29 мая генерал К. П. Кауфман вступил в Хиву с южной стороны. Однако из-за господствовавшего в городе безвластия северная часть города не знала о капитуляции и не открыла ворота, что вызвало штурм северной части стены. Михаил Скобелев с двумя ротами штурмовал Шахабатские ворота, первым пробрался внутрь крепости и хотя был атакован неприятелем, но удержал за собой ворота и вал. Штурм был прекращен по приказу генерала К. П. Кауфмана, который в это время мирно вступал в город с противоположной стороны.
Хива покорилась. Цель похода была достигнута, несмотря на то, что один из отрядов, Красноводский, до Хивы так и не дошел. Для выяснения причины случившегося Скобелев вызвался выполнить разведку не пройденного полковником Маркозовым участка пути Змукшир – Ортакаю (340 верст). Задача была сопряжена с большим риском. Скобелев взял с собой 5 всадников (в том числе 3 туркмена) и выступил из Змукшира 4 августа. В колодце Даудурь воды не оказалось. Когда до Ортакую оставалось еще 15–25 миль, Скобелев утром 7 августа возле колодца Нефес-кули наткнулся на туркмен и с трудом спасся. Пробиться не было возможности, а потому Михаил Скобелев 11 августа вернулся к исходному пункту, пройдя более 600 верст (640 км) за 7 дней, а затем представил генералу Кауфману надлежащее донесение. За эту разведку Скобелева наградили орденом Св. Георгия IV степени (30 августа 1873 г.).
Зимой 1873/74 г. Скобелев находился в отпуске и провел его большей частью в Южной Франции. Но там он узнал о междоусобной войне в Испании, пробрался в расположение карлистов и стал очевидцем нескольких сражений.
22 февраля Михаил Дмитриевич Скобелев произведен в полковники, 17 апреля назначен флигель-адъютантом с зачислением в свиту Его Императорского Величества.
17 сентября 1874 г. Скобелев командирован в Пермскую губернию для участия во введении в действие приказа о воинской повинности.
В апреле 1875 г. Скобелев вернулся в Ташкент и был назначен начальником военной части российского посольства, отправляемого в Кашгар. Он должен был оценить во всех отношениях военное значение Кашгара. Посольство это направилось в Кашгар через Коканд, правитель которого Худояр-хан находился под русским влиянием. Однако своей жестокостью и корыстолюбием он вызвал против себя восстание и был низложен в июле 1875 г., после чего бежал в русские пределы, в город Ходжент. За ним двинулось и русское посольство, прикрываемое Скобелевым с 22 казаками. Благодаря его твердости и осторожности эта команда, не пуская в ход оружия, без потерь довела хана до Ходжента.
В Коканде вскоре восторжествовали повстанцы, руководимые талантливым вождем кипчаков Абдуррахманом-автобачи; на ханский престол был возведен сын Худояра Насреддин; был провозглашен газават; в начале августа кокандские войска вторглись в русские пределы, осадили Ходжент. Скобелев был послан с двумя сотнями для очищения окрестностей Ташкента от неприятельских шаек. 18 августа к Ходженту подошли главные силы генерала Кауфмана (16 рот, 8 сотен при 20 орудиях); Скобелев назначен начальником конницы.
Между тем кокандцы сосредоточили у Махрама до 50 000 человек при 40 орудиях. При движении генерала Кауфмана к Махраму между Сырдарьей и отрогами Алайского хребта неприятельские конные массы угрожали атакой, но после выстрелов русских батарей рассыпались и исчезали в ближайших ущельях. 22 августа войска генерала Кауфмана взяли Махрам. Скобелев с конницей стремительно атаковал многочисленные неприятельские скопища пеших и конных, обратил в бегство и преследовал более чем на 10 верст, своевременно пользуясь поддержкой ракетной батареи, сам при этом был легко ранен в ногу. В этом сражении Михаил Дмитриевич показал себя блестящим кавалерийским начальником, а русские войска одержали убедительную победу.
