Сухопутные части красных, продолжая наступление, заняли деревню Тулгас. К этому времени суда Северодвинской флотилии уже не поддерживали их своим огнем, так как не могли продвигаться вперед из-за сложностей, возникших при удалении мин. Очистка и проверка фарватера от деревни Кодимы до деревни Нижнее Сельцо заняла более двух недель.
22 сентября Северодвинская флотилия подошла к деревне Сельцо. Красные части к этому времени заняли деревню Берез-ник в 14 верстах ниже устья Ваги. В штабе Северодвинской флотилии имелись сведения о применении союзниками «мин особой системы, взрывавшихся при действии железа на магнитный прибой, имеющийся в мине». Для проверки этих сведений 22 сентября в районе деревни Нижнее Сельцо на место предполагаемого минного заграждения был пущен тральщик «Перебор», имевший железный корпус. Тральщик благополучно прошел по предполагаемым минам у деревни Плес и вернулся обратно. Поэтому командование Северодвинской флотилии решило, что слухи о минах особой системы — просто провокация. К тому же красным было известно, что англичане одновременно с магнитными, минами применяли и шаровые мины обычного морского типа, и такое заграждение было обнаружено у деревни Плес. Это еще больше убедило красное командование в провокационности слухов об особых минах.
Для ускорения тральных работ командование Северодвинской флотилии выделило специальный отряд из 150 человек, который под руководством минеров обследовал фарватер при помощи обыкновенного троса, буксируемого шлюпками или заводимого с берега наподобие рыбачьего невода. Таким способом удалось вытащить на берег до 30 контактных мин.
После проверки района предполагаемого магнитного заграждения красные тральщики приступили к работе. Фарватер был тщательно обследован с помощью катерных тралов, но мины обнаружить не удалось. Тогда командование флотилии приказало канонерским лодкам после очистки фарватера у деревни Троицы двинуться за тральщиками, а окончательную очистку фарватера для судоходства произвести позднее. Такое решение было вызвано необходимостью скорейшего соединения с сухопутными частями, сильно страдавшими от белой флотилии.
23 сентября в районе предполагаемого магнитного заграждения от необычайно сильного взрыва погиб советский тральщик «Белогор», что стало полной неожиданностью для красного командования. Начальство решило, что раз накануне фарватер был тщательно исследован тральщиками, то взрыв произошел от мелко поставленной шаровой мины, и приказало продолжить тральные работы.
На следующий день недалеко от места гибели «Белогора» от взрыва погиб тральщик «Посыльный» и получил повреждения «Удачный». Это заставило командование флотилии отказаться от провода судов до окончательного обследования фарватера при помощи водолазов, что еще более обострило положение на фронте.
На Северной Двине англичане впервые применили свои сверхсекретные магнитные мины. Корпус мины состоял из нижней цилиндрической и верхней конической частей. Сделан он был не из стали, как у контактной мины, а из бетона. Нижний диаметр мины составлял 762 мм, верхний диаметр 528 мм, высота мины 794 мм. Такие габариты позволили водолазам сравнительно легко их обнаружить на дне. Общий вес мины составлял 713 кг. Заряд мины — 360 кг тротила в резиновом мешке. Все металлические детали мины были сделаны из меди. Англичане ставили мины с деревянной баржи с помощью крана, вместимость баржи — 20 мин. Буксировал баржу катер с деревянным корпусом. Глубина постановки достигала 25–30 м. Обычно мины ставились в шахматном порядке.
Поскольку сухопутное командование постоянно требовало артиллерийской поддержки судов, командование Северодвинской флотилии придумало оригинальный выход — было решено красноармейцев и моряков обратить в… бурлаков. Так как плавбатареи обладали сравнительно малой осадкой, то «бурлаки» могли протащить их по довольно мелким местам вдоль берега, где по предположению красных магнитных мин не должно было быть. А в случае же подрыва баржи человеческие жертвы были исключены. Однако командующий 6-й красной армией А. А. Самойлов запретил проведение этого эксперимента. 29 сентября водолазы у острова Селец извлекли магнитную мину.
7 октября все же было решено спустить плавбатареи вниз по течению. Однако проводка барж «бурлаками» оказалась слишком медленной. Люди были непривычны к такой работе, а скорее всего просто саботировали. Тогда командование плюнуло на мины, и 10 октября плавбатареи № 1 и № 4 на буксирах тральщиков «Перебор» и «Порог» без проблем прошли район предполагаемого магнитного заграждения и 13 октября в 14 часов прибыли к деревне Коллежской (Почтовое).
К моменту подхода плавбатареи красные части занимали деревню Почтовое на левом берегу и деревню Якимовскую на правом. Белые укрепились у реки Шипилихи, имея резервы в деревнях Взвоз и Анисимовская.
14 октября в 8 часов утра плавбатареи № 1 и № 4 встали на позиции в 6 верстах ниже деревни Почтовой. С батарей отлично просматривались укрепления белых у реки Шипилихи, и плавбатареи открыли огонь, не дожидаясь оборудования наблюдательного пункта. А флотилия белых в это время стояла всего лишь в 6 верстах от красных плавбатареи, но была скрыта от них мысом. Оборудование же наблюдательного пункта задерживалось из-за недостатка телефонистов и плохого знания местности.
После артподготовки, длившейся больше шести часов, все укрепления белых были разрушены, а их флотилия, состоявшая из двух вооруженных пароходов и двух плавбатареи, была вынуждена отойти к деревне Взвоз. Красная пехота перешла в атаку, но была остановлена ружейным огнем белых, после чего отошла на исходную позицию. Возобновить атаку было невозможно из-за отсутствия снарядов у сухопутной артиллерии и наступления темноты.
15 октября по приказанию командующего 6-й красной армией часть войск была снята с позиций, и из-за малочисленности оставшихся частей и их неустойчивости операция была прекращена.
16 октября белые вернулись к речке Шипилихе и приступили к оборудованию новых позиций на прежнем месте. Красные плавбатареи возвратились в деревню Сельцо, а сухопутные части отошли к деревне Моржегорской на левом берегу и деревне Якимовской на правом берегу.
Это был последний бой Северодвинской флотилии в кампанию 1919 г. 17 октября пошел густой снег, и к полудню толщина снежного покрова достигала 10 см. Через два дня по Северной Двине пошла шуга, но работы по уничтожению минных заграждений продолжались. В этот день по флотилии был отдан приказ об отходе судов на зимовку в Котлас, и 23 октября штаб флотилии с судами прибыл в Котлас, где флотилия начала размещаться в затоне Лиманда для зимнего ремонта.
Из числа моряков Северодвинской флотилии было сформировано несколько рот и команда бронепоезда «Красный моряк». Однако действия сухопутных сил выходят за рамки этой книги. Стоит лишь отметить, что «Временное правительство Северной области» 19 февраля 1920 г. убыло за границу, прихватив с собой все наличные средства (120 тыс. фунтов стерлингов). 7 марта Красная Армия заняла Мурманск. Гражданская война на Севере закончилась.
26 мая 1920 г. Северодвинская флотилия была расформирована, большая часть судов передана водному транспорту, а остальные вошли в Речную флотилию Морских Сил Северного моря (МССМ). Эта Речная флотилия была создана на всякий случай — вдруг вернутся англичане, а также для подавления крестьянских восстаний.