Одновременно шла оптимизация управления войсками. В связи с указом президиума Верховного Совета Союза ССР от 12 августа 1940 года «Об укреплении единоначалия в Красной Армии и Военно-Морском Флоте» были ликвидированы военно-политические совещания в бригадах, дивизиях, корпусах в качестве постоянно действующего органа. Командирам соединений и военным советам округов по мере необходимости вменялось созывать совещания с приглашением на них прокуроров, председателей военных трибуналов и начальников особых отделов для подведения итогов работы в области политико-морального состояния частей
Серьезной проблемой была подготовка военных кадров, которые определяли как порядок создания линии укрепрайонов, так и организации и ведения боевых действий в приграничной полосе с опорой на УРы. В первую очередь к ним относились выпускники Военной академии имени М.В. Фрунзе. Действительно, они заполняли вакантные должности среднего и высшего командного состава, и от качества их подготовки зависела боевая готовность и боевая способность частей, соединений и объединений прикрытия государственной границы, взаимодействия их с гарнизонами укрепрайонов, руководство действиями войск в укрепрайонах.
Однако, как показала практика, в этом вопросе дела обстояли неважно. Выступая на декабрьском совещании высшего руководящего состава РККА (1940 год), начальник Военной академии им. М.В. Фрунзе генерал-лейтенант М.С. Хозин высказал серьезную озабоченность о положении дел с подготовкой военных кадров: «Прежде всего, это стремительный рост численности слушателей – 2500 человек. При этом, когда в 1938 г. принимался тот состав, который должен быть выпущен в 1940 году, то из 610 человек были приняты 453 человека с плохими оценками, причем они имели не только по одной плохой оценке, но по 2-3-4 и даже больше. Все это создавало такое положение, при котором в ряде случаев академия работала с командным составом (слушателями) впустую». Начальник академии предложил в будущем отказаться от погони за количественным комплектованием академии слушателями и перейти на качественный отбор. Пути решения этой проблемы он видел в повышении эффективности работы военных советов округов. Кроме того, М.С. Хозин просил у Народного комиссара обороны СССР Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко предоставить право начальникам академий отчислять из академии слушателей по неуспеваемости, т. к. неуспевающих было нередко большое количество, доходящее до нескольких десятков человек, и они длительное время ждали решения вышестоящего командования об отчислении и откомандирования в войска.
Такое состояние дел со слушательским составом требовало неординарных мер со стороны руководства академии.
М.С. Хозин начал перестраивать боевую подготовку слушателей, установил жесткую дисциплину. Он ввел систематическую строевую подготовку среди слушательского состава (как один из элементов, укрепляющих дисциплину); регулярно проводилась физическая подготовка, которая должна была укреплять здоровье слушателя. Это проходило небезболезненно. Некоторое сопротивление имело место, но его сломили.
Перестроили учебный процесс подготовки слушательского состава. Система мер была направлена на устранение шаблона и схематичности в действиях, особенно по курсу общей тактики. Эти мероприятия были направлены, главным образом, по линии решения следующих вопросов: во-первых, если раньше тренировочные задачи, которые давались слушателям, раскрывали учебные цели и тему, то это было отменено и категорически запрещено. Если слушатель ранее изучал главным образом Западный театр военных действий (на границе с бывшей Польшей) и очень мало изучались остальные театры военных действий, то этот порядок был изменен, и задачи стали решаться на различных картах и различных театрах военных действий. Комплексная задача, на разрешение которой отводилось много времени, главным образом проводилась в классе, а с 1940 года была вынесена для проработки в поле.
Опыт последних войн и особенно войны с белофиннами был учтен в образовательном процессе. В учебную программу внесли отработку вопросов боя в условиях укрепленного района. Однако дополнения носили весьма ограниченный характер. Более того, мало внимания уделялось вопросу изучения тактики специальных родов войск, главным образом артиллерии, авиации и танков.
Особенным в подготовке слушателей, предназначавшихся на должности командиров полков и выше, было то, что часть из них не имела представления, что такое реальный общевойсковой бой.
В лагерном периоде 1940 учебного года руководство академии потребовало от обучаемых, чтобы они знали, что такое ближний бой. Для этого из слушателей были сформированы роты и проведены учения на темы по ближнему бою. В результате слушатели, прежде чем выпуститься из академии и пойти командовать в войска, узнали, что такое реальный бой. При отработке вопросов управления боем главное внимание уделялось вопросу организации взаимодействия родов войск, вопросу боевого обеспечения (разведка, охранение и материально-техническое снабжение).
При этом слабым местом в подготовке кадров было то, что слушатели не всегда в состоянии были применить на практике приобретенные теоретические знания. Вопросы взаимодействия войск отрабатывались лучше в статике, чем в динамике боя.
Особым местом стояла штабная культура. Много было недостатков: в оформлении документации, командный язык был «засорен, неконкретен».
С преподавательским составом, как выразился генерал М.С. Хозин, дела обстояли не совсем нормально.
Комплектование академии преподавательским составом в 1940 году выглядело следующим образом: было получено 75 % нового преподавательского состава (т. е. практически весь преподавательский состав, который не угодил командованию, или высшее руководство начало создавать «Новый облик армии» перед войной). Это, как правило, командиры, имевшие до двух лет перерыва службы в Красной армии, оторвавшиеся от войсковой практики и не имевшие методических навыков в деле преподавания. В числе прибывших преподавателей имелись командиры, у которых не было высшего военного образования, и целый ряд командиров, которые были отстранены от занимаемых должностей вследствие невозможности их использования в войсках.
Уровень знаний и подготовки прибывавшего для комплектования Военной академии имени М.В. Фрунзе преподавательского состава был чрезвычайно разнообразен. Из числа всех преподавателей, находившихся в академии, не имели боевого опыта 81 человек; с командным стажем в армии от 5 до 10 лет – 90 человек.
В отдельных случаях (а таких было примерно 20 человек) назначенные командиры не имели малейшего понятия о педагогике и преподаваемых предметах. Руководство академии просто не допустило их к преподаванию. С такими командирами-преподавателями были организованы курсы доподготовки. До мая 1941 года они занимались на организованных для этого специальных курсах. Только после получения азов педагогики, психологии и сущности предмета они приступили к преподаванию учебных дисциплин.
Такая пестрота в подготовке профессорско-преподавательского состава создавала ненормальное положение, при котором наиболее подготовленная часть профессорско-преподавательского состава вынуждена была нести чрезмерную нагрузку, занимаясь разработкой заданий, учебно-методических материалов, учебных пособий и т. д.