В 6 ч. 15 мин. союзники стали засыпать снарядами плавбатерею «Москва» и буксир «Арнгольд», пробив несколькими снарядами борт последнего и разбив его правое гребное колесо.
Плавбатареям был отдан приказ отступать вверх по Двине к селу Яковлевскому, что и было выполнено под прикрытием канонерок «Павлин Виноградов» и «Карл Либкнехт».
Увидев отход судов Северодвинской флотилии, красноармейцы бросили свои позиции и отошли к деревням Зарядье и Яковлевское.
Дальнейшие боевые действия обеих флотилий вплоть до 19 июля носили характер позиционной войны с почти ежедневными выходами судов на позиции и артиллерийскими дуэлями на дистанциях, близких к предельным (с учетом особенностей местности). Особых успехов такие дуэли не принесли ни той, ни другой стороне.
В начале июня 1919 г. в обеих флотилиях сменилось командование. У союзников умер командор Грин и в командование вступил капитан 1-го ранга Альтхэм. В Северодвинскую флотилию 4 июня прибыли и на следующий день вступили в исполнение обязанностей вновь назначенный командующий флотилией уже знакомый нам военмор В. Н. Варваци и начальник штаба флотилии военмор Е. Престин.
Самолеты Северодвинской флотилии начали боевые вылеты 2 мая, в течение мая они регулярно совершали разведывательные полеты над позициями союзников.
Налеты красных стали досаждать летчикам славяно-британского корпуса, и те решили уничтожить аэродром красных у деревни Пучуга. В налете должны были участвовать шесть истребителей «Сопвич», пилотируемых русскими летчиками, и шесть бомбардировщиков DH.9 «Хевиленд», пилотируемых британцами. Каждый «Сопвич» нес по шесть 250-фунтовых (102-кг) бомб. Помимо бомбежки была запланирована высадка десанта. Три самолета «Сопвич» после сброса бомб должны были сесть на аэродром красных, и их летчики должны были с помощью канистр с бензином и факелов сжечь палатки со стоявшими там красными аэропланами.
Самолеты вылетели на задание 17 июня в 5 часов вечера (по времени союзников). У одного из DH.9 отказал мотор, и к цели полетели 11 машин. Над Пучугой они оказались в 6 ч. 25 мин. (по времени красных). По ряду обстоятельств десант не состоялся, однако в целом налет был успешным. Было уничтожено 11 аэропланов Северодвинской флотилии и сожжено множество оборудования и припасов. Канонерские лодки и сторожевые суда флотилии открыли огонь по самолетам союзников, но успеха не достигли — все машины союзников благополучно вернулись на базу. После этого налета вылеты самолетов Северодвинской флотилии стали редкими, до 17 июня летали только истребители и только над своими позициями.
В начале июня была усилена огневая мощь плавбатарей Северодвинской флотилии. На плавбатарее «Москва» заменили две 120/45-мм пушки на две 152/45-мм пушки. Кроме того, на фронт прибыла плавбатарея № 6 «Венгрия», оснащенная двумя новейшими 130/55-мм пушками. Забегая вперед, скажу, что вскоре из-за выгорания каналов стволов «Венгрия» убыла на ремонт.
19 июня в 20 часов береговая и корабельная артиллерия союзников начала массированный артобстрел позиций красных. На следующий день в 14 часов суда союзников стали подниматься вверх по реке. Первыми шли канонерки «Кокчафер» и «Глоуорм», за ними шли мониторы М-27 и М-33 и канонерка «Хамбер». Однако вскоре они попали под сосредоточенный огонь орудий советских плавбатарей, корректируемый с берегового наблюдательного пункта. Английские корабли были вынуждены отойти.
В 21 ч. 40 мин. флотилия союзников вернулась в базу. Одновременно четыре английских аэроплана DH.9 атаковали суда и батареи красных. Несмотря на сильный огонь зенитных пушек и пулеметов с судов, английские летчики снизились до высоты 3000 м и сбросили серию 250-фунтовых бомб. При попадании в твердый глинистый грунт такая бомба делала воронку диаметром в 2 сажени (4,3 м) и глубиной в 1 сажень (2,13 м), что производило сильный моральный эффект на красноармейцев.
Одна из 250-фунтовых бомб попала в корму плавбатарей № 5 «Канск», вызвав пожар, в результате которого произошла детонация снарядов. Команда сразу же попрыгала за борт и благополучно добралась до берега. «Канск» отбуксировали к берегу, а позже, при отходе флотилии, плавбатарея была взорвана у острова Селец.
Попав под огонь британских кораблей, канонерские лодки красных начали отход. При этом у острова Селец они поставили минное заграждение. Всего в ходе боя 20 июня на судах Северодвинской флотилии было убито 10 человек и ранено 23. На канонерке «Карл Либкнехт» насчитали 12 надводных пробоин, и осколками снарядов была повреждена машина. «Роза Люксембург» (до 16 апреля 1919 г. «Богатырь») от осколков снаряда, разорвавшегося в канале орудия, получила несколько мелких пробоин и повреждение 100-мм орудия. На «Урицком» было четыре небольших надводных пробоины, на «Коммунисте» — шесть небольших надводных пробоин от бомб.
На берегу союзные силы обходным движением вечером 20 июня заняли деревню Текутиху, захватили легкую полевую батарею и окружили красные части, занимавшие позиции на левом берегу реки Топса. Одновременно другая обходная колонна союзников атаковала деревню Плес. Союзники, разбив красные части и заняв укрепленный район реки Топсы, не встретив сопротивления, заняли деревню Троица, получив тем самым в свои руки прекрасный наблюдательный пункт.
Одновременно с занятием Троицы три колонны союзников и пять самолетов атаковали Северодвинскую флотилию. Открыв заградительный огонь у деревни Нижнее Сельцо, союзники начали быстро подниматься вверх, развив интенсивный огонь по советским плавбатареям и заставив их отойти к деревне Нижнее Сельцо.
По категорическому приказанию командира пехотной бригады суда Северодвинской флотилии выставили минное заграждение на 4 версты ниже Нижнего Сельца. У деревни Плес корабли союзников воспрепятствовали своим артиллерийским огнем постановке минного заграждения, хотя его и было приказано выставить при отходе красных судов на позиции к реке Сельменге. Командующий флотилией Варваци был против столь поспешной и необоснованной постановки минных заграждений, но сухопутное командование его не желало слушать.
Как сказано в монографии «Гражданская война. Боевые действия на морях, речных и озерных системах»: «Командующий бригадой своим приказанием о постановке заграждения всецело принял на себя всю ответственность за исход речной операции, и с этого момента фактически сделался комфлотом. То, что сухопутное командование совершенно не учитывало последствий своих распоряжений по флоту, очевидно из дальнейшего хода операций: потеряв возможность продвинуться вперед, флотилия с занимаемой позиции не могла обстреливать неприятельских судов и его береговых батарей и тем не менее от Командующего бригадой поступали непрерывные приказания, начинавшиеся стереотипной фразой: «Комбриг приказал открыть огонь» по деревне Кургомень, Топса, Плес, Троица, канонеркам противника, по разведке, по обозу и т. д.
