Наведение порядка в частях и соединениях возлагалось не только на реввоентрибуналы. Для этого создавались специальные подразделения, сформированные из коммунистов и наиболее надежных солдат и моряков. Так, 19 декабря 1917 г. начальник штаба Главнокомандующего красными войсками по борьбе с контрреволюцией на юге России бывший подполковник М.А. Муравьев в разговоре по прямому проводу с председателем Воронежского военно-революционного комитета A.C. Моисеевым требовал: «Именем революции призываю вас действовать энергично, где нужно и без пощады. Не должно быть никаких колебаний как со стороны войск, так и со стороны общественных организаций. Всякое такое колебание считайте враждебным действием против революции; и колеблющихся, и стоящих на неопределенной точке зрения и только мешающих нашим работам считать врагами революции и действовать против них хотя бы силой оружия… Заставьте войска, вроде 58-го полка, подчиниться революционной дисциплине, опираясь на надежные войска, присланные вам с севера…».
Наиболее твердо и неуклонно указания В.И. Ленина проводили в жизнь его соратники, в том числе Л.Д. Троцкий (Бронштейн), которому в отечественной историографии, как правило, приписывают всю честь создания заградительных и штрафных формирований в Красной Армии. Но здесь правильнее говорить не об инициаторе, а о проводнике политики партии большевиков в армии и на флоте. Л.Д. Троцкий был не только членом Политбюро ЦКРКП(б), но и с марта 1918 г. по январь 1925 г. руководил военным ведомством в должностях народного комиссара по военным и морским делам, председателя Высшего военного совета (март — сентябрь 1918 г.) и председателя Реввоенсовета Республики (с сентября 1918 г.). В постановлении ЦК РКП(б) «О политике военного ведомства», принятом 25 декабря 1918 г., отмечалось: «Ввиду того что в некоторых рядах партии распространяется мнение, будто политика военного ведомства есть продукт личных воззрений отдельных товарищей или отдельной группы (речь шла об Л.Д. Троцком. — Авт.) — причем такого рода заявления проникают на страницы партийной печати, — Центральный Комитет Российской Коммунистической партии считает необходимым в самой категорической форме подтвердить то, что для наиболее ответственных и опытных работников в партии не могло вообще стоять под сомнением, именно, что политика военного ведомства, как и всех других ведомств и учреждений, ведется на точном основании общих директив, даваемых партией в лице ее Центрального Комитета и под его непосредственным контролем». В своем выступлении 12 января 1920 г. на заседании фракции ВЦСПС В.И. Ленин следующим образом характеризовал своего верного соратника: «Если мы Деникина и Колчака победили, то тем, что дисциплина была выше всех капиталистических стран мира. Тов. Троцкий вводил смертную казнь, мы будем одобрять. Он вводил ее путем сознательной организации и агитации коммунистов».
Сам Л.Д. Троцкий, обосновывая необходимость репрессий, отмечал: «Нельзя строить армию без репрессий. Нельзя вести массы людей на смерть, не имея в арсенале командования смертной казни. До тех пор, пока, гордые своей техникой, злые бесхвостые обезьяны, именуемые людьми, будут строить армии и воевать, командование будет ставить солдат между возможной смертью впереди и неизбежной смертью позади. Но армии все же не создаются страхом. Царская армия распалась не из-за недостатка репрессий. Пытаясь спасти ее восстановлением смертной казни, Керенский только добил ее. На пепелище великой войны большевики создали новую армию. Кто хоть немножко понимает язык истории, для того эти факты не нуждаются в пояснениях. Сильнейшим цементом новой армии были идеи Октябрьской революции».