Заняв 29 августа Коканд, русские войска двинулись к Маргелану; Абдуррахман бежал. Для преследования его был отряжен Скобелев с шестью сотнями, ракетною батареей и 2 ротами, посаженными на арбы. Скобелев следовал за Абдуррахманом неотступно и уничтожил его отряд, сам Абдуррахман, однако, бежал.
Между тем был заключен с Насреддином договор, по которому Россия приобрела территорию к северу от Сырдарьи, образовавшую Наманганский отдел.
Однако кипчакское и киргизское население Ханства не хотело признать себя побежденным и готовилось к возобновлению борьбы. Абдуррахман низложил Насреддина и возвел на ханский престол Пулат-хана (Болот-хан), одного из лидеров борьбы за независимость Кокандского государства. Центром движения был Андижан.
Генерал-майор Троцкий с пятью с половиной ротами, тремя с половиной сотнями, 6 орудиями и 4 ракетными станками двинулся из Намангана и взял Андижан штурмом 1 октября, причем Скобелев провел блестящую атаку. Возвращаясь в Наманган, отряд также встретил неприятеля. При этом Скобелев в ночь на 5 октября с двумя сотнями и батальоном произвел стремительное нападение на лагерь кипчаков.
18 октября за боевые отличия Скобелев был произведен в генерал-майоры. В этом же месяце он был оставлен в Наманганском отделе в качестве начальника с 3 батальонами, 5,5 сотнями и 12 орудиями. Ему было приказано «действовать стратегически оборонительно», т. е. не выходя за пределы владений Российской империи. Но обстоятельства вынудили его действовать иначе. Подрывные элементы постоянно проникали в район; в Наманганском отделе завязалась почти непрерывная малая война: вспыхнули восстания в Тюря-кургане, затем в Намангане. Скобелев постоянно пресекал попытки кокандцев перейти границу. Так, он разбил 23 октября отряд Батыр-тюря у Тюря-кургана, затем поспешил на подмогу к гарнизону Намангана, а 12 ноября разбил у Балыкчей до 20 000 неприятелей.
При таких условиях наступательные предприятия кокандцев не могли быть прекращены. Чувствовалась необходимость положить этому конец. Генерал Кауфман находил силы Скобелева недостаточными для удержания хотя бы большей части ханства и предписал Скобелеву совершить зимою движение к Ике-су-арасы, части ханства по правому берегу Дарьи (до течения Нарына), и ограничиться погромом кочевавших там кипчаков и кыргызов.
Скобелев выступил из Намангана 25 декабря с 2800 человек при 12 орудиях и ракетной батареей и обозом из 528 арб. Отряд Скобелева вступил в Ике-су-арасы 26 декабря и в 8 дней прошел по этой части ханства по разным направлениям, обозначая свой путь уничтожением кишлаков. Кипчаки уклонялись от боя. Достойного сопротивления в Ике-су-арасы не оказали. Сопротивляться мог только Андижан, где Абдуррахман собрал до 37 000 человек. Скобелев 1 января перешел на левый берег Карадарьи и двинулся к Андижану, 4 и 6 января произвел основательные рекогносцировки окраин города и 8 января овладел Андижаном после штурма. 10 января сопротивление андижанцев прекратилось; Абдуррахман сбежал к Ассаке, а Пулат-хан – в Маргелан. 18 января Скобелев двинулся к Ассаке и разбил наголову Абдуррахмана, который скитался еще несколько дней и, наконец, сдался 26 января.
19 февраля Кокандское ханство было полностью завоевано Российской империей, и была образована Ферганская область, а 2 марта Скобелева назначили военным губернатором этой области и командующим войсками. 32-летний генерал-майор Скобелев за этот поход награжден орденом Св. Владимира III степени с мечами и орденом Св. Георгия III степени, а также золотой шпагой с бриллиантами с надписью «За храбрость».
