской стрелковой дивизии С.П. Стерликов вспоминал: «Назначение этого отряда состояло в очищении тыла Красной Армии от дезертиров, накоплявшихся в удобных для них местах в большом количестве, и, будучи вооружены, превращались в банды, грабившие население, нападавшие на местные органы власти, а иногда даже на тыловые органы Красной Армии. Ликвидация таких групп банд сопровождалась настоящими боями с людскими потерями. В задачи заградительного отряда входила также ликвидация белогвардейских вооруженных групп, оставляемых белыми войсками при их отступлении. Ликвидация этих групп также сопровождалась боями».
Весной 1920 г. обострилась обстановка на западе страны, где польская армия 17 апреля перешла в наступление, нанесла поражение войскам Юго-Западного фронта и 6 мая захватила Киев. С целью отвлечь внимание противника с Украины Главное командование Красной Армии предприняло 14 мая контрнаступление в Белоруссии силами Западного фронта. При подготовке его войск к операции в Смоленск, где находился штаб фронта, прибыл Л.Д. Троцкий. 9 мая он провел совещание с командным составом и комиссарами Западного фронта.
— Первое — создать заградительные отряды с таким расчетом, — говорил Лев Давидович, — чтобы каждое крупное воинское соединение имело за своей спиной хотя бы тонкую, но прочную и надежную сетку заградительных отрядов, умело и централизованно управляемых в соответствии с оперативными заданиями данного воинского соединения. Легкость и безнаказанность дезертирства способны разъесть самую лучшую часть. Молодой солдат, пытающийся вырваться из огня, в который попал впервые, должен встретить твердую руку, которая властно возвращает его назад с предупреждением о суровой каре всем нарушителям боевого долга. Удирающий шкурник должен наткнуться на револьвер или напороться на штык. Во главе заградительных отрядов должны стоять работники твердой воли и испытанного мужества. Начальник всех заградительных отрядов дивизии непосредственно подчиняется командиру и комиссару дивизии. Начальник заградительных отрядов армии — реввоенсовету армии. Второе — необходимо привести работу революционных военных трибуналов в действительное соответствие с суровой ответственностью всей обстановки… Смертельная угроза, снова нависшая над рабоче-крестьянской Россией, влечет за собой неминуемую угрозу смерти всем тем, кто не выполняет своего воинского долга. Наиболее суровым карам подлежат комиссары и командиры, обнаруживающие недостаток мужества, твердости и исполнительности.
В соответствии с указаниями Л.Д. Троцкого Главком С.С. Каменев принял меры по усилению войск Западного фронта заградительными отрядами. В разговоре по прямому проводу 27 мая с командующим фронтом М.Н. Тухачевским он просил его определить, «куда направить последние пять заградительных отрядов». М.Н. Тухачевский попросил направить три заградительных отряда в 16-ю армию и два — в 15-ю армию.
Наступление войск Западного фронта завершилось неудачей. Однако польское командование было вынуждено перебросить часть сил с Украины, что позволило Юго-Западному фронту перейти 26 мая в контрнаступление и 12 июня освободить Киев. Часть сил фронта (13-я армия) в это время вела борьбу с прорвавшимися в начале июня соединениями Русской армии генерала П.Н. Врангеля из Крыма в Северную Таврию. В это время снова участились случаи дезертирства из Красной Армии. По инициативе Л.Д. Троцкого Политбюро ЦК РКП (6)4 июня постановило:
«… 4) Возложить на местные партийные, советские организации обязательство всемерной напряженной работы по извлечению дезертиров и уклонившихся в течение июня месяца для направления их в запасные части. Организациям ЧКа и ВОХРА в согласии с Комдезертирами (комиссии по борьбе с дезертирами) сосредоточить все свои силы на извлечение дезертиров.
5) Всемерно усилить меры расправы со всеми элементами, подрывающими обороноспособность Советской республики в ее борьбе против нового союза белогвардейщины…».
Укрепление войск Западного и Юго-Западного фронтов, улучшение их снабжения оружием и боеприпасами, повышение эффективности агитационно-пропагандистской работы, а также проведение ряда жестких мер по наведению порядка в частях и соединениях позволили в начале июля 1920 г. возобновить наступление против польской армии. Войска Западного и Юго-Западного фронтов нанесли поражение противнику и в начале августа вышли к Западному Бугу, форсировали реку Стырь и стали угрожать Варшаве и Львову. Однако в середине августа польская армия перешла в контрнаступление, опрокинула части обоих фронтов и отбросила их назад.
В Северной Таврии успех также был на стороне противника. Русская армия генерала П.Н. Врангеля в первой половине октября активизировала свои действия против войск Южного фронта, которым командовал М.В. Фрунзе. В этой связи Л.Д. Троцкий в своем письме в ЦК РКП (б) от 10 октября отмечал, что состояние Южного фронта вызывает у него опасение, и предлагал создать на фронте систему заградительных отрядов.
О том, как велась борьба с дезертирами на Южном фронте, свидетельствует Н. Бирюков в статье «Политическое обеспечение разгрома Врангеля». Он пишет: «…Борьба с дезертирами велась в 3 направлениях: 1) агитационно-пропагандистской работой; 2) работой комиссий по борьбе с дезертирством, создаваемых в армиях и дивизиях; карательные меры этих комиссий определялись в каждой части на специальном политическом совещании из представителей военного командования, политического отдела, Особого отдела ВЧК, революционного военного трибунала и самих комиссий по борьбе с дезертирством; 3) действиями заградительных отрядов, выделенных специальным приказом командующего Южным фронтом от 9 октября 1920 года из расчета: одна рота для стрелковой дивизии, один кав. эскадрон для кавалерийской дивизии».
Исходя из этого, нельзя согласиться с автором статьи «Переосмысление истории Гражданской войны» В. Баженовым, который пишет о том, что разговоры об имевшихся заградительных отрядах на Южном фронте РККА осенью 1920 г. — «обыкновенная ложь» В задачу заградительных отрядов, отмечает Н. Бирюков, входила также и борьба с возможной паникой в части. Руководство этими отрядами было возложено на комиссаров штабов.
