Дума продолжала пополняться сторонниками клана Годуновых. Князья Хворостины всегда были на хорошем счету у Годуновых. В первый же год царствования царя Федора окольничий князь Д.И. Хворостин получил чин боярина, а его брат Ф.И. Хворостин, занимавший должность дворецкого, стал окольничим. К началу 1585 г. боярами становятся князья Никита и Тимофей Романовичи Трубецкие, которые были также сторонниками Годуновых. К ноябрю 1585 г. чин думного дворянина получил Андрей Петрович Клешнин – человек, преданный Борису Годунову. В 1584 г. чин окольничего получил князь Петр Семенович Лобанов-Ростовский, приближенный Годуновых. В 1585 г. боярином становится свояк Бориса Годунова, родовитый и богатый князь Иван Михайлович Глинский.
Однако с воцарением Федора существенно усилился и клан Шуйских. Перед коронацией боярство получил Василий Иванович Шуйский. К апрелю 1585 г. боярином стал Александр Иванович Шуйский, а в начале следующего года – Дмитрий Иванович Шуйский.
В 1584—1585 гг. в Боярской думе оказалось и много сторонников Шуйских. Так, в 1584 г. из окольничих в бояре попал Ф.В. Шереметев, а окольничим и царским казначеем стал В.В. Головин.
С началом царствования Федора Шуйские получают богатые кормления и земли. И.П. Шуйский был пожалован в кормление Псковом, «обеима половинами и со псковскими пригороды, и с тамгою, и с кабаки, чего никоторому боярину не да-вывал государь», и Кинешмой – «городом великим на Волге». Боярин В.Ф. Скопин-Шуйский удостоился «великого государева жалования» – кормления городом Каргополем. Кравчий Д.И. Шуйский получил «в путь» город Гороховец «со всеми крайчего пути доходы». Шуйские присоединили к своим родовым суздальским вотчинам земли своего родственника князя А.Б. Горбатого, конфискованные еще во времена опричнины.
Коронация Федора дает клану Романовых гораздо меньше, чем Годуновым и Шуйским. К сентябрю 1584 г. боярство получает князь Федор Михайлович Троекуров, сын которого Иван был женат на Анне Никитичне Юрьевой-Захарьиной. К февралю 1585 г. боярином стал князь Иван Васильевич Сицкий, женатый на Евфимии Никитичне Юрьевой-Захарьиной. Одновременно с ним стал боярином князь Федор Дмитриевич Шастунов, женатый на Фетинье Даниловне Захарьиной-Юрьевой.
Сразу после смерти Ивана Грозного возникает союз между Годуновыми и Романовыми-Захарьиными. Союз этот был вынужденным. И те и другие были родственниками царя Федора по женской линии, и для обоих кланов стало бы катастрофой воцарение Димитрия и приход к власти Богдана Бельского и шайки наглых и жадных Нагих.
После коронации Федора и ссылки Нагих и Бельского союз Годуновых и Романовых-Захарьиных не только не распался, а, наоборот, укрепился в борьбе с кланом Шуйских. Оба семейства были «плебеями» перед «принцами крови», как Шуйских называли в Польше. Был тут и субъективный фактор. Никита Романович стал уже стар и серьезно болел. В августе 1584 г. Никита уже окончательно слег в постель и не мог выполнять свои служебные обязанности. Сыновья Никиты Романовича были еще сравнительно молоды и не имели пока большого политического веса.
Современники сходятся во мнении, что Никита Романович осенью 1584 г. сам искал дружбы Бориса Годунова и вверил ему своих совсем еще молодых сыновей. Троицкий монах Авраамий Палицын, очевидец событий, утверждал, что Годунов обещал Никите Романовичу «соблюсти» его семью. Автор «Сказания о Филарете Романове», использовавший семейные предания Романовых, авторитетно подтвердил слова Авраама Палицына. Согласно «Сказанию…», Борис Годунов проявил любовь к детям Романова и дал страшную клятву, что всегда будет почитать их за братьев. В конце 1585 г. Никита Романович постригся в монахи под именем Нифонта и скончался 23 апреля 1586 г.
