В.И. Ленин 6 мая 1919 г. потребовал от реввоенсовета Южного фронта принять энергичные меры и подавить восстание на Дону. На Южный фронт снова прибыл Л.Д. Троцкий, по указанию которого в район восстания были направлены 33-я стрелковая дивизия, запасная бригада, кавалерийский и два артиллерийских дивизиона, началось формирование заградительных отрядов из коммунистов. Одновременно значительные силы Украинского фронта (части 1, 2, 3-й Украинских советских армий, гарнизоны Харьковского военного округа, военные школы, Днепровская военная флотилия) провели операцию по разгрому отрядов H.A. Григорьева. Для прикрытия стыка с правым крылом Южного фронта была выделена только одна бригада Н.И. Махно. Этим воспользовался противник, легко опрокинувший ее и захвативший к концу мая станцию Миллерово. Н.И. Махно, потерпев поражение, принял решение о формировании самостоятельной повстанческой армии. В этой связи Л.Д. Троцкий 6 июня в приказе № 107 отмечал: «…Всем военным властям и заградительным отрядам, высланным по моему распоряжению, отдан приказ ловить всех тех предателей, которые самовольно покидают свои части и перебегают к Махно, и предавать их Революционному трибуналу как дезертиров для суда по законам военного времени. Им кара может быть только одна — расстрел».
Н.И. Махно, чувствуя, что сила не на его стороне, да еще под впечатлением разгрома H.A. Григорьева, предпочел капитулировать.
Одновременно усложнилась обстановка и на северо-западе России, где северный корпус генерала К.К. Дзерожинского создал угрозу Петрограду, который обороняли войска 7-й армии Западного фронта. В целях восстановления положения под Петроградом принимались различные меры, в том числе и карательные. Заместитель председателя РВСР Э.М. Склянский 19 мая докладывал Л.Д. Троцкому: «Сталин (уполномоченный Совета Обороны в Петрограде. — Авт.) сообщил: фронт приводится в порядок, посланы 3 карательных роты в Лугу, Гатчину и Красное Село. Зиновьев (председатель Петроградского совета. — Лет.) выезжает в Лугу, Сталин в Старую Руссу, рассеянная шестая дивизия перехвачена и приводится в порядок, комдив, проявивший трусость, — смещен».
Однако не только измена H.A. Григорьева, попытка Н.И. Махно создать свою армию, недостатки в организации и ведении боевых действий сказывались на боеспособности Красной Армии. По-прежнему существенными были масштабы дезертирства и уклонения от явки на призывные пункты. Так, в октябре 1918 г. — апреле 1919 г. на призывные пункты не явилось 917 тыс. человек, или 25 % от общего числа граждан, подлежавших призыву. В целях усиления борьбы с дезертирством Политбюро ЦК РКП (б) 23 апреля 1919 г. постановило «развить самую широкую агитацию против дезертирства» и поручило Совету Обороны разработку планов дальнейшей агитации. О результатах выполнения этого постановления можно судить поданным, приведенным в книге С. Оликова «Дезертирство в Красной Армии и борьба с ним». «Первые две недели оперативно-карательной и агитационной деятельности комиссий дали 31 683 задержанных и добровольно явившихся дезертиров, — пишет он. — Следующие две недели дали 47 393 дезертира. В некоторые месяцы удавалось задерживать до ста тысяч дезертиров. Только насилие, угроза расстрела (и многих беспощадно расстреливали) заставляли тысячи людей вновь возвращаться на фронт». Совет Обороны, выполняя решение ЦК РКП (б), принял 2 июня постановление о борьбе с дезертирством, которое 4 июня было опубликовано в газете «Известия». В целях окончательного искоренения укрывательства от мобилизаций и дезертирства из рядов Красной Армии Совет Обороны предписывал освобождать от суда и наказания дезертиров, добровольно явившихся в течение 7 дней со дня опубликования постановления. Не явившиеся в течение этого срока считались «врагами и предателями трудящегося народа» и приговаривались к строгим наказаниям, вплоть до расстрела. Революционные трибуналы и губернские комиссии по борьбе с дезертирством имели право конфисковать все имущество или часть имущества дезертиров, лишать навсегда или на срок всего земельного надела или части его и т. п. На семьи дезертиров и на волости, села и деревни, виновные в укрывательстве, могли налагаться денежные штрафы. В постановлении имелись и пункты, не предназначенные для публикации, в том числе: «…6) Центральной комиссии по борьбе с дезертирством поручается дать указание местным комиссиям, что поимка дезертиров не приостанавливается».
Пока в Совете Обороны и Реввоенсовете Республики принимались решения по усилению борьбы с дезертирством, Л.Д. Троцкий совместно с командованием Южного фронта продолжал наводить порядок в войсках. 9 июня начальник штаба Южного фронта бывший генерал П.Н. Пневский направил начальнику военных сообщений фронта, командующим 8-й армией и экспедиционными войсками телеграмму следующего содержания:
«По линии железной дороги Миллерово — Лиски движутся отбившиеся от штабов и частей массами красноармейцы различных частей. Местные заградительные отряды по линии не справляются с задачей приостановки этого движения. В большинстве это не дезертиры, а люди отбившиеся, усталые, лишенные твердого руководства. Движение это деморализует все попутные даже здоровые элементы. Командюж приказывает начВОСОюжу немедленно организовать из войск железнодорожной охраны сильный отряд человек в сто при энергичном полковом начальнике, коему заградить этому потоку движение на север. Отряд поставить в каком-либо удобном пункте на линии между Евстратовской и Лиски. Задерживать всех отбившихся и стремящихся уехать на север, приводить их в порядок и возвращать в свои части. Этому отряду войти в связь с имеющимися на местах заградительными отрядами и организовать надежное перелавливание всех беглецов, привлечь к этому все войска желдорожной охраны участка Лиски, Евстратовка, организовать сборные пункты и довольствие на них для задержанных».
На следующий день, 10 июня, Л.Д. Троцкий направляет телеграмму реввоенсовету 13-й армии Южного фронта: «Снова обращаю ваше внимание на то, что при нынешнем состоянии разложившихся и развращенных частей оздоровить армию можно только мерами исключительной энергии и строгости, не останавливаясь перед истреблением десятков, сотен негодяев, провоцирующих части на отступление. Политика реввоенсовета 13-й армии была явно слаба. Необходимо обеспечить надлежащий состав трибунала, подтянуть заградительные отряды, не оставляя безнаказанным ни одного преступления, особенно командного состава. Число членов трибунала увеличить для выездных сессий. Расследование должно длиться по возможности не более 24 часов. За коллективное преступление коллективная ответственность, т. е. через 10-го, через 5-го. После первой беспощадной чистки можно перейти к условному осуждению».
Но не только расстрелы, чистки и условное осуждение были, по мнению Л.Д. Троцкого, эффективными мерами борьбы с дезертирством. Он снова предложил ввести для дезертиров специальные отличительные знаки. «Отдать приказ, чтобы всех дезертиров обувать в лапти (выделено нами. — Авт.), — говорится в его телеграмме от 22 июня заместителю председателя РВСР Э.М. Склянскому. — Сапоги отправлять отдельно при препровождении дезертирской команды в ее часть. Дезертиров оставлять в лаптях на весь срок испытания. Обеспечить армию и округа соответственным количеством лаптей».
Этот вопрос был обсужден 28 июня на заседании Реввоенсовета Республики. В принятом постановлении говорилось:
