Бесчисленные трудности при вербовке и подготовке «вервольфов» были вызваны отсутствием у «Вервольфа» устойчивой бюрократической основы. К концу войны стало очевидно, что эта организация не могла эффективно действовать, не имея определенного патронажа какой-либо военной или военизированной организации. Только в этом случае «Вервольф» мог получить необходимые ресурсы, за которые в последние годы войны в Германии шла ожесточенная бюрократическая война. Гиммлер, весьма преуспевший в аппаратных боях, сразу же обратил внимание на это обстоятельство. В ноябре 1944 года рейхсфюрер СС проводил совещание с руководством РСХА, в ходе которого предложил передать «Вервольф» под контроль Скорцени. По мнению Гиммлера это сохранило бы контроль СС над «вервольфами». Прюцману, присутствовавшему при этом, оставалось только полагаться на судьбу. Скорцени вежливо отклонил предложение своего шефа, сославшись на то, что у него и без того хватало работы. В действительности «диверсант № 1» отказался по причине того, что не считал «Вервольф» эффективным инструментом. На практике же «вервольфы» были активно вовлечены в деятельность по запугиванию населения и убийству политически неугодных деятелей. В октябре 1944 года Гиммлер подписал декрет, в котором любым чиновникам, оказавшимся на оккупированной территории, под страхом смерти запрещалось сотрудничать с противником. Хотя в этом декрете немецким чиновникам предписывалось выполнение своих обязанностей, в частности помощь немецкому населению. Вслед за этим декретом последовал приказ об уничтожении всех предателей, «решившихся на сотрудничество с врагом».
Однако террор, запугивание и контроль над населением недолго оставались темами, волновавшими Гиммлера. Когда к осени 1944 года войска западных союзников освободили от немцев почти всю территорию Франции, западные границы рейха оказались под ударом. В это время Гиммлер получил новое задание. В ноябре 1944 года он был назначен командующим группой армий «Верхний Рейн». Его задача состояла в том, чтобы в оперативном порядке создать подобие оборонительного рубежа из наспех собранных частей резервной армии, подразделений фольксштурма, отрядов пограничной охраны и полиции. На первой неделе января 1945 года соединения группы армий «Верхний Рейн» оказали тактическую поддержку группе армий Г, которая в ходе операции «Северный ветер» должна была совершить отвлекающее наступление. Целью этой операции был отход немецких войск после провала Арденнского наступления. В целом соединения группы армий «Верхний Рейн» предприняли три наступления, однако ни в одном из них не смогли добиться успеха. В журналах боевых действий фактически не осталось никаких записей, которые позволили бы оценить или хотя бы характеризовать деятельность Генриха Гиммлера в качестве командующего.
В конце 1944 года штаб-квартира Генриха Гиммлера располагалась в его специальном поезде, который стоял на вокзале Триберг в Шварцвальде. Главное преимущество этого подвижного офиса заключалось в том, что в случае бомбардировок он мог укрыться в безопасных железнодорожных тоннелях. 21 января 1945 года Гиммлер на своем поезде направился в Шнайдемюль, где ему предстояло приступить к выполнению нового задания. На этот раз Гитлер назначил главу СС командующим группой армий «Висла». В те дни Геббельс записал в своем дневнике, что это решение было продиктовано целым рядом обстоятельств. «Общевойсковые соединения, которые откатывались под ударами Советов, были склонны к разложению. Здесь требовалась сильная рука, чтобы вновь их превратить в боевые части».
Если верить дневникам Геббельса, то в то время «фюрер был исключительно доволен деятельностью Гиммлера», а потому выбор пал именно на него. («Он идеально подходит для выполнения этого задания».) Осознавая, насколько увеличилось влияние Гиммлера, Геббельс предложил сделать его главнокомандующим. Однако Гитлер не был готов поделиться властью, «до тех пор пока Гиммлер не окажется пригодным для выполнения больших оперативных заданий». Можно предположить, что назначение на пост командующего армиями «Висла» было своего рода экзаменом.