Годуновы и Романовы постепенно стали оттеснять Шуйских от ведения государственных дел. Это хорошо заметно в дипломатии. Так, боярин Ф.М. Троекуров трижды (осенью 1584 г., летом 1586 г. и летом 1587 г.) отправляется послом в Польшу. Летом 1586 г. русские послы по указанию Бориса Годунова собирали в Польше сведения о связях Шуйских с «изменником» М.И. Головиным. В апреле 1586 г. Борис Годунов отказал польскому послу М. Гарабурде в аудиенции «всех бояр» и назначил вести переговоры доверенных лиц – «ближней думы» бояр И.В. Годунова, князя И.В. Сицкого и «ближних» дьяков Шелкаловых и Е.Д. Вылузгина.
Во внутренних делах наибольшую остроту приобрела борьба за Казенный приказ – центральное финансовое ведомство государства.
Обычно владеть царской казной назначались два казначея, которые контролировали друг друга. Опираясь на поддержку бояр, главный казначей Петр Иванович Головин добился того, что вторым казначеем был назначен его родственник Владимир Головин. Более века Головины из поколения в поколение служили главными казначеями при московских государях. Но теперь, при царе Федоре, они распоряжались государственной казной бесконтрольно. Казенный приказ оказался вотчиной сторонников Мстиславского и Шуйского.
Петр Иванович Головин имел большое влияние в Боярской думе. Показателем его положения служит его роль в коронации Федора, когда он нес перед царем шапку Мономаха.
Осенью 1584 г. Борис Годунов предложил Боярской думе провести ревизию царской казны. Под нажимом Годуновых и Романовых-Захарьиных дума вынуждена была начать ревизию. Проверка наличности выявила огромные хищения. Петр Иванович Головин был приговорен Боярской думой к смертной казни. Но и Годуновы, и Романовы-Захарьины прекрасно понимали, что Русь устала от террора Ивана Грозного и публичная казнь знатного боярина вызовет у народа нежелательные ассоциации. Поэтому Петра Головина вывели на Лобное место и передали в руки палача, который сорвал с него одежду и занес топор над головой. Но в этот момент была зачитана царская грамота о помиловании осужденного и ссылке его в Арзамас.
По дороге в Арзамас П.И. Головин был убит. Подробности его смерти до нас не дошли, но, судя по всему, дело не обошлось без Бориса Годунова. Во всяком случае, известно, что позже Годунов сделал вклад в Симонов монастырь «по Петру Головину». В.В. Головин также был привлечен к суду, лишен чина окольничего и сослан. Брат казначея Михаил Иванович Головин бежал в Литву.
В опалу попал и окольничий И.П. Головин. В Сибири и казанских пригородах на воеводствах (фактически в ссылке) оказались и другие члены рода Головиных – Василий Петрович, Владимир Петрович, Иван Васильевич, Никита Петрович, Петр Петрович Меньшой, Федор Васильевич. Они вернулись в Москву только при Лжедмитрии I.
Противники Годуновых и Романовых-Захарьиных попытались устроить переворот. Шуйские, Воротынские и Колычевы начинают уговаривать престарелого князя Ивана Федоровича Мстиславского принять участие в убийстве Бориса Годунова. Мстиславский поначалу отказывается, он слабоволен и нерешителен, да и Борис Годунов всегда хорошо к нему относился. Мало того, Борис публично назвал себя сыном Ивана Федоровича, разумеется, имея в виду покровительство, а не кровное родство.
Но через некоторое время Мстиславский дал себя уговорить. Бориса должны были убить на пиру у Мстиславского.
Однако заговор был открыт. Но публичного суда не было. И.Ф. Мстиславский был очень популярен, а Годуновы и Романовы еще слишком слабы, чтобы устраивать показательные процессы без риска нежелательных последствий. В итоге состоялось тайное соглашение, по которому И.Ф. Мстиславский обязался постричься в монахи.
