Однако начатые царем крутые реформы породили во всех слоях русского общества, от самых высших до низших, массу недовольных. Это постоянное сопротивление, принимавшее то открытую, то скрытую форму, непосредственно угрожало власти, а подчас и самой жизни Петра I. После Азовских походов (1695–1696) возникает второй заговор против царя. Во главе его стоял думный дворянин И. Цыклер, посланный Петром руководить постройкой Таганрога и считавший это назначение незаслуженной опалой. К нему примкнул сокольничий А. Соковнин, возмущенный отправкой за границу двоих своих сыновей для учебы, и стольник Ф. Пушкин, недовольный назначением своего отца воеводой в Азов. Заговорщики установили контакт с некоторыми стрелецкими начальниками и донскими казаками, но 23 февраля 1697 г. заговор был раскрыт. Петр спешил за границу, куда отправлялся в составе Великого посольства, и поэтому следствие было проведено очень быстро – уже 2 марта Боярская дума приговорила главных заговорщиков к смертной казни. Однако на следующий год в Европе Петра настигает весть о вспыхнувшем Стрелецком мятеже. Причиной стало то, что стрельцов после тяжелого Азовского похода не отправили на отдых к семьям в Москву, на что они рассчитывали, а погнали к литовской границе. По пути в июне 1698 г. 2200 стрельцов взбунтовались и решили идти на столицу, чтобы свергнуть ненавистную власть и возвести на престол царевну Софью. Оставленные Петром управлять страной в его отсутствие бояре спешно собрали верное царю восьмитысячное войско, которое под руководством А.С. Шеина встретило мятежников 17 июня у Воскресенского монастыря, в 50 верстах от Москвы. Переговоры ни к чему не привели, и при поддержке артиллерии правительственные войска разбили восставших. Шеин по горячим следам провел розыск и арестовал 254 наиболее активных участника мятежа, из которых 130 были немедленно казнены. Однако спешно вернувшийся из-за границы Петр остался недоволен результатами следствия. Подозревая более глубокие корни заговора и участие в нем ненавистных Милославских, царь распорядился возобновить следствие. 17 сентября 1698 г. начался знаменитый стрелецкий розыск, поразивший современников своей исключительной жестокостью. После допросов и изощренных пыток, в проведении которых активное участие принимал сам царь со своим ближайшим окружением, 1182 мятежника были казнены, а стрелецкие полки расформированы.
Кровавая расправа над стрельцами не могла сдержать протест народа против гнета государства, еще более усилившегося с началом Северной войны. Не выдержав издевательств властей, в 1705 г. восстали жители Астрахани, перебившие русских и иноземных чиновников и офицеров, находившихся в городе. Астрахань семь месяцев находилась в руках восставших; оттуда бунт перекинулся на другие волжские и прикаспийские города. 3 марта 1706 г. Астрахань была взята правительственными войсками, после чего начались массовые аресты, допросы и пытки. По подсчетам исследователей, 365 участников астраханского восстания погибли во время пыток или были казнены. Невыносимые условия труда и жизни систематически приводили к более мелким восстаниям: в 1698 г. – на Воронежских верфях, в 1705–1710 и 1715 гг. – на Олонецких заводах в Карелии, в 1720-х гг. – на московских мануфактурах, липецких и кузьминских заводах. В 1703 г. восстали крестьяне Предуралья и Поволжья, с 1705 по 1711 г. длился мятеж башкир. Но самым опасным оказалось Булавинское восстание, охватившее в 1707–1709 гг. обширные территории на юге России. Полуторогодовая борьба с правительственными войсками велась с переменным успехом, но в момент наивысшего подъема Булавинский мятеж охватывал территорию от Днепра до Волги. Силы повстанцев были столь значительны, что в условиях войны со Швецией Петр I был вынужден бросить против них 32-тысячную армию. Лишь после того, как изменники из казачьей старшины вероломно убили Булавина, начатое им восстание было потоплено в крови. Понятно, что в этих исключительно напряженных условиях царю был жизненно необходим эффективный орган политического сыска, который бы пресекал готовящиеся выступления против государственной власти и вел следствие по уже произошедшим мятежам. Этим органом стал Преображенский приказ.