О деятельности Гиммлера в этом качестве сохранились подробные сведения. В первую очередь историки должны благодарить за это полковника Айсманна, который был офицером генерального штаба группы армий «Висла». В первый раз Ганс-Георг Айсманн встретился с Гиммлером именно в январе 1945 года в Шнайдемюле, куда прибыл поезд рейхсфюрера СС. Айсманн вспоминал: «Гиммлер встретил меня в элегантно оформленном салоне вагона. Он выслушал мой доклад, после чего подошел к стоявшему посреди помещения столу. На нем была раскинута дежурная карта верховного командования. Он коротко спросил о моей прошлой службе, после чего активно принялся изучать положение позиций». На тот момент задача группы армий «Висла» состояла в том, чтобы закрыть разрыв в линии фронта, который возник между позициями группы армий «Центр» и группы армий «Север». По всей ширине этого разрыва, которая составляла 120 километров, надо было создать оборонительный рубеж, который проходил по линии Средняя Силезия — Нижняя Висла. Однако, как отмечал в своих воспоминаниях Айсманн, ширина фронта стала увеличиваться и вскоре составляла уже 450 километров. В это время Гиммлер не мог дать каких-то четких указаний. Айсманн отмечал, что он выдавал лишь общие фразы: «При помощи группы армий «Висла» я остановлю и разобью русских. Я отброшу их назад». Как отмечал Айсманн: «Невольно возникало ощущение, что слепой рассуждал об оттенках цветов».
Когда во время оперативного совещания Айсманн задал вопрос, какие силы и к какому времени могли быть предоставлены в распоряжение командования, Гиммлер стал произносить одну из своих длинных речей. Он обличал офицеров генерального штаба, которые были «обучены лишь школьным премудростям, но были лишены таланта импровизации». Вновь и вновь Гиммлер говорил о пораженческих настроениях среди военных. Выход он видел лишь в «энергичной деятельности». После этого рейхсфюрер СС должен был пояснить, что подразумевал отнюдь не Айсманна. Сам же Айсманн раньше никогда не видел Гиммлера, а потому оставил его описание. «Внешне выглядит как человек среднего роста. Верхняя часть туловища несколько вытянута. Ноги колесом. Фигура скорее округлая, нежели стройная.
Носит простую серую униформу. Спереди голова напоминает острый треугольник. Очень сильно бросается в глаза слабый, почти скошенный подбородок. Очень живые, но в большинстве случаев слегка прищуренные глаза. Вкупе со скулами они производят азиатское впечатление. Узкая, но не жесткая линия рта. В лице не наблюдается ничего демонического, ничего жестокого, ничего величественного. Обычное лицо среднестатистического обывателя. Несколько выделяются его руки. В них нет ничего благородного. Несколько неуклюжие, большие ладони с длинными пальцами, которые заканчиваются широкими кончиками. Если он подавал руку для рукопожатия, то могло показаться, что это женская ладонь».
Айсманн находил, что штаб Гиммлера не был приспособлен для командования группой армий «Висла», так как в нем в принципе не было ни оборудования, ни связи. Действительно, в специальный поезд рейхсфюрера СС была проведена лишь одна телефонная линия. Новый командующий даже не мог связаться с соседними группами армий. Кроме этого по оценке военных Гиммлер не был в состоянии оценивать оперативную обстановку. «Он словно зачарованный смотрел на карту и видел огромную дыру в линии фронта, которую ему предстояло заткнуть. Он очень часто употреблял слова “наступление”, “атака на флангах”…. Он мог провозглашать только курс на наступление». Еще в июле 1944 года рейхсфюрер СС рассказал о принципах, которых он будет придерживаться в своей военной деятельности. Он заявил армейским офицерам: «Время проработанных операций прошло. На востоке враг уже стоит у наших границ. Здесь остается только наступать и остановить его». Постепенно Гиммлер решил сконцентрировать свои усилия на обороне трех «крепостей» (так в Третьем рейха предпочитали именовать укрепленные города, которые не имели права сдаваться):