Усиление репрессий в армии и на флоте произошло в начале лета 1918 г., когда существенно осложнилась обстановка во многих регионах Советской России. В конце мая — июне войска генерала П.Н. Краснова предприняли наступление на Дону, стремясь вытеснить отряды большевиков из пределов Донской области. Казачьи части создали угрозу захвата Царицына, оборона которого была возложена на войска СевероКавказского военного округа. Военный руководитель округа бывший генерал А.Е. Снесарев 8 июня докладывал в Высший военный совет: «Войска не обучены, без опытного командного состава. Боевые приказы в некоторых случаях, по докладу одного из начальников отряда, исполняются «по соглашению», т. е. после обсуждения на митингах». Многие красноармейцы, отмечал Снесарев, «дальнейшим своим поведением, а в особенности проявленными ими на службе явно отрицательными нравственными качествами, заслуживают отчасти безусловного увольнения теперь же, а отчасти самого серьезного предупреждения о неминуемом увольнении их в случае неисправления поведения».
Л.Д. Троцкий, ознакомившись с докладом А.Е. Снесарева, телеграфировал 11 июня в Царицын, где находился штаб Северо-Кавказского военного округа: «Требую соблюдения строжайшей дисциплины. Хулиганы, озорники, мародеры должны беспощадно разоружаться и заключаться в тюрьму, а при сопротивлении — расстреливаться. Честные красноармейцы должны действовать только с рабочими и крестьянами всей страны. На начальников и комиссаров отрядов возлагаю ответственность за поведение их частей. Задача Красной Армии — охранять Дон и Кубань от внешних и внутренних насильников и обеспечивать продовольствие голодающей страны».
Ценой огромных усилий защитники Царицына при поддержке дивизий Ф.К. Миронова и В.И. Киквидзе, присланных командованием Южного участка отрядов завесы, сумели к началу сентября стабилизировать положение и отогнать противника от города.
Не менее сложной была обстановка и на востоке России. В конце мая 1918 г. здесь поднял восстание Отдельный Чехословацкий корпус под командованием генерала В.Н. Шокорова, который вскоре взял под свой контроль всю Транссибирскую железнодорожную магистраль. Успеху частей корпуса способствовало то, что в войсках, действовавших на востоке страны, на низком уровне находилась воинская дисциплина. В этой связи в приказе командующего Северо-Урало-Сибирским фронтом бывшего поручика Р.И. Берзина (Берзиньш) от 14 июня отмечалось: «… 4. По законам военного времени караются смертью: 1) измена Советской республике, 2) ведущие агитацию против Советской республики, 3) распространители печатно или устно провокационных слухов с целью вредить обороне Республики, 4) все шпионы и дающие сведения чехо-словакам и другим войскам о наших войсках, их силах и расположении, 5) всякое неисполнение приказов и распоряжений военных властей, 6) самовольное оставление позиций и т. п.».
Выступлением Отдельного Чехословацкого корпуса воспользовались противники большевиков, которые 22 июля захватили Симбирск, один из ключевых пунктов на Волге. Обстановка, сложившаяся на востоке, стала предметом обсуждения на заседании ЦК РКП (б). Его члены приняли 29 июля постановление, написанное Л.Д. Троцким. Этот документ стал основой для деятельности партийных, советских и военных органов в годы Гражданской войны. В нем отмечалось, что «недостаточная стойкость красноармейских частей объясняется тем, что 1) это во многих случаях молодые, наспех сколоченные и необстрелянные части; 2) красноармейским массам, вследствие крайне недостаточной агитации на местах, не всегда ясны смысл чехо-белогвардейского восстания и его грозная опасность для рабочей революции; 3) командный состав либо недостаточно опытен, либо ненадежен; 4) партийно-советские представители и, в частности, военные комиссары обнаруживают сплошь да рядом недостаточную революционную выдержку и преданность делу революции». В постановлении требовалось направить на восток лучшие, наиболее стойкие части, создать в войсковых частях на фронте и в тылу «твердые партийные ячейки с включением в них известного числа старых испытанных работников партии», установить непрерывный и бдительный контроль над недостаточно надежными лицами командного состава, подвергать суровой каре, вплоть до расстрела, комиссаров за побег илй измену командующего. Одновременно Совнарком РСФСР принимает декрет, в котором отмечалось, что «уклонившиеся от призыва лица подлежат суду военного трибунала».