Свое название приказ получил от села Преображенское, где в полуссылке провел детство будущий государь. Возник он в 1686 г. в виде Преображенской потешной избы, ведавшей Преображенским и Семеновским «потешными» полками – любимым детищем юного царя, а также занимавшейся обслуживанием резиденции Петра и его матери и частично выполнявшей функции царской канцелярии. Первоначально не имел сыскных функций, поскольку для расследования заговора Ф. Шакловитого Петр в 1689 г. создал специальный Приказ розыскных дел во главе с боярином Т.Н. Стрешневым. Молодой царь активно участвовал в допросах стрельцов, и один из важнейших документов следствия «Вопросные статьи» 1698 г. был записан под его диктовку. Однако после завершения расследования Приказ розыскных дел прекращает свое существование. Тем временем обретший фактическую власть Петр наделяет Преображенскую потешную избу полномочиями по набору даточных, снабжению, обучению войск и организации военных маневров. В этом качестве данный орган сыграл большую роль в осуществлении первой крупной военной кампании Петра I – Азовских походов. После резкого ограничения функций Стрелецкого приказа он стал ведать охраной порядка в столице, в том числе организацией караулов в Кремле. Помимо этого, начал осуществлять» и другое дело, крайне важное для победившей партии: надзор за Новодевичьим монастырем, где находилась в заточении свергнутая сводная сестра Петра I.
В 1695 г. потешная изба переименовывается в Преображенский приказ. В конце следующего года, после Азовского похода, царь подписывает указ о передаче в ведение Преображенского приказа исключительного права следствия и суда по всем государственным преступлениям. Тем самым произошло законодательное закрепление функций политического сыска за одной организацией. Ее исключительные полномочия, ставящие данный орган над всеми другими приказами, были подтверждены петровским указом от 25 сентября 1702 г. В соответствии с этим документом за невыполнение распоряжений Преображенского приказа или любое вмешательство в сферу его деятельности глава этого ведомства имел право привлечь любое должностное лицо к административной или судебной ответственности, а за недостаточно быстрое и точное выполнение его указаний – наказать штрафом, битьем палками или заточением в острог. Понятно, что при подобных полномочиях находилось немного желающих перечить бессменному главе Преображенского приказа князю Ф.Ю. Ромодановскому, одно имя которого внушало страх и о жестокости которого ходили легенды. Когда он в 1717 г. умер, руководителем Преображенского приказа стал его сын Иван Ромодановский, возглавлявший приказ до его упразднения в 1729 г. (с 1725 г. он именовался Преображенской канцелярией). Штат Преображенского приказа состоял из двух дьяков и 5–8 подьячих. Для производства арестов, обысков, охраны и курьерской связи приказ использовал своих давних подшефных – солдат и офицеров Преображенского и Семеновского гвардейских полков.
Превращение Преображенского приказа из административного ведомства в центральный орган политического сыска произошло не одномоментно. Так, из сохранившихся 605 дел этого учреждения за 1696 г. лишь 5 относятся к категории «слово и дело государево». Вскоре, однако, положение изменилось, и все другие центральные учреждения начали регулярно присылать политические дела на рассмотрение в Преображенский приказ. За все время существования в нем было расследовано несколько тысяч политических дел, самая многочисленная группа из которых относилась к стрелецкому мятежу 1698 г. и астраханскому восстанию 1705–1706 гг. Царь активно участвовал в расследовании наиболее важных дел. Так, за период с 1700 по 1705 г. в делопроизводстве приказа отложилось более 50 вынесенных лично царем решений по политическим преступлениям. Сохраняя в действии Соборное Уложение 1649 г., Петр указом от 25 января 1715 г. конкретизировал сферу применения системы «слово и дело». С этого времени самому государю подданные должны были доносить, во-первых, о замысле против царя, во-вторых, об измене и, в-третьих, о казнокрадстве. Государственными преступлениями считались только дела «первых двух пунктов» и об оскорблении царской особы.
